水文水資源學院前身為1952年建立的華東水利學院水文系；1984年更名為水資源水文系；1995年，學校內部機構調整，水資源水文系和環(huán)境科學與工程學院合并，成立水文水資源及環(huán)境學院；2002年，調整為水資源環(huán)境學院；2007年更名為水文水資源學院。

1952年著名水文學家劉光文教授等創(chuàng)建新中國第一個水文系，1954年，創(chuàng)建我國第一個陸地水文本科專業(yè)，并于1955年開始招收研究生，是我國第一批培養(yǎng)研究生的學科點。1981年首批獲得學士、碩士和博士學位授予權。1988年水文學及水資源學科被評為國家重點學科（該學科全國唯一），2002和2007年連續(xù)兩次又被評為國家重點學科。1993年建成水資源開發(fā)利用國家專業(yè)實驗室，2001年，獲批設立水資源開發(fā)教育部重點實驗室，2004年獲批為水文水資源與水利工程科學國家重點實驗室。2005年獲批建設水資源高效利用與工程安全國家工程研究中心。1996、2002和2008年水文學及水資源學科分別列入“九五”、“十五”和“十一五”國家“211工程”重點學科建設項目。2008年水文學及水資源學科創(chuàng)新引智基地入選教育部、國家外國專家局“高校學校學科創(chuàng)新引智計劃”(111計劃)。2008年經(jīng)教育部、財政部批準建設“全球水循環(huán)與國家水安全”優(yōu)勢學科創(chuàng)新平臺（俗稱“小985”）。2010/2017：列入江蘇省高校優(yōu)勢學科創(chuàng)新平臺。2017年，獲批國家“雙一流”建設學科。

學院現(xiàn)設有水文與水資源工程系、水務工程系；水文預報研究所、工程水文及水文氣象研究所、水資源研究所、智慧水文水利研究所、城市水務工程研究所、地理與資源環(huán)境研究所、干旱研究所、中德水資源研究所；全球變化與水循環(huán)研究中心；河海大學水問題研究所和國際河流研究所等等。1997年，聯(lián)合國教科文組織通過專門議案，在我校設立UNESCO國際水文水資源及環(huán)境培訓與研究中心。

學院現(xiàn)有教職工118人，其中正高38名，副高57名；博士生導師32名，碩士生導師54名。學院擁有水利工程博士后流動站；水文學及水資源、城市水務、生態(tài)水利3個博士學位授權二級學科，水文學及水資源、城市水務、生態(tài)水利3個碩士學位授權二級學科；土木水利碩士專業(yè)學位授權類別，土木水利、資源與環(huán)境2個博士專業(yè)學位授權類別；其中，水文學及水資源、城市水務、生態(tài)水利學為國家重點學科；設有水文與水資源工程、水務工程2個本科專業(yè)。學院建設的《工程水文學》《水文統(tǒng)計》《水資源與現(xiàn)代水利》《水利類專業(yè)導論》《走近地下水》等獲得國家精品開放課程稱號，《水信息采集與處理》《地下水水文學》被評為國家雙語教學示范課程，擁有國家級水利工程實驗教學示范中心等國家本科教學實踐平臺。畢業(yè)生遍布全國各地，在業(yè)內發(fā)揮重要作用，深受社會歡迎。

多年來，學院一直秉承“繼承與發(fā)展”的方針，注重學術積累，已逐步形成覆蓋水文、水資源、水環(huán)境及3S技術應用領域比較穩(wěn)定的研究方向，有一支理論基礎深厚、實踐經(jīng)驗豐富老、中、青相結合的學術帶頭人和學術骨干隊伍，并與國內外水文水資源領域著名的學術機構建立了良好的合作關系。學院緊密跟蹤與引導學科發(fā)展趨勢，積極參與解決國民經(jīng)濟建設中的重大水文水資源及環(huán)境問題，總體上居國際先進水平。