南海研究院是教育部支持、工信部批準同意、海南省教育廳及三亞市政府、招商海南合作共建，作為哈爾濱工程大學(xué)的教學(xué)科研單位，在學(xué)校批準和授權(quán)范圍內(nèi)，南海研究院代表學(xué)校在海南省承擔(dān)人才培養(yǎng)、科技創(chuàng)新與成果轉(zhuǎn)化、社會服務(wù)以及國際合作交流等任務(wù)。

南海研究院堅持“國家（海南）所需，學(xué)校所強”，立足三亞，輻射南海，瞄準海南自貿(mào)港建設(shè)需求，充分融合海南和學(xué)校優(yōu)勢，重點圍繞南海維權(quán)裝備技術(shù)、深遠海信息技術(shù)、深遠海能源和資源開發(fā)裝備技術(shù)、海洋生態(tài)保護與海洋旅游裝備技術(shù)等方向，開展深遠海裝備技術(shù)創(chuàng)新應(yīng)用，開展深遠海領(lǐng)域科技自主科技創(chuàng)新，推動高水平國際合作，培養(yǎng)深遠海領(lǐng)域高層次人才，為海洋強國建設(shè)、海南自貿(mào)港建設(shè)和三亞經(jīng)濟社會發(fā)展貢獻力量。