1956年9月，中央音樂學院在全國藝術院校中率先建立了音樂學系(Musicology Department)。1973年，根據國務院文化組成立中央“五七”藝術大學音樂學院的決定，中央音樂學院音樂學系與中國音樂學院音樂理論系合并為理論系。1975年作曲系與理論系合并為作曲理論系。1977年恢復音樂學系。

音樂學系的定位是：以培養(yǎng)高精尖的音樂理論人才為己任。經過幾十年的發(fā)展，在專業(yè)設置、課程結構、師資隊伍、學術研究、人才培養(yǎng)等各個方面，始終站在全國音樂學學科建設與發(fā)展的前列，現已成為中國音樂學事業(yè)最重要的學術高地。

音樂學系學科門類齊全，學術平臺豐富?，F設置有中國音樂史、西方音樂史、中國傳統(tǒng)音樂、音樂美學、世界民族音樂、音樂理論共同課、音樂藝術管理共7個教研室，另設有中央音樂學院于潤洋音樂美學史學研究中心、音樂心理學實驗室、民族音樂實驗室、世界音樂演奏實習中心、探戈藝術研究與實踐中心及中央音樂學院遠程音樂教育學院認證課室。

音樂學系共有十五個專業(yè)研究方向，中國古代音樂史、中國近現代音樂史、西方音樂史、中國傳統(tǒng)音樂、中國少數民族音樂、音樂美學、中國音樂美學史、音樂心理學、中國傳統(tǒng)音樂的美學問題、世界民族音樂、音樂文獻翻譯（英語）、琴學研究可授予碩士及博士學位，專業(yè)音樂教育學、音樂編輯與出版、音樂藝術管理可授予碩士學位。

近七十年來，音樂學系的一代代學者開疆拓土，攻堅克難，在接續(xù)奮斗中創(chuàng)造了無數榮光，涌現了以張洪島、廖輔叔、藍玉崧、于潤洋、汪毓和、蔡仲德、田聯韜、陳自明、鐘子林、張前、袁靜芳、王次炤等為代表的一批學貫中西、融通古今的名家大師。1981年，經國務院批準，中央音樂學院成為全國首批博士學位授予單位，音樂學系廖輔叔教授成為當時全國僅有的兩位音樂領域的博士生導師之一，培養(yǎng)了中國首位本土音樂博士；國內西方音樂史和音樂美學兩個方向的首位博士均由我系于潤洋教授擔任導師。1993年，音樂學系“音樂美學教學成果”榮獲普通高等學校國家級優(yōu)秀教學成果一等獎；2014年，“音樂美學博士研究生培養(yǎng)”（于潤洋、張前、王次炤）榮獲首屆中國研究生教育優(yōu)秀成果獎二等獎。2003年，我校在全國音樂院校中率先成立博士后流動站，招收的首批博士后均為音樂學方向科研人員。

音樂學系科研力量雄厚，一代代學人砥學研思、躬耕不輟，建系以來取得了豐碩的教學與科研成果，迄今已出版和發(fā)表的專著、教材和論文近萬部（篇）?！段鞣揭魳吠ㄊ贰罚ㄓ跐櫻笾骶帲?、《現代西方音樂哲學導論》（于潤洋著）、《音樂美學基礎》（張前、王次炤著）、《中國近現代音樂史》（汪毓和著）等多部教材被眾多藝術院校作為通用教材，在全國具有廣泛影響。

音樂學系多位教師的教材與著述獲得國家級和省部級獎勵，如：由于潤洋等任主編，汪毓和、王次炤、袁靜芳等任副主編的《音樂百科全書》榮獲第八屆高等學?？茖W研究優(yōu)秀成果獎（人文社會科學）一等獎，《廖輔叔全集》榮獲第九屆高等學校科學研究優(yōu)秀成果獎（人文社會科學）一等獎，于潤洋的《現代西方音樂哲學導論》榮獲教育部2002年“普通高等學校優(yōu)秀教材”一等獎及北京市“第七屆哲學社會科學優(yōu)秀成果獎”一等獎，王次炤的《音樂美學基本問題》榮獲2017年北京市高等教育教學成果一等獎。

袁靜芳的《中國傳統(tǒng)器樂》、王次炤的《音樂美學基本問題》等被列入國家級以及北京市精品教材或精品課程。多位教師的著述獲得中國音樂金鐘獎理論評論獎、中國文聯“啄木鳥”杯中國文藝評論年度優(yōu)秀作品，多人次獲得國家社科基金藝術學項目等重要科研立項，等等。由此可見中央音樂學院音樂學系在全國音樂學領域所發(fā)揮的引領示范作用。

音樂學系有一批專家享受國務院政府特殊津貼：于潤洋、汪毓和、袁靜芳、黃曉和、田聯韜、鐘子林、陳自明、張前、張洪模、陳宗群、徐士家、潘必新、王次炤、李應華、梁茂春、戴嘉枋、張伯瑜。

音樂學系歷任系主任：第一任張洪島教授（1956-1983）；第二任藍玉崧教授（1983-1987）；第三任黃曉和教授（1987-1990）；第四任鐘子林教授（1990-1994）；第五任袁靜芳教授（1994-2001）；第六任張伯瑜教授（2001-2011）；第七任周青青教授（2011-2016）；第八任安平教授（2016-2023）；

音樂學系現任系主任：何寬釗教授。

音樂學系現有教授21名，研究員2名，編審1名，譯審1名，副教授7名，講師7名，助教2名。另有外籍教師2名。

2023年，音樂學系在校學生共335人，其中本科生183人（音樂學專業(yè)86人，藝術管理專業(yè)97人），碩士研究生110人，博士研究生42人。

音樂學系學術秘書傅瀟，教學行政秘書鄧雪，輔導員萬鯤。