2000年，南京農(nóng)業(yè)大學農(nóng)業(yè)工程學院更名南京農(nóng)業(yè)大學工學院，其前身可追溯到1948年中央大學成立的農(nóng)業(yè)工程系與金陵大學成立的農(nóng)業(yè)工程系，老一輩農(nóng)業(yè)工程學家吳相淦、吳起亞、水新元、高良潤、潘君拯等一大批老一輩專家學者為學院的奠基與發(fā)展做出了卓越的貢獻。2020年，學校將農(nóng)業(yè)工程學科及機械工程學科及相關專業(yè)合并組成新的工學院，工學院作為學校的二級教學科研單位，邁入了新的發(fā)展階段。

工學院在南京農(nóng)業(yè)大學浦口校區(qū)辦學，校區(qū)位于南京江北新區(qū)，南臨長江、北依老山，環(huán)境優(yōu)美、交通便捷。工學院現(xiàn)有教職工139人，其中具有高級職稱的教師55人。師資隊伍中包括加拿大院士1名、中科院百人專家1名、國務院學位委員會第八屆學科評組成員1人、國務院政府特殊津貼專家2人、教育部優(yōu)秀青年教師1人、江蘇省“333”工程2人、江蘇省“青藍工程”中青年學術帶頭人2人、江蘇省“青藍工程”骨干教師8人、鐘山學者5人、鐘山學術新秀5人。

學院下設農(nóng)業(yè)工程系、機械工程系、材料工程系、電氣工程系、交通與車輛工程系5個教學單位。學院教學科研設施設備齊全，條件先進，設有農(nóng)業(yè)工程教學實驗中心（省級）、機械工程教學實驗中心（省級）、農(nóng)業(yè)電氣化與自動化教學實驗中心（省級）等教學平臺，學院設有農(nóng)業(yè)部農(nóng)村能源研究室、農(nóng)業(yè)部農(nóng)業(yè)工程研究室、江蘇省智能化農(nóng)業(yè)裝備重點實驗室、江蘇省現(xiàn)代設施農(nóng)業(yè)技術與裝備工程研究中心、江蘇省電動農(nóng)機裝備科技創(chuàng)新中心等省部級平臺，學院是江蘇省拖拉機產(chǎn)業(yè)技術創(chuàng)新聯(lián)盟牽頭單位。學院人才培養(yǎng)體系完備，現(xiàn)有本科生2997人、研究生共424人，博士153人，碩士271人，其中留學生29人。設有農(nóng)業(yè)工程博士后流動站及農(nóng)業(yè)工程一級學科博士、機械工程一級碩士學位授權點；擁有農(nóng)業(yè)機械化工程、農(nóng)業(yè)生物環(huán)境與能源工程、農(nóng)業(yè)電氣化與自動化等3個二級學科博士學位點及碩士授權點，擁有車輛工程、機械設計及理論、機械制造及其自動化、機械電子工程碩士學位授權點；設有機械專業(yè)和電子信息學位碩士授權點。其中農(nóng)業(yè)工程為江蘇省優(yōu)勢學科，機械工程為江蘇省重點學科。共開設農(nóng)業(yè)機械化及其自動化、農(nóng)業(yè)電氣化、農(nóng)業(yè)智能裝備工程、機械設計制造及其自動化、材料成型及控制工程、車輛工程、工業(yè)設計、交通運輸 8個本科專業(yè)，其中農(nóng)業(yè)機械化及其自動化是國家級特色專業(yè)建設點(2010)和國家一流專業(yè)建設點(2019)、農(nóng)業(yè)電氣化專業(yè)為江蘇省高校特色專業(yè)(2010)和國家一流專業(yè)建設點(2020)，機械設計制造及自動化專業(yè)為國家一流專業(yè)建設點(2022)和江蘇省品牌專業(yè)（2022），材料成型及控制工程和機械設計制造及其自動化專業(yè)分別于2019年、2021年通過工程教育專業(yè)認證。

“十三五“以來，學院瞄準國際科技發(fā)展前沿和國家重大戰(zhàn)略、產(chǎn)業(yè)需求，圍繞農(nóng)業(yè)裝備現(xiàn)代設計理論與技術、土壤-機器系統(tǒng)、精細種植與收獲技術裝置、拖拉機電液控制技術、設施農(nóng)業(yè)環(huán)境模擬與控制、先進制造技術、生物質轉化技術與裝備、精準農(nóng)業(yè)以及農(nóng)業(yè)機器人等科研領域開展攻關。其中獲得國家科技進步二等獎1項，省部級獎項3項。近年來，全院年均發(fā)表SCI和EI收錄高質量論文100余篇；年均獲授權國家專利120余件，其中授權國家發(fā)明專利20余件。

學院堅持“以學生為中心”的辦學理念，以培養(yǎng)兼具“世界眼光”、“中國情懷”、“南農(nóng)品質”和“工學特色”的高素質人才為核心目標，重在培養(yǎng)學生的科技創(chuàng)新實踐能力，在課程建設和教學改革等方面取得了豐碩成果。目前學院建有國家級課程2門，省級精品在線開放課程1門。學院推動實施“貼合社會需求，突出專業(yè)特點，適應個性發(fā)展”的三位一體科技創(chuàng)新平臺。實踐教學和創(chuàng)新能力培養(yǎng)成效顯著，近5年來，SRT累計立項700余項，本科生發(fā)表科研論文350余篇、專利90余項，累計1000余人次榮獲包括京都國際大學生創(chuàng)業(yè)比賽國際金獎，“挑戰(zhàn)杯”全國大學生課外學術科技作品競賽江蘇省特等獎、全國二等獎，中國大學生方程式汽車大賽全國一等獎等省部級以上課外科技競賽榮譽；圍繞創(chuàng)新、創(chuàng)意、創(chuàng)業(yè)“三創(chuàng)”理念，打造大學生“三創(chuàng)”空間工作室，入選南京市首批“眾創(chuàng)空間”，成為南京市浦口高校就業(yè)創(chuàng)業(yè)社團聯(lián)盟理事單位、大橋社區(qū)創(chuàng)新示范基地，年度完成創(chuàng)意服務101項，完成創(chuàng)新成果轉化14項。學院人才培養(yǎng)效果得到社會廣泛認可，畢業(yè)生就業(yè)質量常年位居學校前列。

學院國際合作和交流日益廣泛，先后與美國、加拿大、英國、法國、德國、日本、韓國等十多個國家和地區(qū)的高校、研究機構保持著較為密切的合作關系，與國外著名高校設立學生聯(lián)合培養(yǎng)、交流訪學項目二十余項，與美國伊利諾伊香檳大學及加州大學戴維斯分校建立了3+X研究生項目、與法國梅斯國立工程師學院建立了“3+2”中法工程師班項目、與德國柏林工業(yè)大學建立有3+X中德工程師項目，與英國考文垂大學建立了“2+2”“3+1”本科雙學位項目、“4+1”研究生項目等，與國外多所大學共設交換留學項目、訪學項目和暑期學分項目。