前身為內(nèi)蒙古醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部， 始建于1956年。當(dāng)時(shí)在原北京醫(yī)學(xué)院、中國醫(yī)科大學(xué)和國內(nèi)一些其它知名醫(yī)學(xué)院校支援下，組建了基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與公共基礎(chǔ)課程各學(xué)科教研室。1959年5月，學(xué)校成立了基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部，承擔(dān)全校基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)課程和公共基礎(chǔ)課程的教學(xué)和科研任務(wù)。2004年12月，隨著學(xué)校內(nèi)部機(jī)構(gòu)的調(diào)整，將公共基礎(chǔ)部分自基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部劃出，建立了基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。2012年9月正式更名為內(nèi)蒙古醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。

2015年成功申報(bào)精神醫(yī)學(xué)本科專業(yè)并于2016年開始招生。學(xué)院下設(shè)31個(gè)科級機(jī)構(gòu)，15個(gè)教研室(醫(yī)學(xué)門類8個(gè)、理學(xué)門類7個(gè))，13個(gè)實(shí)驗(yàn)中心（教學(xué)實(shí)驗(yàn)中心8個(gè)，科研實(shí)驗(yàn)中心5個(gè)）及1個(gè)校級司法鑒定中心，其中自治區(qū)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室2個(gè)、自治區(qū)級工程技術(shù)研究中心1個(gè),校級重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室2個(gè)。2015年以基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院牽頭，聯(lián)合蒙醫(yī)藥學(xué)院、數(shù)字醫(yī)學(xué)中心及網(wǎng)絡(luò)中心等申報(bào)的“蒙醫(yī)學(xué)虛擬仿真實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心”獲批為國家級虛擬仿真實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心，這是我區(qū)獲批的首個(gè)國家級虛擬仿真實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心。

基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院是我國第一批碩士研究生培養(yǎng)單位，現(xiàn)有7個(gè)二級學(xué)科、專業(yè)碩士學(xué)位培養(yǎng)點(diǎn)，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)是一級學(xué)科碩士授權(quán)點(diǎn)。學(xué)院擁有自治區(qū)級重點(diǎn)學(xué)科--病理學(xué)與病理生理學(xué)；自治區(qū)級重點(diǎn)培育學(xué)科--人體解剖與組織胚胎學(xué)；自治區(qū)級優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)3個(gè)；自治區(qū)級精品課程10門；自治區(qū)級實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心2個(gè)。2015年基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院榮獲“十二五”全區(qū)高校教學(xué)質(zhì)量與教學(xué)改革工程建設(shè)先進(jìn)集體稱號。

基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院現(xiàn)有在編在崗教職工223名，其中教師172人，教輔及管理人員51人。教師中教授37人、副教授37人、講師65人、助教33人；教師中有博士學(xué)位39人、碩士學(xué)位115人，占教師總數(shù)的89.53%。師資隊(duì)伍中有兼職博士生導(dǎo)師2人，學(xué)校碩士生導(dǎo)師53人。自治區(qū)“321人才工程”和“111人才工程”7人，自治區(qū)高校教學(xué)名師2人、教壇新秀2人，自治區(qū)科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)2個(gè)、自治區(qū)“草原英才”創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)2個(gè)，自治區(qū)“草原英才”榮譽(yù)稱號5人，自治區(qū)十大杰出人才獎1人，自治區(qū)“突出貢獻(xiàn)專家”榮譽(yù)稱號1人，自治區(qū)高校青年科技領(lǐng)軍人才2人，內(nèi)蒙古自治區(qū)級優(yōu)秀教師1人，“十二五”全區(qū)高校教學(xué)質(zhì)量與教學(xué)改革工程建設(shè)先進(jìn)個(gè)人1人。

近五年來，學(xué)院主持科研項(xiàng)目190余項(xiàng)，其中國家“十二五”科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目1項(xiàng)，國家教育部春暉計(jì)劃項(xiàng)目4項(xiàng)，國家自然科學(xué)基金21項(xiàng)，科研總經(jīng)費(fèi)1800多萬元，投入科研基地建設(shè)費(fèi)2500余萬元。在國內(nèi)外學(xué)術(shù)期刊發(fā)表論文400余篇，其中SCI、EI、ISTP收錄57篇，出版主編專著37部，主編、副主編規(guī)劃教材41部，獲自治區(qū)級教學(xué)成果獎3項(xiàng)，獲國家專利8項(xiàng)。