中國音樂學院指揮系本科教學秉承學院“承國學、揚國韻、育國器、強國音”辦學理念，以中國傳統(tǒng)文化視角培養(yǎng)指揮人才傳承中華文明、以中國樂派審美觀念培養(yǎng)指揮人才詮釋世界音樂、以世界文化發(fā)展方向培養(yǎng)指揮人才服務國際需求、以中國精神立足世界培養(yǎng)指揮人才堅守文化自信。在學院建設世界一流大學的辦學目標下，指揮系著力建設世界一流的指揮學科，努力構(gòu)建被世界認可的中國指揮教學體系。

指揮系于2003年成立，是中國高等音樂院校高水平指揮人才培養(yǎng)基地。旨在培養(yǎng)能夠在世界音樂舞臺上的專業(yè)文藝團體、專業(yè)藝術院校、社會文化機構(gòu)等從事音樂表演與教學研究的指揮專門人才。由李心草教授擔任學科帶頭人，指揮系構(gòu)建了國際化一流師資隊伍，其中包括胡詠言（美）、Wolfgang Redik（德）、Alexander Polishchuk（俄）、Peter Stark（英），Guido J Rumstadt（德），Peter Burwik（奧），Viktor Akulovich（俄）構(gòu)成的外教團隊。

指揮系是學院北京市“一流專業(yè)”建設項目的實施部門，是學院“中國樂派”音樂教學體系的建設部門。指揮系本科教學基于學院發(fā)起并建立的“全球音樂教育聯(lián)盟”，力求課程設置與培養(yǎng)方案與“聯(lián)盟”成員院校相互認可，為世界范圍的音樂人才提供最優(yōu)質(zhì)的指揮教學資源，搭建最高端的指揮學習平臺。

指揮系目前設置了本科、碩士與博士研究生三個層次的教學。在研究生階段設置了歌劇指揮、樂隊指揮、合唱指揮三個專業(yè)方向，目前計劃逐步開設國樂指揮、早期音樂指揮與流行音樂指揮等專業(yè)研究方向。指揮系本科的培養(yǎng)方案則是圍繞研究生層次所開設專業(yè)行具有針對性的基礎訓練。

指揮系的畢業(yè)生已經(jīng)在國家或省部級藝術學院、綜合大學以及國內(nèi)外專業(yè)藝術團體擔任教學或指揮工作。包括中國音樂學院、中央音樂學院、天津音樂學院、沈陽音樂學院、北京大學、清華大學、國家大劇院、新加坡華樂團、天津交響樂團、哈爾濱交響樂團、甘肅省歌舞劇院、山東省歌舞劇院。另部分本科畢業(yè)生考入國外著名音樂學院進行深造，包括美國霍普金斯大學皮博迪音樂學院、美國辛辛那提大學音樂學院、美國曼哈頓音樂學院、維也納格拉茨音樂藝術表演大學、德國紐倫堡音樂學院等。