制藥工程學(xué)院是沈陽藥科大學(xué)辦學(xué)歷史最長的院（系）之一。其前身為東北藥學(xué)院制藥系，經(jīng)東北行政委員會批準(zhǔn)，于1949年正式成立，歷經(jīng)沈陽藥學(xué)院制藥系、沈陽藥科大學(xué)制藥系發(fā)展歷程。已形成以化學(xué)制藥研究為特色、理工多學(xué)科交叉的辦學(xué)和科研模式。自1977年以來培養(yǎng)本科生9248人，碩士研究生2058人，博士研究生336人。

制藥工程學(xué)院是學(xué)校辦學(xué)歷史最長的院（系）之一。擁有藥學(xué)博士后流動站和藥物化學(xué)、制藥工程兩個二級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，藥物化學(xué)學(xué)科為遼寧省重點(diǎn)學(xué)科；設(shè)有化學(xué)和化學(xué)工程與技術(shù)兩個一級碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。招收藥物化學(xué)、制藥工程專業(yè)博士研究生；招收藥物化學(xué)、制藥工程、生物化工、應(yīng)用化學(xué)、化學(xué)工藝、化學(xué)工程、環(huán)境化工、無機(jī)化學(xué)、有機(jī)化學(xué)、高分子化學(xué)與物理、環(huán)境化學(xué)等11個專業(yè)的學(xué)術(shù)型碩士研究生以及藥學(xué)（藥物化學(xué)方向）專業(yè)學(xué)位碩士、制藥工程（工程領(lǐng)域）碩士研究生。招收制藥工程、環(huán)境科學(xué)、應(yīng)用化學(xué)、藥物化學(xué)4個專業(yè)本科生，制藥工程專業(yè)被教育部評為國家特色專業(yè)，應(yīng)用化學(xué)專業(yè)為省級特色專業(yè)。不僅為藥學(xué)學(xué)科在全國第四輪學(xué)科評估中獲得 “A”，而且在學(xué)校成為遼寧省“雙一流”重點(diǎn)建設(shè)高校和藥學(xué)學(xué)科入選“一流學(xué)科”中發(fā)揮了重要的作用。

現(xiàn)有119名教職員工，其中教授25人，副教授40人，77.8%有博士學(xué)位，50.0%有海外留學(xué)背景。現(xiàn)有“百千萬人才工程”國家級人選1人、國務(wù)院特殊津貼專家3人、國家中青年突出貢獻(xiàn)專家1人、全國優(yōu)秀科技工作者1人、遼寧省優(yōu)秀專家3人、遼寧省攀登學(xué)者1人、遼寧省特聘教授5人、遼寧省優(yōu)秀教師1人、遼寧省教學(xué)名師7人、遼寧省百千萬人才工程百層次人選9人、“興遼英才計(jì)劃”領(lǐng)軍人才2人和青年拔尖人才3人，教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)1個、高水平創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)團(tuán)隊(duì)1個和遼寧省高校黃大年式教師團(tuán)隊(duì)1個。

制藥工程學(xué)院狠抓本科質(zhì)量工程建設(shè)，不斷提升辦學(xué)水平。面向全校本科20個專業(yè)，承擔(dān)86門基礎(chǔ)課、專業(yè)基礎(chǔ)課、專業(yè)課和實(shí)驗(yàn)課的教學(xué)任務(wù)；承擔(dān)16門研究生課程的教學(xué)任務(wù)。建設(shè)有國家級精品課程和精品資源共享課程2門（藥物化學(xué)，化學(xué)制藥工藝學(xué)），國家級雙語示范課1門（藥物化學(xué)），省級研究生精品課（藥物化學(xué)專論），省級精品課5門（藥物化學(xué)，有機(jī)化學(xué)，化學(xué)制藥工藝學(xué)，藥物合成反應(yīng)，無機(jī)化學(xué)）；省級精品資源共享課6門（藥物化學(xué)，化學(xué)制藥工藝學(xué)，制藥工程制圖，無機(jī)化學(xué)，無機(jī)化學(xué)實(shí)驗(yàn)，精細(xì)化學(xué)品化學(xué)）；國家級實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心1個（藥學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心），省級實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心2個（藥物化學(xué)教學(xué)實(shí)驗(yàn)中心，制藥工程與環(huán)境科學(xué)實(shí)驗(yàn)中心），省級教學(xué)團(tuán)隊(duì)2個（藥物化學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)、有機(jī)化學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)），遼寧省教學(xué)名師5，校級名師7人。主編《藥物化學(xué)》、《化學(xué)制藥工藝學(xué)》、《制藥工藝學(xué)》、《藥物合成反應(yīng)》、《有機(jī)化學(xué)》、《無機(jī)化學(xué)》、《化工原理》、《制藥設(shè)備與車間設(shè)計(jì)》等全國統(tǒng)編教材多部。

