基礎醫(yī)學院的前身是基礎醫(yī)學部，成立于1958年，2004年7月更名為基礎學院，2018年11月更名為基礎醫(yī)學院。基礎醫(yī)學院下轄1個系、6個教研室、4個實驗教學中心，另設基礎醫(yī)學研究所、中法霍夫曼免疫研究所。學院匯聚“新世紀百千萬人才工程”人選、國家“杰出青年”、珠江學者、南山學者、南粵優(yōu)秀教師等大批海內外優(yōu)秀人才，承擔本校本、碩、博多層次醫(yī)學基礎及專業(yè)課教學，同時承擔國家級、省部級及市廳級科研項目的研究。圍繞培養(yǎng)具有人文情懷、國際視野、創(chuàng)新精神及實踐能力的卓越人才目標，以學生發(fā)展為中心，以創(chuàng)新研究引領精英化教育和個性化發(fā)展，先后獲得省市級教學成果獎十余項。目前已建有國家級一流課程及視頻公開課、國家級虛擬仿真實驗教學中心及虛擬仿真實驗金課、國家級雙語教學示范課程、廣東省實驗教學示范中心及大學生創(chuàng)新實驗平臺，建成一批國家級/省級一流課程，為保證優(yōu)質教育奠定了良好基礎。

基礎醫(yī)學學科為一級學科博士、碩士授權點，是廣東省高水平大學重點學科建設項目和廣東省高等教育“沖補強”提升計劃重點建設學科。學科以“雙一流”建設目標為導向，依托國家重點實驗室、省部級重點實驗室，開展以臨床疾病為導向的醫(yī)學基礎研究，在呼吸疾病基礎、蛋白質修飾與疾病、感染與免疫、腫瘤學基礎、血管疾病、神經退行性機制等研究領域深耕，已形成具一定規(guī)模及研發(fā)實力的國際化學術團隊，產出一系列具轉化應用價值的科研成果，培養(yǎng)了一批杰青、優(yōu)青、廣東省珠江學者、南山學者等高層次人才，培育了一大批優(yōu)秀博士、碩士及本科畢業(yè)生。

近五年學院承擔包括科技部重點專項、國家原創(chuàng)探索計劃在內的300余項，總經費近億元，獲得國家級科技獎勵1項、省部級科技獎勵7項、獲批發(fā)明專利19項；在Nature、Cell、Blood、Hepatology等國際權威學術期刊發(fā)表研究論文600余篇；免疫學、微生物學、神經科學與行為學、分子生物學與遺傳學等學科進入ESI排名全球前1%。

學院不斷探索國際交流及合作辦學新模式，與國內外多所高校及科研院所建立了長期合作關系，與諾貝爾醫(yī)學獎得主霍夫曼教授團隊合作成立的中-法霍夫曼免疫研究所已入選全國高等學校學科創(chuàng)新引智基地，聚焦天然免疫機制研究。廣泛的國際合作為培養(yǎng)卓越醫(yī)學人才搭建了學術交流和共同發(fā)展的高端平臺，也為拓展學生國際視野、開展與國際接軌的醫(yī)學教育創(chuàng)造了良好的外部環(huán)境。