南京市中醫(yī)院（南京中醫(yī)藥大學(xué)附屬南京中醫(yī)院、南京市中醫(yī)院互聯(lián)網(wǎng)醫(yī)院、南京市體育醫(yī)院）成立于1934年，現(xiàn)有2個(gè)院區(qū)：大明路院區(qū)主院區(qū)和夫子廟分院區(qū)；4個(gè)分院（緊密型醫(yī)聯(lián)體）：浦口分院（南京市浦口區(qū)中醫(yī)院）、高淳分院（南京市高淳中醫(yī)院）、濱海分院（鹽城市濱?？h中醫(yī)院）和伊寧市金陵維吾爾醫(yī)醫(yī)院。現(xiàn)占地面積92畝，建筑面積31.1萬(wàn)㎡，在職人數(shù)1985人，其中衛(wèi)技人員1769人，高級(jí)職稱567人，碩博士507人。

南京市中醫(yī)院是新中國(guó)成立最早的中醫(yī)醫(yī)院之一，傳承金陵醫(yī)派，發(fā)展到現(xiàn)在已是一所中醫(yī)特色突出，現(xiàn)代醫(yī)技科室設(shè)置完善，急診急救水平過(guò)硬的現(xiàn)代化大型三級(jí)甲等中醫(yī)醫(yī)院。2018年成為南京市人民政府與南京中醫(yī)藥大學(xué)共建直屬型附屬醫(yī)院，是全國(guó)肛腸醫(yī)療中心、國(guó)家級(jí)區(qū)域診療中心，現(xiàn)有國(guó)家級(jí)重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)（中醫(yī)肛腸病學(xué)），國(guó)家級(jí)重點(diǎn)專科7個(gè)；江蘇省重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)（中醫(yī)腦病學(xué)），江蘇省重點(diǎn)專科12個(gè)；南京市重點(diǎn)?？?9個(gè)。醫(yī)院有全國(guó)中醫(yī)師承指導(dǎo)老師6人，省、市級(jí)名中醫(yī)、名中西醫(yī)結(jié)合專家67人；設(shè)有國(guó)醫(yī)大師工作站4個(gè)、國(guó)家級(jí)名中醫(yī)工作室10個(gè)、省級(jí)名中醫(yī)工作室6個(gè)、市級(jí)名中醫(yī)工作室39個(gè)、國(guó)家及省級(jí)名中醫(yī)工作室基層工作站4個(gè)、市級(jí)名中醫(yī)工作室基層工作站24個(gè)。設(shè)立江蘇省省級(jí)院士工作站-顧曉松院士工作站、江蘇省中醫(yī)肛腸疾病臨床醫(yī)學(xué)創(chuàng)新中心、江蘇省研究生工作站、江蘇省博士后創(chuàng)新實(shí)踐基地、南京市中醫(yī)藥現(xiàn)代化與大數(shù)據(jù)研究中心、南京市中醫(yī)藥轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)基地、南京市普外科臨床醫(yī)學(xué)中心、南京市醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、南京市臨床生物資源樣本庫(kù)等。