藥學(xué)院于2002年12月成立，現(xiàn)有臨床藥學(xué)、藥學(xué)、中藥學(xué)三個本科專業(yè),藥學(xué)、中藥學(xué)兩個一級碩士科學(xué)學(xué)位授權(quán)點和藥學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點。2014年起，分別與澳門科技大學(xué)、泰國清邁大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)博士研究生。藥學(xué)學(xué)科為四川省一流（建設(shè)）學(xué)科，藥學(xué)專業(yè)為省級一流本科專業(yè)建設(shè)點；藥劑學(xué)（臨床藥學(xué)方向）為省醫(yī)學(xué)甲級重點建設(shè)學(xué)科。2020年軟科中國最好學(xué)科排名，藥學(xué)學(xué)科進入前40%，位列第56名?，F(xiàn)有在校本科生1134名，研究生300余名。

藥學(xué)院現(xiàn)有教職員工111人，其中專任教師83名、教授24名、副教授29名；碩士生導(dǎo)師118名（含兼職）；博士54名；具有海外留學(xué)經(jīng)歷學(xué)者19名。國務(wù)院政府特殊津貼專家1名，入選教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才計劃1名，中國科學(xué)院“BR計劃”2名，四川省QR計劃3名，四川省有突出貢獻優(yōu)秀專家3名；國家中醫(yī)藥管理局后備人選1名，四川省學(xué)術(shù)和技術(shù)帶頭人1名、后備人選7名，四川省衛(wèi)健委學(xué)術(shù)和技術(shù)帶頭人6名、后備人選6名，四川省杰出青年3名，四川省青年科技獎獲得者2名。

藥學(xué)院設(shè)有黨政辦公室、學(xué)科建設(shè)辦公室、教務(wù)科、學(xué)生科4個職能科室，藥物化學(xué)、藥劑學(xué)、藥物分析、藥理學(xué)、微生物與生化藥學(xué)、臨床藥學(xué)、中藥藥理與臨床中藥學(xué)、中藥炮制與制劑、中藥資源與鑒定˙生藥學(xué)9個教研室，1個校級藥學(xué)實驗教學(xué)示范中心(由藥理學(xué)、藥學(xué)、中藥學(xué)3個實驗教學(xué)平臺組成)，1個藥物分析測試中心和1個藥用植物園。主編或參編專著教材48部；擁有省級應(yīng)用型示范課程1門，校級優(yōu)秀教學(xué)團隊1個；承擔(dān)全校臨床、護理、藥學(xué)等24個專業(yè)本科生（含留學(xué)生）、研究生的教學(xué)任務(wù)。與20余家三甲醫(yī)院、知名制藥企業(yè)共建實踐教學(xué)基地；有省級大學(xué)生校外實踐教學(xué)基地1個。與西南醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院共建有國家衛(wèi)健委臨床藥師培訓(xùn)基地、四川省醫(yī)療機構(gòu)藥師規(guī)范化培訓(xùn)基地。為國家藥品不良反應(yīng)監(jiān)測哨點、四川省藥物濫用監(jiān)測哨點；國家老年疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心全國老年藥學(xué)聯(lián)盟單位、四川省個體化治療聯(lián)盟副理事長單位、四川省藥學(xué)會副理事長單位。

藥學(xué)院有市廳共建四川省重點實驗室1個，四川省科技廳中藥化學(xué)對照品共享平臺1個，四川省科技廳區(qū)域醫(yī)學(xué)檢驗協(xié)同共享數(shù)據(jù)系統(tǒng)平臺1個、藥理學(xué)協(xié)同創(chuàng)新中心1個，四川省教育廳高校重點實驗室1個。擁有Q-TOF、NMR、LC-MS、分子互相作用力系統(tǒng)等藥物科學(xué)領(lǐng)域的大型儀器，設(shè)備總價值達4000余萬元。藥學(xué)院連續(xù)兩屆獲得學(xué)校科技創(chuàng)新團隊稱號。藥用植物園占地20余畝，主要用于中藥學(xué)、藥學(xué)專業(yè)學(xué)生的見習(xí)教學(xué)。藥物植物園力爭建成集教學(xué)、科研、科普、觀賞、休閑于一體的精品工程。

近五年，藥學(xué)院獲省部級及以上課題59項，其中國家自然科學(xué)基金25項，共計承擔(dān)各級各類科研課題176項，科研經(jīng)費5000余萬元；獲省部級及以上人才稱號10人次，各級學(xué)會擔(dān)任省部級學(xué)會主任、副主任委員10余人次；發(fā)表科研論文350余篇，其中SCI收錄論文279篇，IF＞10的論文9篇；獲四川省科技進步獎二等獎、三等獎各1項，獲中華醫(yī)學(xué)科技獎醫(yī)學(xué)科學(xué)技術(shù)獎三等獎1項，華夏醫(yī)學(xué)獎二等獎1項，四川省醫(yī)學(xué)科技獎二等獎1項，瀘州市科技進步一等獎1項。獲大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓(xùn)練計劃項目國家級立項48項、省級立項41項。

近年來，學(xué)院有效地整合了藥學(xué)、中藥學(xué)、臨床藥學(xué)的教學(xué)科研力量，充分發(fā)揮藥學(xué)人才和學(xué)科優(yōu)勢，積極參與配合推動學(xué)校與中國（四川）自由貿(mào)易試驗區(qū)川南臨港片區(qū)合作成立“川南醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)化研究院”，為西南地區(qū)人民提供高質(zhì)量醫(yī)療技術(shù)服務(wù)；圍繞中樞神經(jīng)系統(tǒng)藥物研究，與科瑞德制藥有限公司合作共建“廳市共建中樞神經(jīng)系統(tǒng)藥物四川省重點實驗室”，夯實企業(yè)在該領(lǐng)域的領(lǐng)先地位；與學(xué)校司法鑒定中心共建“法醫(yī)毒物鑒定室”，并通過CNAS和省司法廳的認(rèn)證認(rèn)可，已服務(wù)多省市委托案件的鑒定，取得了較好的社會效益。