體育系前身為1952年建立的華東水利學院體育教研室，1985年成立體育系。體育系設(shè)有體育教育第一教研室、體育教育第二教研室、體育教育第三教研室、群體競賽教研室、軍事理論教研室等5個教學機構(gòu)，體育科學研究所、國防教育研究中心2個研究類機構(gòu)。2020年常州體育教學部正式并入體育系，實現(xiàn)教學、科研和管理一體化。體育系承擔著全校本科生體育課程教學、軍事理論教學、體育教育訓練，碩士研究生教學、體育科研、學生和教職工群體健身與校內(nèi)外體育競賽活動、高水平運動隊建設(shè)、校園陽光體育文化建設(shè)、對外體育文化交流和學生體質(zhì)健康標準測評與管理等工作任務(wù)。認真貫徹德智體美勞全面發(fā)展的教育方針，努力開拓創(chuàng)新，在體育學科發(fā)展、體育教學、體育科研、運動競賽、群眾體育等方面進行了探索和實踐，取得豐碩成果。曾獲全國群眾體育先進單位稱號、江蘇省教學成果二等獎及河海大學教學成果特等獎等榮譽；學校體育工作多次被省教育廳授予“貫徹《學校體育工作條例》優(yōu)秀學?！睒s譽稱號。

河海大學是全國首批創(chuàng)建高水平運動隊學校，實施“體教結(jié)合”發(fā)展戰(zhàn)略，把體育訓練、體育教育與人才培養(yǎng)有機結(jié)合。男子足球、健美操、乒乓球等運動項目水平位于全國高校前列。高水平足球隊近十年共獲得2次全國總冠軍，6次全國總決賽亞軍，1次全國總決賽季軍，7次全國南區(qū)冠軍。乒乓球隊近五年獲得世界杯比賽、世界錦標賽（砂板）第一名各1次，第三名1次；全國性大學生錦標賽獲第一名1次，獲第二名2次，第三名7次。健美操隊在歷年的全國健美操錦標賽和冠軍賽上都屢獲佳績，在全國范圍內(nèi)有效地提高了河海大學的知名度。

河海大學體育系2021年體育學一級學科碩士授權(quán)點獲批通過，2022年運動訓練本科專業(yè)獲批招生，現(xiàn)有碩士生導師11人。在職教職工72人，其中，教學科研人員67人。全系正高級專業(yè)技術(shù)職務(wù)4人，副高級專業(yè)技術(shù)職務(wù)27人。專任教師中具有博士學位5人，2人在職攻讀博士學位。

體育系以提高學生身心素質(zhì)為抓手，積極營造文明、健康、積極向上的校園體育文化氛圍；建立以人才培養(yǎng)、學科建設(shè)、科學研究、隊伍管理、場地建設(shè)等為支撐的學校體育工作體系，全面提升學校體育在培養(yǎng)創(chuàng)新人才中的作用。