體育部是貫徹落實《學校體育工作條例》、《國家學生體質健康標準》和《全民健身計劃》的職能部門，是承擔學校體育教學、學生課外體育活動、組織校內外體育比賽等工作的基層單位。于2018年11月成立。

體育部下設辦公室、體育教研室、大學生體質健康測試中心、競賽訓練中心、群體場館中心。體育部在崗專任教師共19人，其中教授1人、副教授9人、講師5人、助教4人。教師隊伍中16人具有碩士學位，2人具有博士學位，1人博士在讀，有1名國家級裁判員。1名專職辦公室人員和1名體育設施管理人員。

近年來，通過課內外“一體化”教學模式改革與實踐、賦分制教師績效改革與實踐、落實提升學生體質健康測試方案的路徑，體育教學改革創(chuàng)新取得顯著成效。首先，教學質量穩(wěn)步提升。2022年，《大學體育》課程被評為省級一流課程；2021年，《智慧一體化體育課程體系五年堅守，提升學生體質健康水平研究 》榮獲廣州醫(yī)科大學第十七屆教學成果二等獎；師資隊伍不斷增強。其次，學生體育競技水平不斷提高，比賽取得優(yōu)異成績。2019年，廣州醫(yī)科大學女子排球隊在第十屆省大學生運動會上獲得第一名；廣州醫(yī)科大學田徑隊在第十九屆全國大學生田徑錦標賽上取得女子陽光組400米第一名；廣州醫(yī)科大學游泳隊在中國大學生陽光體育游泳錦標賽上取得女子100米蝶泳第一名。2021年，廣州醫(yī)科大學田徑隊在第二十屆全國大學生田徑錦標賽上取得女子陽光組鉛球第一名。2022年，第十一屆省大學生運動會，廣州醫(yī)科大學體育代表團在本科院校中取得了第二十一的好成績，比上一屆上升了四名。體育部不斷探索改革創(chuàng)新路徑，推動改善體育教學質量，提升學生的身體健康素質，為學校建設“雙一流”大學發(fā)揮應有的作用。

在教學環(huán)境方面，體育部堅持“以改革求發(fā)展，以創(chuàng)新求發(fā)展”，狠抓體育工作的改革與創(chuàng)新，不斷完善體育教學條件，優(yōu)化體育育人環(huán)境，實現在學校創(chuàng)建一流高水平大學的洪流中發(fā)揮應有的作用。當前我校運動場面積36826.16㎡，生均運動場面積為3.63㎡，現有400米標準塑膠田徑場(內設人造草坪足球場)1塊，200米標準塑膠田徑場1塊，室外塑膠、水泥籃球場13塊，排球場8塊，室內羽毛球場17片，網球場14塊，游泳池1個，器械健身房2處等。室內體育場館，包括籃球館、排球館、羽毛球館、乒乓球室、舞蹈健美室、健身房、武術訓練室等練習館。

在體育課程教學內容方面，科學設計必修課與選修課內容，充實和豐富體育與健康的課程內容，為發(fā)展學生體能、獲得體育素養(yǎng)與健康能力、形成健康的生活方式提供支持。當前所開設的必修課有籃球、武術、健美操、健身、游泳、體育舞蹈、排球、網球、足球、羽毛球、乒乓球、體適能、排舞、瑜伽共14項。選修課為拉丁舞、快樂網球共兩項。