卓越工程師是國家戰(zhàn)略人才力量的重要組成部分。習近平總書記在中央人才工作會議上強調指出，“要培養(yǎng)大批卓越工程師，努力建設一支愛黨報國、敬業(yè)奉獻、具有突出技術創(chuàng)新能力、善于解決復雜工程問題的工程師隊伍”。在首屆國家卓越工程師評選中，河海大學有4位校友被授予“國家卓越工程師”稱號或“國家卓越工程師團隊”負責人，當選人數位居全國前列。

2023年，學校成立卓越工程師學院。學院依托學校優(yōu)勢學科，聚焦水安全戰(zhàn)略急需，重點圍繞新能源發(fā)電與多能互補、涉水先進材料與智能制造、數字孿生與智慧水網三大領域方向實施“五大卓越計劃”，即遴選卓越導師、聯(lián)合卓越項目、制定卓越方案、創(chuàng)建卓越平臺、培養(yǎng)卓越學生。2024年，學校獲批江蘇省卓越工程師學院。

學院在常州校區(qū)啟用實驗平臺用房32000㎡，聯(lián)合行業(yè)領軍企業(yè)共建“新能源發(fā)電與多能互補并網運行”、“涉水新材料與智能制造”、“數字孿生與智慧水網”3大工程師技術中心，建設先進結構材料工程研究大樓、智能建造與機器人創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)實訓大樓、綠色低碳的多能互補與并網運行實驗綜合大樓、水工程智能檢測與修復綜合實驗大樓等實訓實驗平臺，重點發(fā)展新興學科。通過校企共同招生、共同培養(yǎng)、共同選題、共享成果和師資互通、課程打通、平臺融通、政策暢通的“四共四通”機制，致力于培養(yǎng)具備系統(tǒng)思維和全球戰(zhàn)略視野、具有突出工程技術創(chuàng)新能力、善于解決復雜工程技術問題和“卡脖子”難題的高素質交叉復合型工程人才。

學院實行理事會負責制，理事會成員單位包括長江三峽集團、南水北調集團、華能江蘇、南瑞集團等行業(yè)領軍企業(yè)。