華東師范大學音樂學科的辦學歷史發(fā)軔于二十世紀初原滬江大學的音樂教育。1951年即華東師范大學創(chuàng)立之始，以滬江大學音樂系為基礎，調進中央音樂學院上海分院(今上海音樂學院)部分教師，又面向社會招聘一批具有音樂專長的教師，組成華東師范大學音樂系。1953 年江蘇師范學院音樂專業(yè)并入華東師范大學音樂系。著名歌唱家作曲家應尚能曾任系主任。作曲家、音樂理論家、音樂教育家劉雪庵，音樂理論家、作曲家錢仁康，中國合唱指揮泰斗馬革順等都曾任教于此。1955 年起教育部進行師范院校藝術學科調整。1956年6月華東師范大學音樂系學生轉入新成立的北京藝術師范學院，教師分別調往北京藝術師范學院、上海音樂學院、南京師范學院和蘭州西北師范學院等高校。

1993 年華東師大重建音樂專業(yè)，隸屬藝術教育系，招收專科生，1999 年開始招收本科生。2004 年學校成立藝術學院，著名音樂指揮家侯潤宇教授擔任院長，下設音樂學系，由男低音歌唱家、聲樂教育家高曉東教授和著名小提琴教育家常林先后擔任系主任。2011年12月，音樂學系提升為實體建制。2018年6月成立音樂學院，下設5個系所指揮家、大提琴家吳和坤任院長。2022年1月起，聘請前中央音樂學院副院長，音樂美學家、音樂心理學家、教育學家周海宏教授擔任名譽院長。

學院配備專業(yè)音樂廳、排練廳、多媒體教室、師生琴房、錄音室等，總面積約 3500 余平方米，樂器及多媒體設備 1000 余件，依托閔行文化中心(占地23700 余平方米)及校內外優(yōu)質資源打造一流音樂學科教學、實踐設施設備保障體系。