蒙醫(yī)藥學(xué)院前身是內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)院中蒙醫(yī)系，成立于1958年，是全國西醫(yī)院校中設(shè)置民族醫(yī)學(xué)專業(yè)最早的系部之一。1958年開始招收蒙醫(yī)學(xué)專業(yè)本科生，1980年開始培養(yǎng)蒙醫(yī)學(xué)專業(yè)研究生，2005年開始聯(lián)合培養(yǎng)民族醫(yī)學(xué)（蒙醫(yī)學(xué)）專業(yè)博士研究生，2019年開始自主培養(yǎng)中醫(yī)學(xué)（蒙醫(yī)學(xué)）專業(yè)博士研究生，2006年和2007年分別開始招收蒙藥學(xué)專業(yè)、護(hù)理學(xué)專業(yè)（蒙醫(yī)方向）本科生。學(xué)院一直以蒙醫(yī)藥本科教育為主，積極發(fā)展研究生教育，呈現(xiàn)出與現(xiàn)代醫(yī)藥學(xué)、中醫(yī)藥學(xué)緊密結(jié)合，相互促進(jìn)，共同發(fā)展的大好局面。目前（2023年）注冊(cè)全日制本科生有1384名，碩士研究生166名，本校博士研究生22名，留學(xué)生67名，已為國內(nèi)外培養(yǎng)博士研究生39名，碩士研究生362名，本科生3761名和留學(xué)生325名。成為了全國少數(shù)民族醫(yī)學(xué)教育中在國內(nèi)外居于領(lǐng)先地位的一所人才培養(yǎng)基地。

學(xué)院在編教職工80人，其中包含專任教師56人、教輔人員11人、其他專業(yè)技術(shù)人員3人、行政管理人員4人及專職輔導(dǎo)員6人；具有高級(jí)職稱人員35名；具有博士學(xué)位33名、博士在讀6名、碩士學(xué)位38名；博士生導(dǎo)師14名、碩士生導(dǎo)師25名。被評(píng)為“國醫(yī)大師”2名；全國先進(jìn)工作者1名；入選國家百千萬人才工程人選1名；國家突出貢獻(xiàn)中青年專家1名；全國“五一”勞動(dòng)獎(jiǎng)?wù)?名；中國“五四”青年獎(jiǎng)?wù)?名；“中國百名杰出青年中醫(yī)（民族醫(yī)）”金獎(jiǎng)1名；全國民族地區(qū)杰出青年1名；全國衛(wèi)生系統(tǒng)先進(jìn)個(gè)人1名；全國“三八”紅旗手1名；自治區(qū)“三八”紅旗手1名；全國“巾幗建功”標(biāo)兵1名；第八屆中國十大杰出青年1名；全國“十行百佳”婦女1名；全國衛(wèi)生系統(tǒng)模范工作者1名；享受國務(wù)院政府特殊津貼專家3名；國家級(jí)非物質(zhì)文化遺產(chǎn)代表性傳承人1名；全國優(yōu)秀教師1名；中醫(yī)藥高等學(xué)校教學(xué)名師1名；全國百佳女中醫(yī)師1名。獲得內(nèi)蒙古自治區(qū)級(jí)榮譽(yù)者有杰出人才獎(jiǎng)獲得者3名；“草原英才領(lǐng)軍人物”1名；“草原英才”8名；突出貢獻(xiàn)專家5名；入選新世紀(jì)“321”人才工程專家10名；名蒙醫(yī)7名；名老蒙醫(yī)藥師傳承導(dǎo)師12名；醫(yī)療衛(wèi)生學(xué)術(shù)帶頭人2名；優(yōu)秀專業(yè)技術(shù)人員（記一等功）1名；非物質(zhì)文化遺產(chǎn)代表性傳承人2名；教學(xué)名師2名；教壇新秀3名；勞動(dòng)模范先進(jìn)工作者3名；“五一”勞動(dòng)獎(jiǎng)?wù)抡?名；優(yōu)秀教師2名；全區(qū)技術(shù)能手2名。

