南京農(nóng)業(yè)大學馬克思主義學院獨立建制于2011年5月。學院本著“博以求精，和而不同”的宗旨和“思正致遠”的院訓，承擔著全校思想政治理論課（簡稱“思政課”）教學和3個碩士點的人才培養(yǎng)工作。

學院現(xiàn)有教工56人，其中在職專任教師57人，行政人員7人，師資博士后1人。在職教師中，教授9人，副教授24人；42人具有博士學位，先后有7人進入博士后流動站從事研究工作。

學院前身可溯源至1952年設立的馬列主義教研組。1960年5月，更名為馬列主義教研室(簡稱“馬列室”)，成為學校直屬單位。1986年6月，馬列室更名為社會科學部(簡稱“社科部”)，承擔全校思政課教學與研究工作。1993年5月，創(chuàng)辦“公共關系與秘書”2年制?？茖I(yè)。1995年，創(chuàng)辦“社會學”4年制本科專業(yè)及“工商行政管理”成人教育專業(yè)。1996年“科學技術哲學”碩士點獲農(nóng)業(yè)部批準招生。

1996年9月，社科部與德育教研室、基礎課部的外國語教研室合并組建人文社會科學學院（簡稱‘人文學院’）。人文學院下設的社會科學系，負責全校的“兩課”教學與研究工作。2000年，人文學院與中國農(nóng)業(yè)遺產(chǎn)研究室合并，社會科學系更名為“兩課”教研中心。

2005年10月，校直屬思想政治理論課教研部(簡稱“思政部”)成立，與人文學院合署辦公，繼續(xù)負責全校思政課教學工作。2007年，思政部新增“馬克思主義基本原理”、“思想政治教育”兩個碩士點。

2011年5月，思政部與人文學院分設。

2015年6月，思政部更名為政治學院。

2017年10月，成立馬克思主義學院，與政治學院一個機構(gòu)，兩塊牌子。

2022年11月，撤銷政治學院，改馬克思主義學院黨總支為馬克思主義學院黨委。

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