食品工程學院始建于1958年，創(chuàng)建伊始為土特產(chǎn)品系，設食品商品和土特產(chǎn)品兩個專業(yè)。1961年經(jīng)過調(diào)整，系名更改為農(nóng)副產(chǎn)品系，設食品商品和公共飲食業(yè)與技術兩專業(yè)。1964年系名更改為食品商品系。1981年專業(yè)更名為食品加工專業(yè)。1984年系名更改為食品工程系，設食品工程和制冷及食品冷凍工程兩個專業(yè)。1982年開始與天津輕工學院聯(lián)合招收食品工程學科碩士研究生；1986年獲得食品工程學科碩士學位授予權。1993年全國本科專業(yè)目錄調(diào)整后，專業(yè)更名為食品科學與工程專業(yè)；同年食品工程學科更名為食品科學學科。1996年，食品科學學科被原國內(nèi)貿(mào)易部確認為部級重點學科，2000年被黑龍江省評定為省級重點學科，同年獲得糧食、油脂與植物蛋白工程學科碩士學位授予權。2001年食品工程系與制藥工程系、化學教學中心合并，成立食品與藥物工程學院，并相繼增設了食品質(zhì)量與安全和生物工程兩個本科專業(yè)。2003年院系調(diào)整，食品工程學院正式成立，同年增設了環(huán)境工程專業(yè)。2006年獲食品科學二級學科博士學位授予權、食品科學與工程一級學科碩士學位授予權及發(fā)酵工程二級學科碩士學位授予權。2010年獲得食品工程領域?qū)I(yè)碩士學位授予權。2011年食品科學與工程一級學科被評定為省級重點學科。2015年在食品科學與工程一級學科下增設了自主設置二級學科----食品環(huán)境與安全碩士二級學科。2017年，根據(jù)學科發(fā)展新趨勢，主動撤并了發(fā)酵工程碩士二級學科。

目前，學院設有1個二級學科（ 食品科學學科 ）博士學位授權點、1個一級學科（食品科學與工程）碩士學位授權點 （ 包括食品科學，食、油脂及植物蛋白工程，農(nóng)產(chǎn)品加工及貯藏工程，食品環(huán)境與安全4個二級學科碩士學位授權點）、1個食品工程領域?qū)I(yè)碩士學位授權點，食品科學與工程、食品質(zhì)量與安全、生物工程、環(huán)境工程4個本科專業(yè)。擁有黑龍江省普通高校食品科學與工程重點實驗室1個、黑龍江省綠色食品貯藏與加工工程省級實驗室1個，黑龍江省高校食品化學實驗教學示范中心1個、食品工程研究所1個及分析檢測中心1個。

學院擁有6000余平米的實驗教學與科學研究專用大樓，設有生物工程實驗室、食品安全實驗室、環(huán)境工程實驗室、食品工藝實驗室、化學中心實驗室、分析檢測中心實驗室及食品科學與工程重點實驗室和綠色食品貯藏與加工工程實驗室，儀器設備總金額達3690余萬元，為我院的教學、科研創(chuàng)造了條件，為學生創(chuàng)新意識和實踐能力的培養(yǎng)提供了保障。

經(jīng)過多年的建設與發(fā)展，學院形成了一支結構合理、教學經(jīng)驗豐富、學術水平較高的師資隊伍?，F(xiàn)有教職工79人 ，專職教師55人，其中教授24人，副教授17人，高級工程師7人。具有博士學位的教師38人。享受國務院政府特殊津貼的專家2人，享受省政府特殊津貼的專家1人，入選國家新世紀百干萬人才工程1人，教育部新世紀人才1人、龍江學者1人、省級學科帶頭人1人。學院現(xiàn)有在校全日制本科生1513人，碩士研究生126人，博士研究生27人。截止到2017年7月已向社會輸送本科生及研究生7300余人。

半個多世紀以來，幾代師生為學院的學科專業(yè)建設和人才培養(yǎng)付出了艱辛的努力。1989年，本學科專業(yè)創(chuàng)始人之一已故吳孟教授主持完成的“食品加工專業(yè)改造”項目獲國家優(yōu)秀教學成果二等獎；1996年食品工程教研室獲黑龍江省教委優(yōu)秀教研室榮譽稱號；2007年食品工程學院獲黑龍江省教育系統(tǒng)先進集體；2007年辛嘉英獲得教育部評定的全國優(yōu)秀教師稱號；2016年石彥國獲第七屆全國優(yōu)秀科學工作者稱號。

根據(jù)黑龍江省社會經(jīng)濟及國內(nèi)食品行業(yè)發(fā)展的需求 ，學院的學科專業(yè)圍繞黑龍江省糧食等大宗農(nóng)產(chǎn)食物資源 ，就谷物化學與糧油食品加工、農(nóng)產(chǎn)品化學與綜合利用 、食品化學與食品安全 、生物催化與生物轉(zhuǎn)化 、應用微生物與發(fā)酵工程及食品環(huán)境等領域的關鍵技術開展了大量的研究工作，取得了豐碩的成果。“十一五”以來，先后承擔完成國家863項目、國家科技支撐計劃重大項目、國家自然科學基金項目、國家千百萬人才工程項目等14項，省部級科研項目59項，企業(yè)合作科研項目32項。獲省部級以上科研獎勵8項，獲得國家發(fā)明專利37項。在國內(nèi)外學術期刊發(fā)表論文1324篇，其中SCI、EI、ISTP、SSCI收錄307篇 。出版學術專著與教材27部 ?？蒲谐晒霓D(zhuǎn)化取得了良好的經(jīng)濟效益和社會效益 ，為地方經(jīng)濟的發(fā)展做出了積極的貢獻。

學院與美國Purdue University、英國University of Leeds、英國Newcastle University、英國University of Bristol、俄羅斯遠東聯(lián)邦大學、韓國世宗大學及臺灣中興大學等建立了長期友好的協(xié)作關系，多名教師赴美國、英國、俄羅斯、加拿大 、波蘭、荷蘭、韓國、香港、臺灣等國家和地區(qū)的高校及科研機構進行訪問交流。

回顧六十年的發(fā)展歷程,食品工程學院的全體師生，愿承載著歷史的責任，勵精圖治，奮力拼搏，共同鑄就更加輝煌的明天。