制藥工程學(xué)院具有較強(qiáng)的科研力量，科研工作十分活躍。圍繞國家創(chuàng)新藥物研究整體戰(zhàn)略和國際新藥研發(fā)前沿，緊密結(jié)合地方經(jīng)濟(jì)建設(shè)的需要，開展了以創(chuàng)新藥物研究為特色的一系列應(yīng)用基礎(chǔ)、應(yīng)用開發(fā)以及基礎(chǔ)研究項(xiàng)目，取得了一系列創(chuàng)新性研究成果，已形成特色鮮明的優(yōu)勢研究方向。主要科研方向有藥物分子合理設(shè)計(jì)和創(chuàng)新藥物研究、基于靶點(diǎn)的藥物設(shè)計(jì)與化學(xué)生物學(xué)研究、現(xiàn)代藥物合成方法研究和現(xiàn)代制藥工程與分離技術(shù)研究等。學(xué)院是國家科技重大專項(xiàng)“重大新藥創(chuàng)制”課題、“遼寧省重大新藥創(chuàng)制綜合平臺”、教育部“基于靶點(diǎn)的藥物設(shè)計(jì)與研究”重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的重要組成部分，現(xiàn)有省級重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室3個，市級重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室1個，校企合作實(shí)驗(yàn)室9個?！笆濉币詠?，承擔(dān)國家科技重大專項(xiàng)課題、國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目等國家級項(xiàng)目50項(xiàng)，省、市級科研項(xiàng)目118余項(xiàng)，轉(zhuǎn)讓科技成果200余項(xiàng)。成功開發(fā)國家一類新藥“乙氧苯柳胺”，獲得2個一類新藥證書。國家1.1類新藥“鹽酸川丁特羅”已經(jīng)完成III期臨床研究，1.1類抗乙肝病毒新藥物“鹽酸艾咪朵爾”批準(zhǔn)進(jìn)入II期臨床研究，成為國內(nèi)外新藥研究領(lǐng)域內(nèi)有重大影響的科研成果。申請職務(wù)發(fā)明專利180余項(xiàng)；與企業(yè)簽訂合同（協(xié)議）119項(xiàng)，成交額2.39億元，到款額6626萬元。學(xué)院教師在SCI源期刊上共發(fā)表文章705篇，申請專利305件，獲得授權(quán)專利127件。獲得各級各類科技獎勵20多項(xiàng)，其中國家科技進(jìn)步二等獎1項(xiàng)、中國專利優(yōu)秀獎1項(xiàng)，高等學(xué)校科學(xué)技術(shù)獎－科技進(jìn)步二等獎1項(xiàng)。

學(xué)院同軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院、北京大學(xué)、吉林大學(xué)等單位建立合作辦學(xué)、合作研究和合作培養(yǎng)研究生等。在加強(qiáng)國內(nèi)高校聯(lián)系交流的同時，學(xué)院與美國、日本、英國、韓國等20多個國家和地區(qū)的大學(xué)和科研部門建立了長期穩(wěn)定的合作關(guān)系，開展廣泛的國際合作與交流。