哈爾濱工程大學(xué)計算機科學(xué)與技術(shù)專業(yè)是黑龍江省重點本科專業(yè)，其起點可以追溯到1960年組建的中國人民解放軍軍事工程學(xué)院(簡稱“哈軍工”)海軍工程系指揮儀與電子計算機科。這兩個專業(yè)的課題組分別于1958和1964年研制成功了我國第一臺軍用電子計算機“901型魚雷艇指揮儀”和我國最早一批采用國產(chǎn)晶體管的“441-B系列計算機”。1966年以這兩個專業(yè)為基礎(chǔ)組建了“哈軍工”電子計算機系（六系）。1970年“哈軍工”改建后，又以原“哈軍工”計算機系的部分教師為基礎(chǔ)組建了哈爾濱船舶工程學(xué)院（簡稱“哈船院”）的計算機專業(yè)，本專業(yè)是以承擔(dān)重大科研項目為背景而起步的，研制成功的277乙機和海鷹－Ⅱ號導(dǎo)彈指揮儀均獲了1978年全國科學(xué)大會獎，一度在國內(nèi)處于較領(lǐng)先的地位。1975年成立了“哈船院”的計算機與信息科學(xué)系，先后設(shè)立計算機及應(yīng)用專業(yè)和計算機軟件專業(yè)。1982年，“哈船院”六系由計算機科學(xué)技術(shù)系更名為計算機與信息科學(xué)系。

2001年，哈爾濱工程大學(xué)計算機科學(xué)與技術(shù)學(xué)院經(jīng)學(xué)校批準(zhǔn)成立。經(jīng)過多年發(fā)展和建設(shè)，學(xué)院在學(xué)科專業(yè)建設(shè)方面綜合水平居于全國高校前列。學(xué)院擁有計算機科學(xué)與技術(shù)和軟件工程2個一級學(xué)科博士點，1個網(wǎng)絡(luò)安全技術(shù)與工程目錄外二級學(xué)科，1個電子信息領(lǐng)域工程碩士點和1個機械領(lǐng)域工程博士點；此外，學(xué)院擁有計算機科學(xué)與技術(shù)博士后科研流動站。在第四輪學(xué)科評估中，計算機科學(xué)與技術(shù)學(xué)科位列B+檔，軟件工程學(xué)科位列B檔，2019年計算機科學(xué)進入全球前1%行列。計算機科學(xué)與技術(shù)、軟件工程和和信息安全專業(yè)均通過工程教育認(rèn)證，計算機科學(xué)與技術(shù)專業(yè)已經(jīng)3次通過認(rèn)證；計算機科學(xué)與技術(shù)、軟件工程、信息安全專業(yè)為“國家級一流專業(yè)”，于2021年推薦申報國家級一流專業(yè)，學(xué)院三個本科專業(yè)全部進入“雙萬計劃”專業(yè)建設(shè)行列。

2008年，哈爾濱工程大學(xué)軟件學(xué)院獲黑龍江省教育廳正式批復(fù)組建。2021年軟件學(xué)院獲批國家級首批特色化示范性軟件學(xué)院。學(xué)院充分發(fā)揮學(xué)校“船?！碧厣c優(yōu)勢學(xué)科方向，以大型船舶工業(yè)軟件為切入點，以特色化軟件人才培養(yǎng)為目標(biāo)，以深度校企合作為軟件人才質(zhì)量提升的突破口，形成了“船舶領(lǐng)域?qū)颉⒗碚搶嵺`并舉、校企深度合作、多維協(xié)同育人”的辦學(xué)特色。為適應(yīng)軟件產(chǎn)業(yè)發(fā)展對人才的迫切需求，按照“辦學(xué)層次化、運作企業(yè)化、管理專業(yè)化”的辦學(xué)模式，堅持“高起點、國際化、面向產(chǎn)業(yè)、打造特色”的辦學(xué)理念，產(chǎn)學(xué)研緊密結(jié)合，致力于培養(yǎng)具有國際競爭能力的高素質(zhì)、工程型、復(fù)合型軟件高級人才。學(xué)院擁有軟件工程一級學(xué)科博士點，設(shè)有軟件工程本科專業(yè)。人才培養(yǎng)方案以厚基礎(chǔ)、重創(chuàng)新、體現(xiàn)國際化為特色。在夯實學(xué)生基礎(chǔ)的同時，大力提高學(xué)生的實踐創(chuàng)新能力，為用人單位輸送本領(lǐng)域高層次卓越人才。

