1997 年亞洲金融危機(jī)催生了東盟與中日韓合作機(jī)制（10+3）。2002 年，“東亞研究小組”（EASG）建議在“10+3”框架內(nèi)成立“東亞思想庫(kù)網(wǎng)絡(luò)”（NEAT），為一軌合作提供智力支持。這一建議在當(dāng)年舉行的第六次“10+3”領(lǐng)導(dǎo)人會(huì)議上正式獲得通過(guò)。中方認(rèn)領(lǐng)了這項(xiàng)任務(wù)。2003 年底，外交部指定外交學(xué)院作為“NEAT中國(guó)”國(guó)家協(xié)調(diào)單位，學(xué)院于2004 年正式成立東亞研究中心，作為“NEAT 中國(guó)”秘書(shū)處，開(kāi)展第二軌道外交工作，并以此為契機(jī)推動(dòng)學(xué)院的相關(guān)學(xué)術(shù)與政策研究。2013 年，中國(guó)與東盟紀(jì)念戰(zhàn)略伙伴關(guān)系十周年，李克強(qiáng)總理倡議成立“中國(guó)—東盟思想庫(kù)網(wǎng)絡(luò)”（NACT），為中國(guó)—東盟戰(zhàn)略伙伴關(guān)系“鉆石十年”、為中國(guó)—?東盟命運(yùn)共同體建設(shè)貢獻(xiàn)智慧。東亞研究中心被指定為“NACT中國(guó)”國(guó)家協(xié)調(diào)單位。2013 年，在中日韓三國(guó)合作秘書(shū)處的關(guān)心和支持下，外交部依托東亞研究中心成立了“中日韓合作研究中心”，成為國(guó)內(nèi)首家官方認(rèn)可的專門從事中日韓合作研究的智庫(kù)。2014 年初，為適應(yīng)新形勢(shì)提出的新要求，東亞研究中心正式更名為亞洲研究所。同年，中日韓三方同意盡快建成“中日韓思想庫(kù)網(wǎng)絡(luò)”，并指定了各國(guó)協(xié)調(diào)單位，外交學(xué)院亞洲研究所被指定為中國(guó)國(guó)家協(xié)調(diào)單位。

亞洲研究所是“東亞思想庫(kù)網(wǎng)絡(luò)”（Network of East Asian Think-tanks, 簡(jiǎn)稱NEAT）、“中國(guó)—東盟思想庫(kù)網(wǎng)絡(luò)”（Network of ASEAN-China Thinktanks,NACT）和“中日韓思想庫(kù)網(wǎng)絡(luò)”的中國(guó)國(guó)家協(xié)調(diào)單位；它服務(wù)中國(guó)外交大戰(zhàn)略，直接配合外交部亞洲司工作，發(fā)展定位是“全球視野下的亞洲研究，學(xué)術(shù)根基上的高端智庫(kù)”。