生物工程學(xué)院前身為輕工業(yè)工程系，始建于1981年，是浙江省第一個和全國較早設(shè)立生物工程學(xué)科和專業(yè)的學(xué)院。學(xué)院歷經(jīng)輕工業(yè)工程系、生物與環(huán)境工程學(xué)院，2015年9月成立生物工程學(xué)院?，F(xiàn)有生物工程和生物技術(shù)2個本科專業(yè)，生物工程一級學(xué)科碩士點，生物化工、微生物學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)3個二級學(xué)科碩士點，生物與醫(yī)藥領(lǐng)域?qū)I(yè)學(xué)位碩士點，生物化工博士點，已成為國內(nèi)高水平生物工程專業(yè)技術(shù)人才凝聚地和培養(yǎng)中心，在國內(nèi)外生物工程學(xué)術(shù)界和產(chǎn)業(yè)界享有較高的知名度和影響力。

學(xué)院下設(shè)酶與生物催化工程研究所、微生物與發(fā)酵工程研究所、生物制藥與生物材料研究所、合成生物技術(shù)研究所和生物資源與生物環(huán)保研究所5個研究所，現(xiàn)有教職工121人，其中中國工程院院士2人、省部級以上人才26人，具有高級專業(yè)技術(shù)職務(wù)的教師60人，具有博士學(xué)位和海外留學(xué)、工作經(jīng)歷的專任教師分別達(dá)到90%和50%以上。聘用海外知名高校的客座教授20余人。目前在校本科生620余人，碩、博研究生820余人。辦學(xué)40余年來，學(xué)院已培養(yǎng)畢業(yè)生5000多人，一大批畢業(yè)生在海內(nèi)外高等學(xué)校、科研院所、政府機關(guān)、企事業(yè)單位擔(dān)任了重要的管理和技術(shù)職務(wù)，為經(jīng)濟社會發(fā)展做出了突出的貢獻(xiàn)。

學(xué)院建有手性生物制造國家地方聯(lián)合工程研究中心、生物轉(zhuǎn)化與生物凈化教育部工程研究中心、國家“2011計劃”長三角綠色制藥協(xié)同創(chuàng)新中心生物制藥中心、國家化學(xué)原料藥合成工程技術(shù)研究中心生物制藥中心、綠色化學(xué)合成技術(shù)國家重點實驗室培育基地生物合成技術(shù)實驗室、可再生資源利用與加工國家級實驗教學(xué)示范中心、浙江省生物有機合成技術(shù)研究重點實驗室、中國石油和化工行業(yè)藥用化學(xué)品生物催化重點實驗室、浙江省手性生物制造工程實驗室、生物基礎(chǔ)浙江省實驗教學(xué)示范中心、浙江省現(xiàn)代生物產(chǎn)業(yè)學(xué)院等一批國家級、省部級教學(xué)與科研平臺。學(xué)院擁有全國高校黃大年式教師團隊、“生物催化與微生物發(fā)酵”浙江省首批重點科技創(chuàng)新團隊，同時是“生物凈化和生物轉(zhuǎn)化”教育部創(chuàng)新團隊、“三藥”浙江省創(chuàng)新團隊的主要成員。

生物工程一級學(xué)科列入浙江省重中之重學(xué)科、浙江省“一流學(xué)科建設(shè)計劃”（A類）、浙江省“重點高校建設(shè)計劃”第一批重點建設(shè)學(xué)科和“十四五”省一流學(xué)科（A類）。生物工程專業(yè)是國家一流專業(yè)、國家特色專業(yè)和浙江省優(yōu)勢專業(yè)，通過了中國工程教育專業(yè)認(rèn)證協(xié)會組織的工程教育認(rèn)證。生物技術(shù)專業(yè)是國家一流專業(yè)、浙江省一流專業(yè)和浙江省新興特色專業(yè)。

