生物醫(yī)學研究院（Institutes of Biomedical Sciences，簡稱“IBS”）成立于2005年5月21日，細胞生物學和遺傳學家賀福初院士受聘為研究院首任院長。2007年9月，遺傳學家賀林院士受聘為研究院第二任院長。2013年至2016年3月，由常務副院長、分析化學家楊芃原教授主持工作。2016年4月，著名心血管病學專家、中國科學院院士葛均波出任生物醫(yī)學研究院院長。2017年2月，中國科學院院士、國際知名的表觀遺傳學家徐國良出任生物醫(yī)學研究院執(zhí)行院長。

研究院2009年獲批承擔上海市疾病蛋白質研究技術服務平臺、2016年被科技部認定為 “醫(yī)學表觀遺傳與分子代謝國際科技合作基地”、2019年獲批成立上海市醫(yī)學表觀遺傳學重點實驗室（2022年8月通過驗收）以及上海市地方高水平建設項目支持的“表觀遺傳前沿理論及醫(yī)學轉化研究”戰(zhàn)略創(chuàng)新團隊。研究院的使命是創(chuàng)建”中國第一、世界一流的生物醫(yī)學交叉學術研究機構”,已經(jīng)在生物醫(yī)學交叉學科領域形成“代謝與腫瘤的分子細胞生物學”、“醫(yī)學表觀遺傳學”、“系統(tǒng)生物醫(yī)學”三個優(yōu)勢方向，并正在努力拓展轉化醫(yī)學研究和精準醫(yī)學研究，包括腫瘤代謝、腫瘤免疫、腫瘤診斷、心血管疾病、出生缺陷、靶點結構與活性小分子、組學與大數(shù)據(jù)、干細胞技術、腸道菌群、類器官芯片、顯微成像、生物治療與干預等，形成新的交叉學科生長點和下游技術。

研究院自成立以來，始終堅持人才引育并舉，大力推進高層次人才隊伍建設，目前擁有一支高水平的創(chuàng)新人才隊伍，先后有14位中國科學院院士、中國工程院院士在IBS科研團隊中工作。全院教職員工中，現(xiàn)有全聘課題組組長（PI）近60人，其中包括中國科學院院士多名，國家杰出青年基金獲得者11人，長江學者7人，新基石研究員2名，科學探索獎獲得者2名，國家重點基礎研發(fā)計劃、重大專項首席科學家10余人，青年長江學者6人，國家優(yōu)秀青年基金獲得者9人，其它國家高層次青年人才計劃入選者20余人。

研究院成立至今，以第一作者（含共同第一作者）或通訊作者（含共同通訊作者）單位在國際頂尖雜志Nature、Science、Cell、New England Journal of Medicine上發(fā)表論文30余篇（近5年15篇），在Nature Genetics、Nature Biotechnology、Nature Cell Biology、Nature Chemistry、Nature Catalysis、Nature Methods、Nature Immunology、Cancer Cell、Immunity、Cell Metabolism、Cell Stem Cell、Molecular Cell、Dev Cell、Chem、Nature Chemical Biology、Nature Metabolism、Nature Microbiology、Science Translational Medicine、Cell Research、Chemical Reviews、Advanced Materials、JACS、Angew等國際高影響力雜志上發(fā)表研究性論文200多篇，研究團隊在組蛋白修飾、表觀遺傳調控、非編碼RNA、結構生物學、蛋白組學、表觀遺傳與代謝交互調控、腫瘤代謝、人類遺傳疾病、化學生物學等領域在國內外具有廣泛的影響力，研究成果先后入選“中國科學十大進展”（2010）、“中國高校十大進展”（2010）、“中國十大醫(yī)學進展”（2016）、“中國生命科學十大進展”（2021）、中國2021年度重要醫(yī)學進展（基礎醫(yī)學與生物學領域），牽頭榮獲教育部自然科學獎一等獎2項、上海市自然科學獎一等獎3項，兩項成果入選國際權威教科書。2014年研究院通過國際評估，專家評論“相關領域的研究水平已經(jīng)接近美國頂級生物研究機構”。

研究院的生物醫(yī)學技術支撐平臺以提供生物醫(yī)學高端技術服務為目標，歷經(jīng)十八年的建設，已建成基因組與表觀遺傳學子平臺、分子細胞學子平臺、結構與藥物子平臺、蛋白質組學子平臺、影像和形態(tài)子平臺、生物信息學子平臺。技術平臺現(xiàn)有10萬以上設備319臺/套（其中40萬以上大型設備88臺/套），總值約3.18億元；專業(yè)技術服務人員34人。2022年底，由研究院承擔建設的復旦大學上海醫(yī)學院公共技術平臺已全面投入試運行階段，面向校內外科研用戶預約使用（網(wǎng)址：http://syfwpt.fudan.edu.cn/）。

近年來，研究院在保持好高水平基礎研究的發(fā)展勢頭之上，還積極與復旦大學附屬的多家高水平醫(yī)院（包括復旦大學附屬中山醫(yī)院、復旦大學附屬華山醫(yī)院、復旦大學附屬腫瘤醫(yī)院、復旦大學附屬兒科醫(yī)院等）進行深度合作，積極探索新形勢下基礎研究與臨床科學問題相結合的研究模式，不斷提升研究院轉化研究水平。