中醫(yī)學(xué)院前身是內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)院中蒙醫(yī)系，成立于1958年，是全國西醫(yī)院校中設(shè)置中醫(yī)學(xué)專業(yè)較早的系部之一。2004年9月經(jīng)上級批準(zhǔn)更名為“中蒙醫(yī)學(xué)院”；2006年12月中醫(yī)和蒙醫(yī)分為2個學(xué)院，成立了“內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)院中醫(yī)學(xué)院”。 建院（系）以來，一直以中醫(yī)本科教育為主，并積極發(fā)展研究生教育（83年開始招收碩士研究生）及成人教育，是內(nèi)蒙古自治區(qū)最早培養(yǎng)中醫(yī)藥高級人才的教學(xué)基地。50多年來，已為省內(nèi)外培養(yǎng)出中醫(yī)藥高級人才近4000余名，多數(shù)已成為各級醫(yī)療、科研、教學(xué)、管理崗位的學(xué)術(shù)帶頭人和業(yè)務(wù)骨干。學(xué)院目前設(shè)中醫(yī)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、中醫(yī)臨床醫(yī)學(xué)、針灸推拿學(xué)3個系，設(shè)置中醫(yī)學(xué)、針灸推拿學(xué)、中醫(yī)康復(fù)學(xué)3個本科專業(yè)；中醫(yī)學(xué)專業(yè)于2011年成為碩士學(xué)位授予一級學(xué)科?，F(xiàn)設(shè)19個教研室、3個研究室、1個實(shí)驗(yàn)中心，1所附屬蒙中醫(yī)院，20所臨床教學(xué)實(shí)習(xí)醫(yī)院。在校全日制本科生1400余名，碩士研究生近百名。

目前學(xué)院有在編教職工80名，其中專業(yè)教師68人，教輔人員6人，行政管理人員及輔導(dǎo)員6人。教師隊(duì)伍中具有高級職稱人員32人（教授人14，副教授18人），中級職稱25人，初級職稱11人。博士生導(dǎo)師4人，碩士生導(dǎo)師24人。具有博士學(xué)位者16人，在讀博士5人，碩士學(xué)位46人?！叭珖嗅t(yī)”1人，全國第四批名老中醫(yī)傳承指導(dǎo)教師2人，第四批全國中醫(yī)（臨床，基礎(chǔ)）優(yōu)秀人才5人，自治區(qū)第二批、第三批名老中醫(yī)指導(dǎo)教師15人，自治區(qū)五一勞動獎?wù)?人，自治區(qū)突出貢獻(xiàn)中青年專家2人，自治區(qū)醫(yī)療衛(wèi)生學(xué)術(shù)技術(shù)帶頭人2人，“草原英才”4人，“草原英才”創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)1個，321人才工程第一層次人才2人，第二層次人才4人，自治區(qū)教學(xué)名師1人，自治區(qū)優(yōu)秀教師1人，自治區(qū)優(yōu)秀教育工作者1人，自治區(qū)優(yōu)秀德育工作者1人，30余名教師在各級中醫(yī)藥學(xué)會任職。

近十年來，學(xué)院應(yīng)屆畢業(yè)生每年考研錄取率均在30%以上，居全校第一；初次就業(yè)率達(dá)80%以上，在同類院校中名列前茅。歷屆畢業(yè)生深受用人單位好評，不少學(xué)子在中醫(yī)學(xué)界已具有較大影響力。學(xué)院與國內(nèi)中醫(yī)藥院校及部分西醫(yī)院校開展廣泛交流，建立了經(jīng)常性的往來和聯(lián)絡(luò)，借鑒各地辦學(xué)經(jīng)驗(yàn)，取長補(bǔ)短，努力使中醫(yī)學(xué)院成為內(nèi)蒙古自治區(qū)中醫(yī)藥一流人才的培養(yǎng)基地。