中國科學院上海藥物研究所（以下簡稱“上海藥物所”）的研究生教育始于1955年，是中國科學院研究生培養(yǎng)工作開展最早的單位之一。2000年經國務院學位委員會審核，獲批藥學一級學科碩士、博士學位授予權，2010年獲批藥學碩士專業(yè)學位授予權，2018年獲批中藥學一級學科碩士學位授予權。在全國第五輪學科評估中，藥學學科取得A+的優(yōu)秀成績，中藥學學科取得B+的成績。2014年，中國科學院大學（以下簡稱“國科大”）批準以上海藥物所為主體成立中國科學院大學藥學院，是國科大集中培養(yǎng)高層次藥物研發(fā)創(chuàng)新人才的專業(yè)學院。2019年，通過聯合辦學牽頭建設國科大杭州高等研究院藥物科學與技術學院、長三角藥學高等工程學院、中國科學院藥物創(chuàng)新研究院中山藥學院。截至2022年年底，共培養(yǎng)國科大學籍研究生2438人，聯合培養(yǎng)研究生1227人?，F有在讀學生總數2220余人，其中國科大學籍研究生720余人，聯合培養(yǎng)研究生1500余人（含分支學院）?，F有在崗研究生導師169人，其中博士生導師121人。

近年來，上海藥物所研究生教育始終以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，緊扣中國科學院“三個面向、四個率先”的辦院方針，堅持“科教融合、育人為本、協同創(chuàng)新、服務國家”的辦學理念，始終面向人口健康和可持續(xù)發(fā)展等急迫需求，不斷加強一流學科建設。建設重點包括：完善學科布局，大力發(fā)展藥學新興交叉學科，構建現代中藥學學科體系；依托研究所的人才布局和機構調整，凝聚多領域、高水平的科研團隊和師資隊伍；推進分支學院建設，探索多元化、創(chuàng)新型的辦學體制和培養(yǎng)模式；聚焦關鍵核心技術，創(chuàng)制并持續(xù)產生具有重大國際影響的新藥，在學科內涵和質量、教育教學水平、科技創(chuàng)新能力、服務社會貢獻度等方面實現了新的跨越提升。