東南大學(xué)創(chuàng)建于1902年的三江師范學(xué)堂，1905年學(xué)校把體操列入課程之一；1915年著名教育家江謙校長提倡德、智、體三育并重，他認(rèn)為“學(xué)生用腦過多，非教育之幸”，“教育事業(yè)是精神事業(yè)，有賴完全強(qiáng)健的軀干作基礎(chǔ)，否則學(xué)科程度縱有可觀，而孱弱的肢體不足以發(fā)展其文明的思想，而于應(yīng)盡之義務(wù)，亦不能收到良好之效果，這種看不見的損失，對教育事業(yè)及其前途影響甚巨?！痹谒某珜?dǎo)下，不論何系科學(xué)生，體育列為必修課，學(xué)生晨起后，一律做米勒氏呼吸操，創(chuàng)全國之先河。1916年開設(shè)體育師資科，率先為全國培養(yǎng)體育師資，為社會(huì)培養(yǎng)了一大批體育英才，如吳蘊(yùn)瑞、夏翔、徐鑣等著名體育教育家。1923年成立體育系，直至1952年院系專業(yè)調(diào)整，才停招體育專業(yè)學(xué)生，原上海華東體育學(xué)院（現(xiàn)上海體育大學(xué)）就是以我校體育系為主體建立的。

新中國成立后，體育系認(rèn)真貫徹德、智、體全面發(fā)展的教育方針，銳意改革，大力開展群眾體育活動(dòng)，把增強(qiáng)學(xué)生體質(zhì)作為首要任務(wù)。1954年作為全國高?！皠谛l(wèi)制”試點(diǎn)校取得了可喜成績。1979年5月，教育部、國家體委、衛(wèi)生部、共青團(tuán)中央在揚(yáng)州召開的全國學(xué)校體育工作會(huì)議上，我校被表彰為“體育衛(wèi)生工作先進(jìn)集體”；1981年6月，教育部委托江蘇省高教局在我校召開全國高校體育工作現(xiàn)場會(huì)，推廣和發(fā)揚(yáng)“三個(gè)為主”的典型經(jīng)驗(yàn)。1983年我校群眾體育工作榮獲第五屆全國運(yùn)動(dòng)會(huì)群眾體育先進(jìn)單位，1988年體育系受到江蘇省人民政府嘉獎(jiǎng)，1989年體育課程獲國家級教學(xué)成果獎(jiǎng)。

2000年4月，東南大學(xué)與南京鐵道醫(yī)學(xué)院、南京交通高等?？茖W(xué)校合并，南京地質(zhì)學(xué)校并入。體育系現(xiàn)有教職工75人，專職教師70人，教授2人、副教授和高級教練38人，其中有博士學(xué)位教師8人；體育運(yùn)動(dòng)裁判國際級7人、國家級11人。

近年來，學(xué)校體育取得了豐碩成果，體育學(xué)科建設(shè)已從單一的大學(xué)公共體育教學(xué)，發(fā)展成為已有《體育教育訓(xùn)練學(xué)》和《體育人文社會(huì)學(xué)》兩個(gè)碩士點(diǎn)的體育學(xué)科；大學(xué)公共體育課程自兩次評為江蘇省高校一類優(yōu)秀課程后，于2005年評為國家級精品課程，2007年獲得江蘇省教學(xué)成果一等獎(jiǎng)； 群體體育連續(xù)獲全國群眾體育工作先進(jìn)單位榮譽(yù)，是全國唯一連續(xù)十次獲此殊榮的學(xué)校；學(xué)校運(yùn)動(dòng)隊(duì)在全國學(xué)生運(yùn)動(dòng)會(huì)上，連續(xù)八次榮獲“校長杯”突出貢獻(xiàn)獎(jiǎng)。2024年獲得“第31屆世界大學(xué)生夏季運(yùn)動(dòng)會(huì)先進(jìn)集體”表彰。

東南大學(xué)體育系將秉承學(xué)校體育的優(yōu)良傳承，以體育科學(xué)研究為先導(dǎo)，以體育教學(xué)和群眾體育為兩翼，全面推進(jìn)以“面向全體大學(xué)生”和“放眼世界大運(yùn)會(huì)”為目標(biāo)的學(xué)校體育戰(zhàn)略，以提高適應(yīng)未來挑戰(zhàn)的學(xué)生身心素質(zhì)為抓手，以創(chuàng)建文明、健康、積極向上的體育文化構(gòu)建和諧校園為契機(jī)，構(gòu)筑以學(xué)科建設(shè)、隊(duì)伍管理、場地建設(shè)等為支撐的全方位、立體化的學(xué)校體育工作體系，全面提升學(xué)校體育在培養(yǎng)創(chuàng)新人才中的作用。