南京農(nóng)業(yè)大學(xué)理學(xué)院最早可追溯到1956年設(shè)立的直屬基礎(chǔ)課教研組，1962年學(xué)校在原農(nóng)業(yè)物理系基礎(chǔ)上成立基礎(chǔ)課系，將外語教研組、體育教研組劃歸基礎(chǔ)課系，1984年基礎(chǔ)課系改為基礎(chǔ)課部，并將土化系有機(jī)化學(xué)和無機(jī)化學(xué)兩個(gè)教研組劃歸基礎(chǔ)課部，同時(shí)建立中心實(shí)驗(yàn)室，1994年改名為基礎(chǔ)科學(xué)學(xué)院，1996年正式成立理學(xué)院，是國內(nèi)農(nóng)林院校最早設(shè)立的理學(xué)院之一。

學(xué)院現(xiàn)設(shè)有數(shù)學(xué)系、物理系、化學(xué)系3個(gè)系，物理、化學(xué)2個(gè)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心，且均為江蘇省基礎(chǔ)課實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心。學(xué)院現(xiàn)有信息與計(jì)算科學(xué)、應(yīng)用化學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)3個(gè)本科專業(yè)；天然產(chǎn)物化學(xué)和生物物理學(xué)2個(gè)博士授權(quán)點(diǎn)；數(shù)學(xué)、化學(xué)2個(gè)碩士一級(jí)授權(quán)點(diǎn)；生物物理、應(yīng)用統(tǒng)計(jì)，材料與化工3個(gè)二級(jí)碩士授權(quán)點(diǎn)。應(yīng)用化學(xué)本科專業(yè)為國家一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。

學(xué)院設(shè)7個(gè)基礎(chǔ)研究與技術(shù)平臺(tái)，分別為農(nóng)藥學(xué)實(shí)驗(yàn)室、農(nóng)藥創(chuàng)制中心、應(yīng)化研究所和同位素實(shí)驗(yàn)室、理化分析中心、數(shù)學(xué)建模實(shí)驗(yàn)室、數(shù)據(jù)分析中心、農(nóng)產(chǎn)品安全與質(zhì)量檢測(cè)中心。2011年，農(nóng)藥學(xué)實(shí)驗(yàn)室（與植保學(xué)院共建）獲批江蘇省高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室。2016年化學(xué)學(xué)科獲批江蘇省重點(diǎn)（培育）學(xué)科，2019年進(jìn)入ESI全球前1%。基礎(chǔ)學(xué)科（數(shù)理化）先后入選學(xué)校第一輪、第二輪“雙一流”建設(shè)學(xué)科行列。學(xué)院現(xiàn)已成為公共基礎(chǔ)教育與專業(yè)教育相結(jié)合、本科生培養(yǎng)與研究生培養(yǎng)并重、教學(xué)與科研協(xié)調(diào)發(fā)展的教學(xué)研究型學(xué)院。

學(xué)院現(xiàn)有教職工127人，專職教師109人，專任教師中全職教授18人，副教授55人，具有博士學(xué)位的教師83人，學(xué)歷層次、職稱結(jié)構(gòu)及年齡結(jié)構(gòu)較為合理，另聘有國內(nèi)外知名高校兼職教授6人。目前在校生800余人，其中本科生667人，碩士、博士研究生164人?，F(xiàn)有各類實(shí)驗(yàn)室3000多平方米，萬元以上儀器設(shè)備百余套。另設(shè)有專業(yè)資料室、計(jì)算機(jī)房等。

學(xué)院先后有10人獲教育部和農(nóng)業(yè)部優(yōu)秀教師榮譽(yù)稱號(hào)，1人獲農(nóng)業(yè)部突出貢獻(xiàn)的中青年專家稱號(hào)，11人獲國家政府特殊津貼。江蘇省 “333工程”培養(yǎng)對(duì)象4人、“青藍(lán)工程”培養(yǎng)對(duì)象6人、江蘇省特聘教授1人、南京農(nóng)業(yè)大學(xué)“鐘山學(xué)者”學(xué)術(shù)骨干3人、學(xué)術(shù)新秀7人。先后獲國家發(fā)明獎(jiǎng)1項(xiàng)，部、省級(jí)學(xué)術(shù)獎(jiǎng)勵(lì)26項(xiàng)。“十四五”以來，主持國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目38項(xiàng)，縱向經(jīng)費(fèi)到賬近1300萬元。新增發(fā)表SCI、EI論文數(shù)281篇，影響因子＞10.0論文54篇，影響因子＞5.0論文146篇，教師獲授權(quán)國家發(fā)明專利30項(xiàng)。先后主持省部級(jí)等各級(jí)教改研究項(xiàng)目80余項(xiàng)，獲江蘇省優(yōu)秀教學(xué)成果一等獎(jiǎng)2項(xiàng)、江蘇省優(yōu)秀教學(xué)成果二等獎(jiǎng)2項(xiàng)、江蘇省優(yōu)秀課程群2項(xiàng)、江蘇省二類優(yōu)秀課程2項(xiàng)。正式出版教材和專著近30本，7本公共基礎(chǔ)課教材入選農(nóng)業(yè)部“十四五”規(guī)劃教材，3本教材獲批江蘇高等學(xué)校重點(diǎn)教材立項(xiàng)建設(shè)，2本教材獲中華農(nóng)業(yè)基金會(huì)優(yōu)秀教材獎(jiǎng)。在指導(dǎo)全國大學(xué)生數(shù)學(xué)建模競(jìng)賽和江蘇省高等數(shù)學(xué)競(jìng)賽中，多次榮獲全國一等獎(jiǎng)和江蘇賽區(qū)一等獎(jiǎng)。

“師者，所以傳道授業(yè)解惑也”，學(xué)院以教學(xué)立身、以育人為己任，全力打造一支教學(xué)與科研并重、綜合專業(yè)素質(zhì)高的師資隊(duì)伍?！笆奈濉币詠恚瑢W(xué)院40余人次獲評(píng)“教書育人楷?！?、“師德標(biāo)兵”、“優(yōu)秀教師”、“青年教師授課比賽獎(jiǎng)項(xiàng)”和“教學(xué)質(zhì)量優(yōu)秀獎(jiǎng)”等。本科生就業(yè)率保持在95%左右，研究生就業(yè)率達(dá)100％。本科畢業(yè)生以升學(xué)為主，其中國內(nèi)升學(xué)約40%、出國深造約10%，升學(xué)深造單位主要為清華大學(xué)、南京大學(xué)等世界一流大學(xué)。直接就業(yè)學(xué)生主要集中在長三角地區(qū)，約占75%，畢業(yè)生就業(yè)單位主要為中等教育、高等教育、機(jī)關(guān)事業(yè)單位、國有企業(yè)等。

面向未來，學(xué)院以習(xí)近平新時(shí)代中國特色社會(huì)主義思想為指導(dǎo)，堅(jiān)持以立德樹人為根本，以學(xué)科建設(shè)為龍頭，以師資隊(duì)伍為關(guān)鍵，以基礎(chǔ)研究為突破，雙輪驅(qū)動(dòng)教學(xué)科研工作，力爭(zhēng)早日建設(shè)成為我國涉農(nóng)高校一流理學(xué)院。