中國科學(xué)院水利部水土保持研究所成立于1956年，是中國科學(xué)院在西北地區(qū)建立的第一個科研機(jī)構(gòu)。1987年由中國科學(xué)院和水利部雙重管理，1995年經(jīng)國家批準(zhǔn)確定現(xiàn)所名。1998年被中國科學(xué)院列入國家知識創(chuàng)新工程首批試點單位。1999年根據(jù)國務(wù)院文件，與楊凌其它6個科教單位合并組建“西北農(nóng)林科技大學(xué)”。2001年中國科學(xué)院與教育部聯(lián)合共建“水土保持與生態(tài)環(huán)境研究中心”，作為知識創(chuàng)新工程試點單位繼續(xù)納入中國科學(xué)院研究機(jī)構(gòu)序列。2023年7月，學(xué)校在水土保持研究所基礎(chǔ)上整合資源環(huán)境學(xué)院水土保持系科教力量組建“水土保持科學(xué)與工程學(xué)院（水土保持研究所）”，簡稱“水保學(xué)院”。

水保學(xué)院以服務(wù)國家生態(tài)文明建設(shè)為主要任務(wù)，以建設(shè)世界一流的水土保持與荒漠化防治學(xué)學(xué)科為主要目標(biāo)，重點圍繞水土保持與荒漠化防治學(xué)、農(nóng)業(yè)工程（農(nóng)業(yè)水土工程方向）等領(lǐng)域開展人才培養(yǎng)工作；深度聚焦黃河流域生態(tài)保護(hù)和高質(zhì)量發(fā)展、山水林田湖草沙一體化治理國家戰(zhàn)略需求，努力建成科教深度融合的國際化高水平研究型學(xué)院。

設(shè)有黃土高原土壤侵蝕與旱地農(nóng)業(yè)國家重點實驗室、國家節(jié)水灌溉楊凌工程技術(shù)研究中心、水利部水土保持生態(tài)工程技術(shù)研究中心、區(qū)域水土保持與環(huán)境研究室、水土保持與荒漠化防治系和信息技術(shù)部等6個教學(xué)、科研和技術(shù)支撐單元。在黃土高原不同類型區(qū)，建有國家安塞水土保持綜合試驗站、國家長武黃土高原農(nóng)業(yè)生態(tài)試驗站、國家神木侵蝕與環(huán)境試驗站、固原生態(tài)試驗站（林草生態(tài)研究室）和楊凌水土保持野外科學(xué)試驗站等野外站。建有人工降雨模擬大廳、人工模擬干旱大廳和人工模擬徑流大廳等重要科研平臺，形成了集基礎(chǔ)研究、應(yīng)用研究、試驗示范、技術(shù)轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化、決策服務(wù)于一體的水土保持科研體系。同時設(shè)有黨政辦公室、科技辦公室、人事和保障辦公室、研究生部、本科教學(xué)辦公室、學(xué)生工作辦公室等管理服務(wù)單元。

現(xiàn)有教職工209人，其中：中國科學(xué)院院士1人、中國工程院院士1人、國際歐亞科學(xué)院院士1人；正高職稱73人，副高職稱70人。博士生導(dǎo)師97人，碩士生導(dǎo)師43人。擁有土壤學(xué)、生態(tài)學(xué)和水土保持與荒漠化防治3個博士及碩士學(xué)位授予點，“國土科學(xué)與工程”交叉學(xué)科博士學(xué)位授予點，環(huán)境工程1個專業(yè)碩士學(xué)位授權(quán)點，水土保持與荒漠化防治本科專業(yè)，設(shè)有農(nóng)業(yè)資源與環(huán)境、生態(tài)學(xué)兩個博士后科研流動站?，F(xiàn)有在學(xué)研究生640人（其中國科學(xué)院大學(xué)189人，西北農(nóng)林科技大學(xué)451人），本科生276人。

水保學(xué)院以“團(tuán)結(jié)、敬業(yè)、求實、創(chuàng)新”為院風(fēng)，凝練出以“厚重樸實、協(xié)力攻關(guān)、求實創(chuàng)新、無私奉獻(xiàn)”為內(nèi)涵的“黃土精神”，形成了良好的創(chuàng)新文化氛圍，為創(chuàng)新跨越、持續(xù)發(fā)展奠定了良好的基礎(chǔ)。