上海中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)學(xué)院（中醫(yī)基礎(chǔ)理論研究所）是院所合一的二級(jí)單位。其前身為上海中醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)部，于1996年10月改稱為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院，2023年5月更名為中醫(yī)學(xué)院。學(xué)院的院訓(xùn)為：“勤求古訓(xùn)、博采眾方、夯實(shí)基礎(chǔ)、甘為人梯”。學(xué)院名師輩出，名醫(yī)薈萃，金壽山、劉樹農(nóng)、張伯訥、殷品之、裘沛然、凌耀星、傅維康、段逸山、柯雪帆、嚴(yán)世蕓、費(fèi)兆馥、王慶其等著名中醫(yī)學(xué)家先后在學(xué)院任教任職。

學(xué)院承擔(dān)全校各專業(yè)本科生、研究生的中醫(yī)基礎(chǔ)類課程的教學(xué)任務(wù)。下設(shè)9個(gè)教研室、3個(gè)研究室、1個(gè)教學(xué)科研公共平臺(tái)，轄屬5個(gè)二級(jí)學(xué)科。學(xué)院目前在編教職員工108人，具有博士學(xué)位者79名（占73.15%）；高級(jí)職稱61人，其中正高23人、副高38人。

學(xué)院有中醫(yī)學(xué)（屠呦呦班）、中醫(yī)學(xué)（5+3一體化）、中醫(yī)學(xué)（五年制）、少數(shù)民族預(yù)科班4個(gè)專業(yè)全日制本科生近600人，研究生120余人。學(xué)院設(shè)有2個(gè)博士后流動(dòng)站，5個(gè)博士點(diǎn)，5個(gè)碩士點(diǎn)。學(xué)院是國家一流學(xué)科——中醫(yī)學(xué)的重要建設(shè)單位，有國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科1個(gè)。

學(xué)院目前承擔(dān)本科生、研究生和國際留學(xué)生課程100余門。擁有國家級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)1個(gè)、國家級(jí)一流本科課程2項(xiàng)、國家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心1個(gè)、國家級(jí)精品課程、資源共享課程3門。3門課程認(rèn)定為上海高校一流本科課程，3門課程獲上海市課程思政示范課程，3個(gè)課程團(tuán)隊(duì)同時(shí)獲市課程思政示范團(tuán)隊(duì)。主編、副主編行業(yè)規(guī)劃教材9本。

“十四五”以來學(xué)院共承擔(dān)各級(jí)別課題136項(xiàng)，在研科研經(jīng)費(fèi)6000余萬元。其中科技部國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃1項(xiàng)，國家自然科學(xué)基金重大儀器研制項(xiàng)目子課題1項(xiàng)，國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目51項(xiàng)，國家社會(huì)科學(xué)基金青年項(xiàng)目1項(xiàng)，教育部人文社會(huì)科學(xué)研究項(xiàng)目2項(xiàng)，國家中管局古籍挖掘和保護(hù)項(xiàng)目1 項(xiàng)，上海市科技重大專項(xiàng)“重大突發(fā)傳染病防控關(guān)鍵核心技術(shù)研究”子任務(wù)2項(xiàng)。上海市哲學(xué)社會(huì)科學(xué)規(guī)劃項(xiàng)目4項(xiàng)，上海市啟明星人才項(xiàng)目1項(xiàng)，上海市浦江人才項(xiàng)目1項(xiàng)，上海市晨光計(jì)劃1項(xiàng)，上海市青年科技英才揚(yáng)帆計(jì)劃6項(xiàng)。轉(zhuǎn)化科研成果“TFDA-1”舌診儀獲批醫(yī)療器械注冊證；共獲授權(quán)專利16項(xiàng)，專利轉(zhuǎn)化金額共計(jì)2180萬元。出版《黃帝內(nèi)經(jīng)學(xué)術(shù)發(fā)展史略》、《黃帝內(nèi)經(jīng)腎藏象理論與臨床實(shí)踐》、《海派大師講中醫(yī)實(shí)錄》等多部學(xué)術(shù)專著。科技成果先后獲得上海市科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎(jiǎng)“三等獎(jiǎng)”1項(xiàng)，中華中醫(yī)藥學(xué)會(huì)學(xué)術(shù)著作三等獎(jiǎng)2項(xiàng)，上海中醫(yī)藥科技成果三等獎(jiǎng)1項(xiàng)，科技著作一等獎(jiǎng)1項(xiàng)。

學(xué)院中醫(yī)四診信息化實(shí)驗(yàn)室是上海市健康辨識(shí)與評(píng)估重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、國家中醫(yī)藥管理局三級(jí)實(shí)驗(yàn)室，是目前國內(nèi)唯一進(jìn)行中醫(yī)四診合參客觀化研究的實(shí)驗(yàn)室。實(shí)驗(yàn)室吸取和借鑒現(xiàn)代多學(xué)科理論、新技術(shù)及方法，基于中醫(yī)診斷信息客觀化采集與分析技術(shù)、中醫(yī)證候建模方法，研究健康、亞健康及疾病狀態(tài)下的四診信息及證候特征，并進(jìn)行中醫(yī)診療設(shè)備研發(fā)與臨床驗(yàn)證，旨在為中醫(yī)臨床規(guī)范化診療、臨床療效評(píng)價(jià)以及中醫(yī)診斷相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)制定奠定基礎(chǔ)。近年來致力于中醫(yī)診斷相關(guān)國際標(biāo)準(zhǔn)研究工作，共發(fā)表中醫(yī)診斷名詞術(shù)語國際標(biāo)準(zhǔn)3項(xiàng)。

學(xué)院重視學(xué)術(shù)傳承。在裘沛然名師工作室、凌耀星名師工作室、柯雪帆名師工作室、嚴(yán)振國名師工作室、趙偉康名師工作室、王慶其名師工作室的基礎(chǔ)上，成立“國醫(yī)大師工作室”“全國名中醫(yī)工作室”，聘請國醫(yī)大師熊繼柏為我校名譽(yù)教授，聘請國醫(yī)大師王慶國、翁維良等為我?？妥淌?。