魯東大學農(nóng)林工程研究院（The Engineering Research Institute of Agriculture and Forestry, Ludong University）成立于2021年1月。其前身為魯東大學農(nóng)林作物遺傳改良中心和山東省十三五高校重點實驗室“作物高產(chǎn)抗逆分子模塊育種實驗室”。研究院由校內(nèi)領軍人才和引進人才共同組建，中科院引進海外杰出人才“百人計劃”、山東省泰山學者特聘專家張洪霞教授現(xiàn)任研究院院長。研究院建有2100平米實驗室，1000平米日光溫室和人工氣候室，500平米組織培養(yǎng)室和工廠化苗木脫毒快繁中心，30畝校內(nèi)標準實驗田和800畝校外示范生產(chǎn)基地，配備激光共聚焦、UPLC分析儀、熒光正置等儀器設備總額超過1800 萬元，形成了產(chǎn)-學-研相結合、上-中-下游為一體的格局和技術體系，并以合作研究的方式對外開放與共享。

研究院圍繞農(nóng)林作物遺傳改良與應用這一目標，以應用基礎研究為根本，向應用開發(fā)和產(chǎn)業(yè)化擴展延伸，聚焦科學前沿，注重理論創(chuàng)新和產(chǎn)業(yè)化應用，從分子水平研究農(nóng)林作物的遺傳性狀和調(diào)控機理，為農(nóng)林作物遺傳改良提供新理論、新技術，為農(nóng)業(yè)生產(chǎn)提供新材料和新方法。以成果轉(zhuǎn)化、服務地方為基本任務，對接和滿足企業(yè)技術創(chuàng)新需求，提升高端人才在企業(yè)重大項目研發(fā)、科技合作交流中的作用。

聚焦“高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)”和“抗逆”兩項作物的目標特性，開展”高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)抗逆植物種質(zhì)資源發(fā)掘和分子模塊解析”，建立現(xiàn)代農(nóng)林產(chǎn)業(yè)育種和技術體系。研究對象涉及蘋果、梨、葡萄、桃、番茄、辣椒、花卉、中藥材、楊樹、玉米、油菜、大豆等主要農(nóng)林作物。

開展高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)抗逆種質(zhì)資源的篩選與保藏，對已經(jīng)建立的種質(zhì)資源圃、種質(zhì)資源庫進行補充、維護，從中選育核心種質(zhì)資源，進行保育、品種篩選工作；利用分子標記技術，對其進行全基因組基因型的掃描，為分子模塊解析及組裝和育種奠定基礎。利用分子模塊育種技術，對所解析的控制植物產(chǎn)量、品質(zhì)和抗性的分子模塊進行組裝，進行新品種培育。

研究院面向我國農(nóng)業(yè)發(fā)展的重大需求，以應用基礎研究為主，向應用開發(fā)和產(chǎn)業(yè)鏈擴展延伸，方向明確，特色鮮明。目前正在承擔的科研項目52項，總經(jīng)費2000多萬元。其中承擔國家自然科學基金項目、國家科技重大專項和國家重點研發(fā)計劃子課題等國家任務24項，省部級項目20項，市廳級項目及其他項目11項。在Nat Biotechnol，PNAS，Plant Cell Environ，Cell Res，J Exp Bot，Plant Biotechnol J，Hortic Res，New Phytol等雜志上發(fā)表SCI論文100多篇，授權專利22項，獲省部級獎勵1項，培育高產(chǎn)、耐逆植物新品系（種）12個。

農(nóng)林工程研究院現(xiàn)有固定人員27人，研究人員23人，技術人員4人，其中，教授1人，副教授11人。中科院“百人計劃”1人、山東省泰山學者特聘專家1人、山東省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)體系創(chuàng)新團隊崗位專家1個；山東省青創(chuàng)團隊“園藝作物遺傳改良創(chuàng)新團隊”1個；魯東大學農(nóng)林作物遺傳改良中心女博士創(chuàng)新團隊1個；獲得全國三八紅旗團隊1個。指導學生參加全國和山東省相關比賽，獲國家金獎1項、銀獎1項；山東省金獎1項、銀獎1項、二等獎1項。

農(nóng)林工程研究院現(xiàn)有博士生導師2人，碩士生導師23人，其中2位導師培養(yǎng)的研究生獲得國家優(yōu)秀研究生獎。研究院獨立招收園藝學、農(nóng)藝與種業(yè)、生態(tài)學、生物學等碩士研究生，目前在讀碩士研究生共36人。

農(nóng)林工程研究院依托目前“十三五”山東省高等學校重點實驗室“作物高產(chǎn)抗逆分子模塊育種實驗室”、山東省高等學校協(xié)同創(chuàng)新中心以及與招遠市盛慧農(nóng)業(yè)技術發(fā)展公司共建的“功能型園藝植物高效繁育技術創(chuàng)新中心”開放（公共）技術共享平臺，在科學研究和成果轉(zhuǎn)化等方面同中國熱帶農(nóng)業(yè)科學院、中國林科院、山東省林科院、南京林業(yè)大學、東北林業(yè)大學等各地高校、科研院所和企業(yè)進行了深入的實質(zhì)性合作，分別在東營、萊山、招遠、棲霞等建立了5個開放合作示范基地和工作站。