生物醫(yī)學(xué)研究院（Institutes of Biomedical Sciences，簡(jiǎn)稱“IBS”）成立于2005年5月21日，細(xì)胞生物學(xué)和遺傳學(xué)家賀福初院士受聘為研究院首任院長(zhǎng)。2007年9月，遺傳學(xué)家賀林院士受聘為研究院第二任院長(zhǎng)。2013年至2016年3月，由常務(wù)副院長(zhǎng)、分析化學(xué)家楊芃原教授主持工作。2016年4月，著名心血管病學(xué)專家、中國(guó)科學(xué)院院士葛均波出任生物醫(yī)學(xué)研究院院長(zhǎng)。2017年2月，中國(guó)科學(xué)院院士、國(guó)際知名的表觀遺傳學(xué)家徐國(guó)良出任生物醫(yī)學(xué)研究院執(zhí)行院長(zhǎng)。

研究院2009年獲批承擔(dān)上海市疾病蛋白質(zhì)研究技術(shù)服務(wù)平臺(tái)、2016年被科技部認(rèn)定為 “醫(yī)學(xué)表觀遺傳與分子代謝國(guó)際科技合作基地”、2019年獲批成立上海市醫(yī)學(xué)表觀遺傳學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（2022年8月通過驗(yàn)收）以及上海市地方高水平建設(shè)項(xiàng)目支持的“表觀遺傳前沿理論及醫(yī)學(xué)轉(zhuǎn)化研究”戰(zhàn)略創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)。研究院的使命是創(chuàng)建”中國(guó)第一、世界一流的生物醫(yī)學(xué)交叉學(xué)術(shù)研究機(jī)構(gòu)”,已經(jīng)在生物醫(yī)學(xué)交叉學(xué)科領(lǐng)域形成“代謝與腫瘤的分子細(xì)胞生物學(xué)”、“醫(yī)學(xué)表觀遺傳學(xué)”、“系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)”三個(gè)優(yōu)勢(shì)方向，并正在努力拓展轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究和精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究，包括腫瘤代謝、腫瘤免疫、腫瘤診斷、心血管疾病、出生缺陷、靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)與活性小分子、組學(xué)與大數(shù)據(jù)、干細(xì)胞技術(shù)、腸道菌群、類器官芯片、顯微成像、生物治療與干預(yù)等，形成新的交叉學(xué)科生長(zhǎng)點(diǎn)和下游技術(shù)。

研究院自成立以來(lái)，始終堅(jiān)持人才引育并舉，大力推進(jìn)高層次人才隊(duì)伍建設(shè)，目前擁有一支高水平的創(chuàng)新人才隊(duì)伍，先后有14位中國(guó)科學(xué)院院士、中國(guó)工程院院士在IBS科研團(tuán)隊(duì)中工作。全院教職員工中，現(xiàn)有全聘課題組組長(zhǎng)（PI）近60人，其中包括中國(guó)科學(xué)院院士多名，國(guó)家杰出青年基金獲得者11人，長(zhǎng)江學(xué)者7人，新基石研究員2名，科學(xué)探索獎(jiǎng)獲得者2名，國(guó)家重點(diǎn)基礎(chǔ)研發(fā)計(jì)劃、重大專項(xiàng)首席科學(xué)家10余人，青年長(zhǎng)江學(xué)者6人，國(guó)家優(yōu)秀青年基金獲得者9人，其它國(guó)家高層次青年人才計(jì)劃入選者20余人。

研究院成立至今，以第一作者（含共同第一作者）或通訊作者（含共同通訊作者）單位在國(guó)際頂尖雜志Nature、Science、Cell、New England Journal of Medicine上發(fā)表論文30余篇（近5年15篇），在Nature Genetics、Nature Biotechnology、Nature Cell Biology、Nature Chemistry、Nature Catalysis、Nature Methods、Nature Immunology、Cancer Cell、Immunity、Cell Metabolism、Cell Stem Cell、Molecular Cell、Dev Cell、Chem、Nature Chemical Biology、Nature Metabolism、Nature Microbiology、Science Translational Medicine、Cell Research、Chemical Reviews、Advanced Materials、JACS、Angew等國(guó)際高影響力雜志上發(fā)表研究性論文200多篇，研究團(tuán)隊(duì)在組蛋白修飾、表觀遺傳調(diào)控、非編碼RNA、結(jié)構(gòu)生物學(xué)、蛋白組學(xué)、表觀遺傳與代謝交互調(diào)控、腫瘤代謝、人類遺傳疾病、化學(xué)生物學(xué)等領(lǐng)域在國(guó)內(nèi)外具有廣泛的影響力，研究成果先后入選“中國(guó)科學(xué)十大進(jìn)展”（2010）、“中國(guó)高校十大進(jìn)展”（2010）、“中國(guó)十大醫(yī)學(xué)進(jìn)展”（2016）、“中國(guó)生命科學(xué)十大進(jìn)展”（2021）、中國(guó)2021年度重要醫(yī)學(xué)進(jìn)展（基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與生物學(xué)領(lǐng)域），牽頭榮獲教育部自然科學(xué)獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)2項(xiàng)、上海市自然科學(xué)獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)3項(xiàng)，兩項(xiàng)成果入選國(guó)際權(quán)威教科書。2014年研究院通過國(guó)際評(píng)估，專家評(píng)論“相關(guān)領(lǐng)域的研究水平已經(jīng)接近美國(guó)頂級(jí)生物研究機(jī)構(gòu)”。

研究院的生物醫(yī)學(xué)技術(shù)支撐平臺(tái)以提供生物醫(yī)學(xué)高端技術(shù)服務(wù)為目標(biāo)，歷經(jīng)十八年的建設(shè)，已建成基因組與表觀遺傳學(xué)子平臺(tái)、分子細(xì)胞學(xué)子平臺(tái)、結(jié)構(gòu)與藥物子平臺(tái)、蛋白質(zhì)組學(xué)子平臺(tái)、影像和形態(tài)子平臺(tái)、生物信息學(xué)子平臺(tái)。技術(shù)平臺(tái)現(xiàn)有10萬(wàn)以上設(shè)備319臺(tái)/套（其中40萬(wàn)以上大型設(shè)備88臺(tái)/套），總值約3.18億元；專業(yè)技術(shù)服務(wù)人員34人。2022年底，由研究院承擔(dān)建設(shè)的復(fù)旦大學(xué)上海醫(yī)學(xué)院公共技術(shù)平臺(tái)已全面投入試運(yùn)行階段，面向校內(nèi)外科研用戶預(yù)約使用（網(wǎng)址：http://syfwpt.fudan.edu.cn/）。

近年來(lái)，研究院在保持好高水平基礎(chǔ)研究的發(fā)展勢(shì)頭之上，還積極與復(fù)旦大學(xué)附屬的多家高水平醫(yī)院（包括復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院、復(fù)旦大學(xué)附屬兒科醫(yī)院等）進(jìn)行深度合作，積極探索新形勢(shì)下基礎(chǔ)研究與臨床科學(xué)問題相結(jié)合的研究模式，不斷提升研究院轉(zhuǎn)化研究水平。