合肥師范學(xué)院音樂學(xué)院源于原安徽教育學(xué)院藝術(shù)系音樂專業(yè)。1988年4月，由教育廳批準(zhǔn)原安徽教育學(xué)院藝術(shù)系音樂專業(yè)成立。自1990年9月起，安徽教育學(xué)院藝術(shù)系音樂專業(yè)招收成人脫產(chǎn)?？七M(jìn)修生，1990年至1995年共招收5屆150名成人脫產(chǎn)?？七M(jìn)修生；1996年7月成人脫產(chǎn)專科停招。自1995年9月1日藝術(shù)系音樂專業(yè)開始招收專升本層次的成人脫產(chǎn)本科生，至2004年7月，共招收9屆270名成人脫產(chǎn)本科進(jìn)修生。2005年至2006年音樂專業(yè)與安徽師范大學(xué)音樂系聯(lián)合招收了2屆普通全日制本科生，其間學(xué)校由成人本科院校改制為合肥師范學(xué)院，從專業(yè)設(shè)置到師資隊(duì)伍建設(shè)都經(jīng)歷了重大變化，專業(yè)課程設(shè)置逐步完成了向全日制普高本科音樂學(xué)（師范）專業(yè)的轉(zhuǎn)型，師資隊(duì)伍擴(kuò)展到15人。2007年，由于學(xué)校改制的專業(yè)調(diào)整需要，當(dāng)年音樂專業(yè)停招普通全日制本科生，當(dāng)年只招收一屆普通全日制三年制?？粕?/p>

2008年4月，由于學(xué)校改制更名為合肥師范學(xué)院之后院系調(diào)整的需要，正式成立音樂系。同年9月，音樂系招收了第一屆由合肥師范學(xué)院音樂系獨(dú)立培養(yǎng)的音樂學(xué)（師范）專業(yè)本科生和?？粕?，同時(shí)音樂系的建章立制工作全面啟動(dòng)。同年4月，音樂系音樂學(xué)（師范）、音樂學(xué)（非師范）的人才培養(yǎng)方案正式出臺(tái)，成立了理論、聲樂、鍵盤、器樂四個(gè)教研室和一個(gè)藝術(shù)實(shí)踐教研室，其時(shí)共有教職員工25人。2009年8月，音樂系招收了第二屆音樂學(xué)（師范）專業(yè)的本科生和?？粕?。2010年8月，音樂系在音樂學(xué)（師范）專業(yè)的基礎(chǔ)上，拓展了音樂學(xué)（非師范）專業(yè)方向，招收音樂學(xué)（非師范）專業(yè)的本科生。2010年7月，音樂系正式申報(bào)音樂表演本科專業(yè)，當(dāng)年獲教育部的批準(zhǔn)，并于2011年8月正式招生。自2011年8月起，音樂系初步完成了音樂學(xué)（教師教育）、音樂表演兩個(gè)本科專業(yè)的建設(shè)并同時(shí)招生。2014年5月，學(xué)校在音樂系的基礎(chǔ)上正式批準(zhǔn)成立音樂學(xué)院,下設(shè)音樂理論系、聲樂系、鋼琴系、器樂系（藝術(shù)實(shí)踐中心）共計(jì)四個(gè)系。截至2025年4月，專任教師44人，其中教授3人、副教授18人、講師20人、助教3人。