《生物化學(xué)》《生物工程設(shè)備》《微生物學(xué)》和《熒光蛋白的中試發(fā)酵生產(chǎn)虛擬仿真實驗》是國家級一流本科課程，《微生物學(xué)》和《生物工程設(shè)備》是國家精品課程和國家精品資源共享課，《生物鐘與健康》是國家精品視頻公開課；《生物化學(xué)》《微生物學(xué)》《生物工程設(shè)備》《酶工程》《細(xì)胞工程》《生工產(chǎn)業(yè)實踐教育》《熒光蛋白的中試發(fā)酵生產(chǎn)虛擬仿真實驗》和《阿卡波糖工業(yè)化發(fā)酵生產(chǎn)及其車間設(shè)計的3D虛擬仿真實訓(xùn)》是浙江省一流課程,《微生物學(xué)》《生物化學(xué)》是浙江省精品在線開放課程和浙江省本科院?！盎ヂ?lián)網(wǎng)+教學(xué)”示范課堂，《微生物學(xué)》《生物化學(xué)》《基因工程技術(shù)》《生物工程設(shè)備》是浙江省精品課程，《基因工程》和《藥物生物信息學(xué)》是浙江省優(yōu)秀研究生課程。學(xué)院獲國家級教學(xué)成果獎二等獎1項、浙江省教學(xué)成果獎特等獎1項、浙江省教學(xué)成果獎二等獎1項等，出版國家級規(guī)劃教材和省重點教材10余部。學(xué)生獲中國“互聯(lián)網(wǎng)+”大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽金獎、“挑戰(zhàn)杯”中國大學(xué)生創(chuàng)業(yè)計劃競賽金獎、國際基因工程機器大賽（iGEM）金獎、全國大學(xué)生生命科學(xué)創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽特等獎等獎項。

近年來，學(xué)院承擔(dān)了國家重點研發(fā)計劃項目、國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃（973計劃）項目、國家高技術(shù)發(fā)展計劃（863計劃）項目、國家重大科技專項、國家科技支撐計劃項目、國家自然科學(xué)基金項目、浙江省自然科學(xué)基金重點項目、浙江省杰出青年基金項目和浙江省科技重大專項等國家級、省部級項目，同時也承擔(dān)了企業(yè)委托與合作開發(fā)的重大產(chǎn)業(yè)化項目。發(fā)明專利申請數(shù)和授權(quán)數(shù)分列中國科學(xué)院《中國工業(yè)生物技術(shù)白皮書2019》第15和第11位，建成工業(yè)化生產(chǎn)裝置和生產(chǎn)線40余條。獲國家技術(shù)發(fā)明二等獎2項、國家科技進(jìn)步二等獎1項、中國專利優(yōu)秀獎3項、省部級科學(xué)技術(shù)獎一等獎12項、省部級科學(xué)技術(shù)獎二等獎3項、浙江省專利金獎2項。

學(xué)院廣泛開展對外交流與合作，已與美國、德國、日本、加拿大、澳大利亞、比利時等諸多海外院校建立了全面合作關(guān)系。

學(xué)院秉持“探索未知，激情求解”的院訓(xùn)精神，各項工作取得了令人矚目的成績，獲得了全國教育系統(tǒng)先進(jìn)集體、全國高校黨建工作樣板支部、浙江省高校先進(jìn)基層黨組織等稱號，被列為“全國黨建工作標(biāo)桿院系”培育創(chuàng)建單位。學(xué)院教師榮獲何梁何利基金科學(xué)與技術(shù)進(jìn)步獎、中國首屆農(nóng)藥學(xué)科終身成就獎、杜邦科技創(chuàng)新獎、侯德榜化工科學(xué)技術(shù)獎、浙江省科學(xué)技術(shù)重大貢獻(xiàn)獎、全國優(yōu)秀科技工作者、全國師德標(biāo)兵、浙江省功勛教師、浙江省優(yōu)秀教師等省部級以上獎勵和榮譽30余人次。