上海中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)學(xué)院（中醫(yī)基礎(chǔ)理論研究所）是院所合一的二級單位。其前身為上海中醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)部，于1996年10月改稱為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院，2023年5月更名為中醫(yī)學(xué)院。學(xué)院的院訓(xùn)為：“勤求古訓(xùn)、博采眾方、夯實基礎(chǔ)、甘為人梯”。學(xué)院名師輩出，名醫(yī)薈萃，金壽山、劉樹農(nóng)、張伯訥、殷品之、裘沛然、凌耀星、傅維康、段逸山、柯雪帆、嚴(yán)世蕓、費兆馥、王慶其等著名中醫(yī)學(xué)家先后在學(xué)院任教任職。

學(xué)院承擔(dān)全校各專業(yè)本科生、研究生的中醫(yī)基礎(chǔ)類課程的教學(xué)任務(wù)。下設(shè)9個教研室、3個研究室、1個教學(xué)科研公共平臺，轄屬5個二級學(xué)科。學(xué)院目前在編教職員工108人，具有博士學(xué)位者79名（占73.15%）；高級職稱61人，其中正高23人、副高38人。

學(xué)院有中醫(yī)學(xué)（屠呦呦班）、中醫(yī)學(xué)（5+3一體化）、中醫(yī)學(xué)（五年制）、少數(shù)民族預(yù)科班4個專業(yè)全日制本科生近600人，研究生120余人。學(xué)院設(shè)有2個博士后流動站，5個博士點，5個碩士點。學(xué)院是國家一流學(xué)科——中醫(yī)學(xué)的重要建設(shè)單位，有國家中醫(yī)藥管理局重點學(xué)科1個。

學(xué)院目前承擔(dān)本科生、研究生和國際留學(xué)生課程100余門。擁有國家級教學(xué)團隊1個、國家級一流本科課程2項、國家級實驗教學(xué)示范中心1個、國家級精品課程、資源共享課程3門。3門課程認(rèn)定為上海高校一流本科課程，3門課程獲上海市課程思政示范課程，3個課程團隊同時獲市課程思政示范團隊。主編、副主編行業(yè)規(guī)劃教材9本。

“十四五”以來學(xué)院共承擔(dān)各級別課題136項，在研科研經(jīng)費6000余萬元。其中科技部國家重點研發(fā)計劃1項，國家自然科學(xué)基金重大儀器研制項目子課題1項，國家自然科學(xué)基金項目51項，國家社會科學(xué)基金青年項目1項，教育部人文社會科學(xué)研究項目2項，國家中管局古籍挖掘和保護項目1 項，上海市科技重大專項“重大突發(fā)傳染病防控關(guān)鍵核心技術(shù)研究”子任務(wù)2項。上海市哲學(xué)社會科學(xué)規(guī)劃項目4項，上海市啟明星人才項目1項，上海市浦江人才項目1項，上海市晨光計劃1項，上海市青年科技英才揚帆計劃6項。轉(zhuǎn)化科研成果“TFDA-1”舌診儀獲批醫(yī)療器械注冊證；共獲授權(quán)專利16項，專利轉(zhuǎn)化金額共計2180萬元。出版《黃帝內(nèi)經(jīng)學(xué)術(shù)發(fā)展史略》、《黃帝內(nèi)經(jīng)腎藏象理論與臨床實踐》、《海派大師講中醫(yī)實錄》等多部學(xué)術(shù)專著?？萍汲晒群螳@得上海市科學(xué)技術(shù)進步獎“三等獎”1項，中華中醫(yī)藥學(xué)會學(xué)術(shù)著作三等獎2項，上海中醫(yī)藥科技成果三等獎1項，科技著作一等獎1項。

學(xué)院中醫(yī)四診信息化實驗室是上海市健康辨識與評估重點實驗室、國家中醫(yī)藥管理局三級實驗室，是目前國內(nèi)唯一進行中醫(yī)四診合參客觀化研究的實驗室。實驗室吸取和借鑒現(xiàn)代多學(xué)科理論、新技術(shù)及方法，基于中醫(yī)診斷信息客觀化采集與分析技術(shù)、中醫(yī)證候建模方法，研究健康、亞健康及疾病狀態(tài)下的四診信息及證候特征，并進行中醫(yī)診療設(shè)備研發(fā)與臨床驗證，旨在為中醫(yī)臨床規(guī)范化診療、臨床療效評價以及中醫(yī)診斷相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)制定奠定基礎(chǔ)。近年來致力于中醫(yī)診斷相關(guān)國際標(biāo)準(zhǔn)研究工作，共發(fā)表中醫(yī)診斷名詞術(shù)語國際標(biāo)準(zhǔn)3項。

學(xué)院重視學(xué)術(shù)傳承。在裘沛然名師工作室、凌耀星名師工作室、柯雪帆名師工作室、嚴(yán)振國名師工作室、趙偉康名師工作室、王慶其名師工作室的基礎(chǔ)上，成立“國醫(yī)大師工作室”“全國名中醫(yī)工作室”，聘請國醫(yī)大師熊繼柏為我校名譽教授，聘請國醫(yī)大師王慶國、翁維良等為我?？妥淌?。