2010年，哈爾濱工程大學(xué)國家保密學(xué)院成立，為我國首家理工背景的保密專業(yè)學(xué)院。學(xué)院是根據(jù)國家保密事業(yè)科學(xué)發(fā)展的要求，適應(yīng)新形勢、新任務(wù)下對保密專業(yè)人才的迫切需要，由國家保密局依托哈爾濱工程大學(xué)計算機科學(xué)和信息安全學(xué)科專業(yè)平臺，充分整合管理、法律、人文學(xué)科專業(yè)資源成立。保密學(xué)院設(shè)有“信息安全”本科專業(yè)，致力于培養(yǎng)懂法律、有技術(shù)、善管理的復(fù)合型保密專門人才。哈爾濱工程大學(xué)國家保密學(xué)院于2010年被授權(quán)作為國家保密教育培訓(xùn)基地哈爾濱分基地，開展相關(guān)保密教育培訓(xùn)工作。

學(xué)院擁有計算機科學(xué)與技術(shù)、信息安全、軟件工程3個本科專業(yè)，全部通過教育部工程教育專業(yè)認(rèn)證，計算機科學(xué)與技術(shù)已經(jīng)三次通過認(rèn)證；3個本科專業(yè)全部進入“國家級一流本科專業(yè)”建設(shè)行列，專業(yè)建設(shè)及育人水平得到業(yè)界廣泛認(rèn)可。

學(xué)院下設(shè)六個基層學(xué)術(shù)組織：計算機科學(xué)教學(xué)與研究中心、數(shù)據(jù)科學(xué)教學(xué)與研究中心、軟件工程教學(xué)與研究中心、網(wǎng)絡(luò)技術(shù)與信息安全教學(xué)與研究中心、計算機教育與實踐創(chuàng)新中心、高性能計算研究中心。

學(xué)院歷來重視科研工作，產(chǎn)生了一批以我國第一臺艦載電子計算機“901型魚雷艇指揮儀”和第一代采用國產(chǎn)晶體管的“441B系列計算機”為代表的一系列科研成果。深耕于當(dāng)年軍工圣殿，服務(wù)于國家戰(zhàn)略需求。計算機科學(xué)與技術(shù)學(xué)院全體師生將秉承傳統(tǒng)，與時俱進，開拓創(chuàng)新，勇毅篤行，努力把計算機學(xué)院建設(shè)成為我國計算機領(lǐng)域高水平科學(xué)研究、高層次人才培養(yǎng)的重要基地。

學(xué)院瞄準(zhǔn)“智能、數(shù)字、網(wǎng)絡(luò)、自主、政務(wù)”等國家重大戰(zhàn)略需求，在下一代互聯(lián)網(wǎng)技術(shù)與安全、船舶工業(yè)軟件、物聯(lián)網(wǎng)與可信計算、社交網(wǎng)絡(luò)與智能信息處理、大數(shù)據(jù)與知識工程等學(xué)科方向形成顯著優(yōu)勢與特色，處于國際領(lǐng)先或先進水平。2016年以來，學(xué)院牽頭承擔(dān)科技部國家重點研發(fā)計劃項目、國家自然科學(xué)基金重點項目、工信部重大工程項目等重大科技計劃項目以及省、部、委和行業(yè)龍頭企業(yè)委托項目共350余項，科研經(jīng)費到款超過2億元。發(fā)表學(xué)術(shù)論文1100余篇，其中SCI檢索384篇、EI檢索669篇。獲得國家發(fā)明專利授權(quán)220項。出版學(xué)術(shù)著作和教材近40部。作為牽頭單位與主要參研單位獲得國家科技進步獎二等獎1項，省部級科技進步一等獎2項、中國測繪學(xué)會測繪科學(xué)技術(shù)一等獎1項。依托學(xué)院網(wǎng)絡(luò)安全領(lǐng)域重大科研成果研制的軟硬件一體化網(wǎng)絡(luò)安全產(chǎn)品，市場銷售規(guī)模超過1億元，并創(chuàng)造了良好的社會效益。