東南大學創(chuàng)建于1902年的三江師范學堂，1905年學校把體操列入課程之一；1915年著名教育家江謙校長提倡德、智、體三育并重，他認為“學生用腦過多，非教育之幸”，“教育事業(yè)是精神事業(yè)，有賴完全強健的軀干作基礎，否則學科程度縱有可觀，而孱弱的肢體不足以發(fā)展其文明的思想，而于應盡之義務，亦不能收到良好之效果，這種看不見的損失，對教育事業(yè)及其前途影響甚巨。”在他的倡導下，不論何系科學生，體育列為必修課，學生晨起后，一律做米勒氏呼吸操，創(chuàng)全國之先河。1916年開設體育師資科，率先為全國培養(yǎng)體育師資，為社會培養(yǎng)了一大批體育英才，如吳蘊瑞、夏翔、徐鑣等著名體育教育家。1923年成立體育系，直至1952年院系專業(yè)調整，才停招體育專業(yè)學生，原上海華東體育學院（現上海體育大學）就是以我校體育系為主體建立的。

新中國成立后，體育系認真貫徹德、智、體全面發(fā)展的教育方針，銳意改革，大力開展群眾體育活動，把增強學生體質作為首要任務。1954年作為全國高校“勞衛(wèi)制”試點校取得了可喜成績。1979年5月，教育部、國家體委、衛(wèi)生部、共青團中央在揚州召開的全國學校體育工作會議上，我校被表彰為“體育衛(wèi)生工作先進集體”；1981年6月，教育部委托江蘇省高教局在我校召開全國高校體育工作現場會，推廣和發(fā)揚“三個為主”的典型經驗。1983年我校群眾體育工作榮獲第五屆全國運動會群眾體育先進單位，1988年體育系受到江蘇省人民政府嘉獎，1989年體育課程獲國家級教學成果獎。

2000年4月，東南大學與南京鐵道醫(yī)學院、南京交通高等專科學校合并，南京地質學校并入。體育系現有教職工75人，專職教師66人，教授2人、副教授和高級教練32人，其中有博士學位教師8人；體育運動裁判國際級7人、國家級11人。
近年來，學校體育取得了豐碩成果，體育學科建設已從單一的大學公共體育教學，發(fā)展成為已有《體育教育訓練學》和《體育人文社會學》兩個碩士點的體育學科；大學公共體育課程自兩次評為江蘇省高校一類優(yōu)秀課程后，于2005年評為國家級精品課程，2007年獲得江蘇省教學成果一等獎； 群體體育連續(xù)獲全國群眾體育工作先進單位榮譽，是全國唯一連續(xù)十次獲此殊榮的學校；學校運動隊在全國學生運動會上，連續(xù)八次榮獲“校長杯”突出貢獻獎。2024年獲得“第31屆世界大學生夏季運動會先進集體”表彰。

東南大學體育系將秉承學校體育的優(yōu)良傳承，以體育科學研究為先導，以體育教學和群眾體育為兩翼，全面推進以“面向全體大學生”和“放眼世界大運會”為目標的學校體育戰(zhàn)略，以提高適應未來挑戰(zhàn)的學生身心素質為抓手，以創(chuàng)建文明、健康、積極向上的體育文化構建和諧校園為契機，構筑以學科建設、隊伍管理、場地建設等為支撐的全方位、立體化的學校體育工作體系，全面提升學校體育在培養(yǎng)創(chuàng)新人才中的作用。