上海中醫(yī)藥大學創(chuàng)新中藥研究院擁有手性藥物研究中心、中藥現(xiàn)代制劑技術教育部工程研究中心、藥物安全評價研究中心等機構(gòu)，立足于促進創(chuàng)新中藥的應用與應用基礎研究，為中藥研發(fā)理論及技術創(chuàng)新提供支撐平臺，自主培育研發(fā)創(chuàng)新中藥，建立并完善科技成果轉(zhuǎn)化和實現(xiàn)知識價值最大化的體制機制。建設目標為構(gòu)建自主研發(fā)創(chuàng)新中藥、培育孵化創(chuàng)新中藥平臺；促進中藥學科發(fā)展及新藥研發(fā)創(chuàng)新型人才培養(yǎng)；構(gòu)建符合創(chuàng)新規(guī)律、職能定位清晰的治理機構(gòu)；完善科研組織方式和運行管理機制，實現(xiàn)與研究方向和發(fā)展規(guī)律相匹配的分類管理、績效考核機制，使研究院成為學校促進科技創(chuàng)新、成果轉(zhuǎn)化的示范基地。