上海中醫(yī)學(xué)院中藥系建立于1972年，1996年改名為上海中醫(yī)藥大學(xué)中藥學(xué)院。學(xué)院以培養(yǎng)德、智、體、美、勞全面發(fā)展的高級中醫(yī)藥專門人才和管理人才為宗旨，堅持以教學(xué)科研為中心，實施產(chǎn)學(xué)研一體化的辦學(xué)模式。建院以來為國家培養(yǎng)了各層次中藥專門人才，其中許多人已成為各級各類醫(yī)藥企事業(yè)單位的骨干力量。現(xiàn)有教學(xué)科研人員近百人，其中碩士以上學(xué)歷教師超過全院教職員工總?cè)藬?shù)的90%。

中藥學(xué)院分別于1981年和1986年被國務(wù)院學(xué)位委員會確定為中藥學(xué)碩士和博士學(xué)位授予單位，為全國首批授予點之一。在教育部第四次學(xué)科評估中，中藥學(xué)學(xué)科列“A+”檔，彰顯學(xué)科建設(shè)基礎(chǔ)和實力。學(xué)院現(xiàn)有中藥學(xué)博士點，中藥學(xué)、方劑學(xué)、藥理學(xué)、藥劑學(xué)、生藥學(xué)和中藥學(xué)專業(yè)碩士點，設(shè)置本科專業(yè)有四年制中藥學(xué)專業(yè)、四年制中英合作辦學(xué)藥學(xué)專業(yè)、兩年制中藥學(xué)（專升本）專業(yè)。目前在讀碩士生、博士生近250名，本科生超過800名。學(xué)院依托全國一流學(xué)科的優(yōu)勢資源，陸續(xù)建設(shè)了天目山野外見習(xí)基地、益大本草園實踐基地等野外見習(xí)基地，上海養(yǎng)和堂中藥飲片公司等教學(xué)實踐基地及中藥制藥實踐教學(xué)聯(lián)合中心，以及包括上海中醫(yī)藥大學(xué)附屬龍華醫(yī)院、中山醫(yī)院、瑞金醫(yī)院等多家醫(yī)院藥學(xué)實習(xí)基地，并建設(shè)了包括中科院上海藥物研究所、上海食品藥品檢驗所等在內(nèi)的多個高水平科研機構(gòu)定點合作的畢業(yè)專題實習(xí)基地。另一方面，學(xué)院不斷推進(jìn)各層次國際合作項目，與英國倫敦都市大學(xué)、加拿大英屬哥倫比亞大學(xué)、巴黎笛卡爾大學(xué)、新西蘭奧克蘭大學(xué)等進(jìn)行合作，大力支持教師出國進(jìn)修、學(xué)生交流訪學(xué)項目，提高師生跨文化交流能力。

根據(jù)學(xué)校發(fā)展規(guī)劃，中藥學(xué)院將緊密圍繞學(xué)校高水平大學(xué)、雙一流大學(xué)建設(shè)目標(biāo)，進(jìn)一步加強內(nèi)涵建設(shè)，推進(jìn)產(chǎn)學(xué)研結(jié)合，提高辦學(xué)質(zhì)量，發(fā)揮學(xué)科優(yōu)勢，為國家醫(yī)藥事業(yè)的繁榮發(fā)展作出貢獻(xiàn).