南京中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)學(xué)院的辦學(xué)歷史可以追溯到1954年建校初期創(chuàng)辦的有關(guān)教研組，后歷經(jīng)南京中醫(yī)學(xué)院中醫(yī)系、南京中醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)部、南京中醫(yī)藥大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院、南京中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)學(xué)院·中西醫(yī)結(jié)合學(xué)院等不同辦學(xué)階段，2023年11月更名為南京中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)學(xué)院。

學(xué)院堅(jiān)持中醫(yī)基礎(chǔ)經(jīng)典學(xué)科發(fā)展?，F(xiàn)有國(guó)家中醫(yī)藥管理局高水平中醫(yī)藥重點(diǎn)學(xué)科3個(gè)。學(xué)院作為重要建設(shè)單位之一的中醫(yī)學(xué)科均為全國(guó)第四輪學(xué)科評(píng)估A類(lèi)學(xué)科，也均是江蘇高校優(yōu)勢(shì)學(xué)科建設(shè)工程終期驗(yàn)收優(yōu)秀學(xué)科。

學(xué)院擁有從本科教育到碩博士研究生教育等各個(gè)層次的完整教育體系。設(shè)有中醫(yī)學(xué)博士后科研流動(dòng)站，中醫(yī)學(xué)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)以及4個(gè)二級(jí)學(xué)科博士、碩士點(diǎn)。

學(xué)院目前教職工有118人，返聘8人，其中專(zhuān)任教師有99人，專(zhuān)任教師隊(duì)伍的博士學(xué)位比例達(dá)到98%。師資力量雄厚，名家云集，有孟景春、王燦暉、楊進(jìn)、吳承玉等全國(guó)名老中醫(yī)藥專(zhuān)家傳承工作室4個(gè)。獲全國(guó)優(yōu)秀教師1人、國(guó)家教學(xué)名師1人、全國(guó)中醫(yī)藥高等學(xué)校教學(xué)名師1人、享受?chē)?guó)務(wù)院政府特殊津貼專(zhuān)家3人、江蘇省高校教學(xué)名師2人、江蘇省國(guó)醫(yī)名師2人、江蘇省名中醫(yī)5人、江蘇省有突出貢獻(xiàn)中青年專(zhuān)家3人、江蘇省“青藍(lán)工程”中青年學(xué)術(shù)帶頭人6人、江蘇省“青藍(lán)工程”優(yōu)秀青年骨干教師5人、江蘇省“333”工程第三層次培養(yǎng)對(duì)象2人、江蘇省“六大人才高峰”資助對(duì)象2人，全國(guó)老中醫(yī)藥專(zhuān)家學(xué)術(shù)經(jīng)驗(yàn)繼承工作繼承人4人，第五批全國(guó)中醫(yī)臨床優(yōu)秀人才5人。

學(xué)院堅(jiān)持以學(xué)生為中心，全面落實(shí)立德樹(shù)人根本任務(wù)，面向全校各主干專(zhuān)業(yè)開(kāi)設(shè)中醫(yī)基礎(chǔ)與經(jīng)典課程以及中國(guó)醫(yī)學(xué)史、醫(yī)古文等文史課程。擁有教育部首批課程思政示范課程1門(mén)、國(guó)家級(jí)精品資源共享課2門(mén)、國(guó)家級(jí)一流課程3門(mén)、江蘇省精品課程4門(mén)、省級(jí)在線開(kāi)放課程2門(mén)、首批省級(jí)一流本科課程4門(mén)，是《中醫(yī)診斷學(xué)》《中藥學(xué)》《臨床中藥學(xué)》《中醫(yī)臨床經(jīng)典概要》《溫病學(xué)》《傷寒論選讀》《大學(xué)語(yǔ)文》《科研思路與方法》等各類(lèi)規(guī)劃教材、精編教材的主編單位。中西醫(yī)基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心是江蘇省實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心。

學(xué)院擁有3個(gè)國(guó)家中醫(yī)藥管理局高水平中醫(yī)藥重點(diǎn)學(xué)科（方劑學(xué)、傷寒學(xué)和溫病學(xué)），中醫(yī)熱病學(xué)省部共建實(shí)驗(yàn)室、分子生物學(xué)（溫?。﹪?guó)家中醫(yī)藥管理局三級(jí)實(shí)驗(yàn)室、中醫(yī)經(jīng)典交叉創(chuàng)新研究中心、經(jīng)典方劑及類(lèi)方研究室、肺系病方證研究校級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中醫(yī)腦病基礎(chǔ)研究校級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、中藥性效研究校級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室等各級(jí)各類(lèi)科研實(shí)驗(yàn)室7個(gè)。目前承擔(dān)廳局級(jí)及以上項(xiàng)目81項(xiàng)，其中國(guó)家級(jí)31項(xiàng)、部省級(jí)21項(xiàng)、廳局級(jí)29項(xiàng)。

學(xué)院在“挑戰(zhàn)杯”“創(chuàng)青春”“互聯(lián)網(wǎng)+”等科技創(chuàng)新大賽中，獲國(guó)家級(jí)金獎(jiǎng)1項(xiàng)、銀獎(jiǎng)2項(xiàng)、銅獎(jiǎng)2項(xiàng)，省級(jí)銀獎(jiǎng)3項(xiàng)、銅獎(jiǎng)6項(xiàng)?！稗r(nóng)民健康百村工程”直接服務(wù)群眾8萬(wàn)余人次，先后榮獲了全國(guó)暑期“三下鄉(xiāng)”優(yōu)秀團(tuán)隊(duì)、全國(guó)學(xué)雷鋒志愿服務(wù)四個(gè)100先進(jìn)典型——最佳志愿服務(wù)項(xiàng)目等稱(chēng)號(hào)。

學(xué)院黨組織獲全國(guó)黨建工作樣板支部、江蘇省首批高校黨建工作標(biāo)桿院系、江蘇省高校先進(jìn)黨組織、江蘇省“關(guān)工委”工作先進(jìn)集體、校先進(jìn)黨組織等榮譽(yù)表彰。多名共產(chǎn)黨員獲全國(guó)高等中醫(yī)藥院校優(yōu)秀黨務(wù)工作者、全國(guó)高等中醫(yī)藥院校優(yōu)秀輔導(dǎo)員、江蘇省高校優(yōu)秀共產(chǎn)黨員、校優(yōu)秀共產(chǎn)黨員、校優(yōu)秀黨務(wù)工作者、黨支部書(shū)記年度人物等榮譽(yù)稱(chēng)號(hào)。

學(xué)院常年承擔(dān)境外中醫(yī)藥教學(xué)、科研、臨床人才培養(yǎng)等任務(wù)。