沈陽醫(yī)學院基礎(chǔ)醫(yī)學院創(chuàng)立于1958年，其前身為醫(yī)學基礎(chǔ)部，2006年更名為基礎(chǔ)醫(yī)學院。它是學校的一個重要教學、科研單位，下設(shè)辦公室和教務(wù)科，涵蓋基礎(chǔ)醫(yī)學和生物學兩個一級學科碩士學位授權(quán)點；醫(yī)學檢驗技術(shù)專業(yè)（沈陽市重點建設(shè)專業(yè)）、生物技術(shù)專業(yè)、生物信息學專業(yè)；設(shè)有人體解剖學、組織學與胚胎學、細胞生物學與遺傳學、生物化學與分子生物學、生理學、免疫學、病原生物學、病理學、病理生理學9個教研室以及機能學與形態(tài)學實驗教學中心和分子形態(tài)中心；擁有3個遼寧省重點實驗室（人類族群特異性及重要疾病表型組學研究重點實驗室、環(huán)境污染與微生態(tài)實驗室、行為與認知神經(jīng)科學實驗室）、5個沈陽市重點實驗室（表型組學研究實驗室、環(huán)境污染與微生態(tài)實驗室、腦老化與認知神經(jīng)科學實驗室、腫瘤進展關(guān)鍵標志物篩查與靶向治療實驗室、腎臟鈣化疾病防治實驗室）、1個沈陽市工程中心（醫(yī)學生物技術(shù)工程中心）、1個遼寧省實驗教學示范中心（基礎(chǔ)醫(yī)學實驗教學中心）、1個遼寧省科普基地（人體解剖展覽館）、3個遼寧省優(yōu)秀教學團隊（生理、病理、病原）和16門遼寧省一流課程（線上1門、線下8門、線上線下混合式7門），病原生物學是“遼寧省提升高等學校核心競爭力特色學科”、“遼寧省優(yōu)勢特色重點學科”和“特色突出計劃立項學科”。

基礎(chǔ)醫(yī)學院現(xiàn)有國務(wù)院特貼專家1人，遼寧省特聘教授3人，遼寧省教學名師5人，遼寧省優(yōu)秀教師2人，遼寧省“興遼英才”計劃青年拔尖人才2人、遼寧省優(yōu)秀科技工作者1人，遼寧省“百千萬人才工程”百人層次5人、千人層次4人、萬人層次11人，遼寧省優(yōu)秀青年骨干教師6人，沈陽市政府特殊津貼專家1人，沈陽市優(yōu)秀專家1人，沈陽市優(yōu)秀科技工作者5人。近五年，教師獲得國家自然科學基金項目8項，遼寧省“興遼英才計劃”科技創(chuàng)新領(lǐng)軍人才項目1項，遼寧省“興遼英才計劃”青年拔尖人才項目1項，省市級科研項目56項；發(fā)表高水平論文62篇，主編學術(shù)專著6部；獲得中國醫(yī)藥教育協(xié)會科學技術(shù)獎教育創(chuàng)新獎一等獎1項、遼寧省科技進步二等獎1項、三等獎1項。

目前，基礎(chǔ)醫(yī)學院教學、科研用房的使用面積總計6849平方米，擁有教學、科研儀器設(shè)備共計3792余臺（件），其中10萬元以上儀器設(shè)備155臺（件），總值為8240萬元。

基礎(chǔ)醫(yī)學院每年承擔臨床醫(yī)學、預(yù)防醫(yī)學、口腔醫(yī)學、醫(yī)學影像學、麻醉學、護理學、康復(fù)治療學、藥學、醫(yī)學檢驗技術(shù)、食品質(zhì)量與安全、衛(wèi)生檢驗與檢疫、助產(chǎn)學、精神醫(yī)學、醫(yī)學信息工程、中藥學、養(yǎng)老服務(wù)管理、生物信息學、生物技術(shù)、應(yīng)用心理學、健康服務(wù)與管理、康復(fù)物理治療、勞動與社會保障等22個本科專業(yè)40門基礎(chǔ)醫(yī)學課程教學任務(wù)，年均教學學時約22626學時（其中理論約7836學時、實驗約15240學時）。