醫(yī)學院成立于2016年10月，先后經歷醫(yī)學與生命科學學院、醫(yī)學院·整合醫(yī)學學院（與整合醫(yī)學學院合署）發(fā)展階段，為南京中醫(yī)藥大學醫(yī)學部所屬教學科研單位。學院基于學?！爸嗅t(yī)藥為主體，中西醫(yī)并重，多學科支撐協(xié)調發(fā)展”的學科專業(yè)布局規(guī)劃，注重生物醫(yī)學與中醫(yī)藥相關學科的交叉融合，旨在通過發(fā)揮多學科交叉和人才聚集優(yōu)勢，服務地方經濟和行業(yè)發(fā)展需求。

學院人才培養(yǎng)涵蓋本科、碩士和博士各層次，分別在中醫(yī)學（本博連讀九年制）、臨床醫(yī)學、生物技術、應用心理學4個本科專業(yè)招生；擁有基礎醫(yī)學、生物學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、應用心理4個碩士學位點；在中藥學、中西醫(yī)結合基礎專業(yè)招收博士生。學院現(xiàn)有在校全日制本科生939人，碩士研究生296人，博士研究生76人。

學院設有人體解剖與組織胚胎學系、免疫學系、病原生物學系、病理學與病理生理學系、生理學系、生物化學與分子生物學系、細胞生物學系、公共衛(wèi)生學系、藥理學系、心理學系10個學系，建有江蘇省基礎課實驗教學示范中心、生物醫(yī)學實驗中心、受體功能及藥物研究中心和江蘇省退行性疾病藥靶與藥物重點實驗室。實習基地現(xiàn)有2所附屬醫(yī)院、2所臨床醫(yī)學院、2所實習醫(yī)院和 4 所社區(qū)醫(yī)院，臨床教學基地床位總數(shù)13843張。

學院延攬師資，匯聚英才，現(xiàn)有教職工240人，其中專任教師198人，教授31人，副教授65人，博士生導師22人，碩士生導師51人。擁有國家杰出青年科學基金獲得者3人、國家重大人才工程項目獲得者2人、“新世紀百千萬人才工程”國家級人選2人、享受國務院政府特殊津貼3人、國家級青年人才項目獲得者3人、江蘇省特聘教授9人，其他省級各類人才60余人次。一流的師資隊伍為教學科研工作奠定了堅實的人才基礎。

近五年，學院承擔一系列國家自然科學基金，科技部重大專項，在國際主流學術刊物（如：Nature Neuroscience、PNAS、Nature Communications、Nucleic Acids Research、Signal Transduction and Targeted Therapy等）發(fā)表高水平學術論文280余篇，構建省級一流專業(yè)2個、國家級一流課程3門、省級一流課程3門，省級優(yōu)秀培育教材1部，省級以上教育教改課題19項。

學院先后與美國加州大學藥學院、奧古斯塔大學喬治亞醫(yī)學院、澳大利亞墨爾本皇家理工大學健康與生物醫(yī)學學院以及臺灣慈濟大學醫(yī)學院建立了良好的科教研合作關系。

學院將秉承“學貫中西，至精至誠”的辦學理念，恪守“方正博學、格物濟世”的院訓，以立德樹人為根本，以學科建設為引領，以專業(yè)建設為核心，不斷深化教育教學改革，增強科研創(chuàng)新能力，提升人才培養(yǎng)質量，為日益增長的全民健康服務需求培育優(yōu)秀人才，為學校中醫(yī)藥類專業(yè)的建設與發(fā)展起到支撐和推動作用，為學校創(chuàng)建高水平、有特色、國際化的一流中醫(yī)藥大學做出貢獻。（截止時間2023年12月）