華東理工大學(xué)生物工程學(xué)院的辦學(xué)歷史起源于1955年國內(nèi)最早成立的我?？股刂圃旃W(xué)專業(yè)。1972年上?？茖W(xué)技術(shù)大學(xué)生物系調(diào)入我校，1980年抗菌素專業(yè)更名為生物化學(xué)工程專業(yè)，1982年生物化學(xué)工程系成立。1986年食品工程專業(yè)招生。1996年生物工程學(xué)院成立。

學(xué)院（系）于1991年獲批全國第一個(gè)生物化工博士點(diǎn)，1995年建成生物反應(yīng)器工程國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，1996年成立國家生化工程技術(shù)研究中心（上海）。2002年生物化工被批準(zhǔn)為國家重點(diǎn)學(xué)科，2008年生物工程被批準(zhǔn)為國家特色專業(yè)，2015年國內(nèi)第一個(gè)生物工程博士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科獲得批準(zhǔn)。

學(xué)院（系）堅(jiān)持生物學(xué)與工程學(xué)相結(jié)合的辦學(xué)理念，突顯生物過程工程學(xué)科特色，強(qiáng)化專業(yè)教學(xué)與科研、產(chǎn)業(yè)間互動(dòng)，累計(jì)為國家培養(yǎng)出楊勝利院士、李永舫院士、劉昌勝院士為代表的1萬余名具有扎實(shí)工程學(xué)基礎(chǔ)和生物學(xué)基礎(chǔ)、注重實(shí)踐和創(chuàng)新能力的高素質(zhì)優(yōu)秀人才。

學(xué)院現(xiàn)設(shè)生物工程（含生物醫(yī)藥新工科、中德聯(lián)合生物工程）、生物科學(xué)（含應(yīng)用化學(xué)-生物科學(xué)雙學(xué)位）、生物技術(shù)、食品科學(xué)與工程、食品質(zhì)量與安全5個(gè)本科專業(yè)。研究生培養(yǎng)設(shè)置了生物工程（一級學(xué)科）、生物學(xué)（一級學(xué)科）和生物化工（二級學(xué)科）3個(gè)學(xué)術(shù)型博士點(diǎn)(可招收碩士、碩博和博士生)，食品科學(xué)一級學(xué)科學(xué)術(shù)型碩士點(diǎn)(可招收碩士生)，生物與醫(yī)藥專業(yè)學(xué)位博士點(diǎn)（可招收生物工程和食品工程方向?qū)I(yè)型碩士和博士生）。學(xué)院現(xiàn)設(shè)生物工程、化學(xué)工程與技術(shù)（分站）和輕工技術(shù)與工程3個(gè)博士后流動(dòng)站。學(xué)院擁有國內(nèi)外頂尖的學(xué)科帶頭人和一大批中青年學(xué)術(shù)帶頭人及學(xué)術(shù)骨干，師資力量雄厚，梯隊(duì)結(jié)構(gòu)合理。現(xiàn)有教職員工182人，專任教師125人，其中正高級職稱42人、副高級職稱60人，博導(dǎo)49人，碩導(dǎo)103人。

學(xué)院擁有生物反應(yīng)器工程國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國家生化工程技術(shù)研究中心（上海）及上海生物制造產(chǎn)業(yè)省部共建協(xié)同創(chuàng)新中心三個(gè)國家級科研基地、多個(gè)省部級科研基地以及若干研究所（中心），先后承擔(dān)了一大批國家級、省部級科研項(xiàng)目和重大企業(yè)橫向課題，取得了7項(xiàng)國家級和數(shù)十項(xiàng)省部級科技獎(jiǎng)勵(lì)。學(xué)院正以建設(shè)國內(nèi)領(lǐng)先、國際一流的生物工程學(xué)科為契機(jī)，面向世界科技前沿、面向國民經(jīng)濟(jì)主戰(zhàn)場、面向國家重大需求、面向人民生命健康，堅(jiān)持生物學(xué)與工程學(xué)相結(jié)合的特色，引領(lǐng)生物醫(yī)藥為特色的生物制造領(lǐng)域工程化技術(shù)的快速發(fā)展。