杭州師范大學基礎醫(yī)學院設有人體解剖與組織胚胎學系、免疫學與病原生物學系、生理學系、生物化學與分子生物學系、病理學與病理生理學系、細胞生物學與遺傳學系六個學系，建有衰老研究所、腦科學研究所、腫瘤表觀遺傳學研究所、國際植物狀態(tài)及意識科學研究所等多個科研機構。

學院擁有生物學（共建）一級學科博士學位授權點，有生理學、細胞生物學、衰老生物學、心理學、生物化學與分子生物學等5個學術型碩士學位點和應用心理學1個專業(yè)型碩士學位點，免疫學和老年醫(yī)學兩個杭州市重點學科。擁有浙江省衰老與癌變生物學重點實驗室、杭州市炎癥與免疫調控重點實驗室和1個省級實驗教學示范中心。

學院擁有103名專任教師，92%具有博士學位，70%為45歲以下青年教師。集聚了一批具有國際視野、能引領學科發(fā)展的高層次人才，包括中國科學院院士、國家重大人才工程特聘教授、國家杰青、國家優(yōu)青等國家級人才5人，省級高層次人才7人。

學院建有集信息化、自動化管理于一體的大型儀器共享平臺，包括顯微成像、流式分析分選、蛋白純化、組織切片、生化測試分析等五個子平臺，配備超分辨共聚焦顯微鏡、高內涵成像分析系統(tǒng)、流式細胞分選/分析儀、冷凍電鏡、分子互作分析系統(tǒng)、多通道小動物代謝籠等一批高精尖設備。毗鄰的實驗動物中心總面積約7800平米，具有小鼠籠位數(shù)約2萬籠。

依托現(xiàn)有科研平臺，學院已獲得包括科技部重點研發(fā)計劃、國家自然科學基金重點/重大研究計劃/聯(lián)合基金項目等在內的國家級項目多項；在《CellMetabolism》、《NatureCellBiology》、《CellStemCell》等頂級雜志發(fā)表研究論文多篇。