學(xué)院設(shè)有蒙醫(yī)、蒙藥和護(hù)理學(xué)（蒙醫(yī)方向）三個(gè)專業(yè)；包括蒙醫(yī)基礎(chǔ)理論教研室在內(nèi)的17個(gè)教研室、3個(gè)實(shí)驗(yàn)中心、3個(gè)行政科室及1所附屬蒙中醫(yī)院；建有自治區(qū)蒙醫(yī)藥博物館等5個(gè)實(shí)踐教學(xué)基地；有內(nèi)蒙古自治區(qū)國際蒙醫(yī)醫(yī)院等16所教學(xué)醫(yī)院。擁有國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科2個(gè)；教育部全國高等學(xué)校重點(diǎn)建設(shè)特色專業(yè)2個(gè)；內(nèi)蒙古自治區(qū)重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)；蒙醫(yī)學(xué)是內(nèi)蒙古自治區(qū)級(jí)品牌專業(yè)；教育部第一批地方高?！皩I(yè)綜合改革試點(diǎn)”項(xiàng)目1項(xiàng)；國家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心1所；國家級(jí)虛擬仿真實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心1所；國家級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)1支。內(nèi)蒙古自治區(qū)級(jí)團(tuán)隊(duì)、平臺(tái)、課程有“草原英才”工程創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)3支、內(nèi)蒙古自治區(qū)教育廳科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)1支，蒙醫(yī)藥協(xié)同創(chuàng)新中心1個(gè)、工程技術(shù)研究中心2所、自治區(qū)“一流課程”2門、校級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)2支。出版專著、教材180部，獲得自治區(qū)科學(xué)進(jìn)步獎(jiǎng)、自然科學(xué)獎(jiǎng)、教學(xué)成果獎(jiǎng)、社會(huì)科學(xué)成果獎(jiǎng)等政府獎(jiǎng)項(xiàng)及國家和自治區(qū)級(jí)學(xué)會(huì)、協(xié)會(huì)科技進(jìn)步獎(jiǎng)、著作獎(jiǎng)和各類圖書獎(jiǎng)60余項(xiàng)。主持完成國家自然科學(xué)、社會(huì)科學(xué)基金項(xiàng)目，自治區(qū)科技引領(lǐng)項(xiàng)目、自治區(qū)自然科學(xué)、社會(huì)科學(xué)基金項(xiàng)目等科研課題60余項(xiàng)，其科研基金已達(dá)3700余萬元。

六十余年來，學(xué)院在人員結(jié)構(gòu)上經(jīng)歷了由原衛(wèi)生部學(xué)部委員白清云、首屆國醫(yī)大師蘇榮扎布、全國首位蒙醫(yī)學(xué)博士生導(dǎo)師羅布桑、第二屆國醫(yī)大師吉格木德等為代表的老一輩專家創(chuàng)業(yè)，中年學(xué)者精心傳承，青年學(xué)科帶頭人崛起的學(xué)科梯隊(duì)發(fā)展歷程；專業(yè)方向上經(jīng)歷了由傳統(tǒng)文獻(xiàn)整理到現(xiàn)代實(shí)驗(yàn)研究，辯證論治研究到機(jī)理機(jī)制研究等定位與領(lǐng)域發(fā)展過程。近年來積極與國內(nèi)多家院校及美國、日本、蒙古國相關(guān)院校在人才引進(jìn)與培養(yǎng)；學(xué)者互訪；科研、醫(yī)療合作等方面進(jìn)行廣泛深入的交流。充分發(fā)揮人才造就、知識(shí)創(chuàng)新、社會(huì)服務(wù)職能，已成為祖國北疆獨(dú)具特色和優(yōu)勢(shì)的民族醫(yī)藥專門人才培養(yǎng)璀璨明珠。