歷史學(xué)系創(chuàng)建于1925年，時(shí)稱史學(xué)系。1937年，全面抗戰(zhàn)爆發(fā)，史學(xué)系部分隨復(fù)旦大夏第一聯(lián)合大學(xué)遷至江西牯嶺。1938年，大部隨校本部遷至重慶北碚，改稱史地學(xué)系。1946年，史地學(xué)系隨校本部遷回上海。

1949年夏，暨南大學(xué)、同濟(jì)大學(xué)文學(xué)院史地系史學(xué)組并入復(fù)旦大學(xué)史地學(xué)系，浙江大學(xué)史地系史學(xué)組部分學(xué)生轉(zhuǎn)入復(fù)旦學(xué)習(xí)，史地學(xué)系復(fù)改為史學(xué)系。1952年全國(guó)院系調(diào)整后，江浙多所大學(xué)著名史學(xué)家加盟，名家云集。中國(guó)史領(lǐng)域有周予同、譚其驤、陳守實(shí)、胡厚宣、楊寬、馬長(zhǎng)壽、蔡尚思等，古史學(xué)家顧頡剛也曾擔(dān)任本系教授；世界史領(lǐng)域則有周谷城、王造時(shí)、耿淡如、章巽、田汝康等；還有當(dāng)時(shí)已脫穎而出的中青年史學(xué)家，如程博洪、張蔭桐、胡繩武、趙人龍、金沖及等。復(fù)旦歷史學(xué)系的研究特色也由此逐步形成，如陳守實(shí)的中國(guó)土地制度史研究，周予同的中國(guó)經(jīng)學(xué)史研究，周谷城的世界古代史研究，耿淡如的西方史學(xué)史研究，蔡尚思的中國(guó)思想文化史研究，譚其驤的中國(guó)歷史地理研究，胡厚宣的甲骨文研究，楊寬的先秦史研究，章巽的中西交通史研究，田汝康的中外關(guān)系史研究等，他們開拓性的學(xué)術(shù)貢獻(xiàn)領(lǐng)學(xué)術(shù)研究之先，也奠定了復(fù)旦歷史學(xué)系在中國(guó)史學(xué)界的學(xué)術(shù)地位。

改革開放以來(lái)，歷史學(xué)系獲得了新的發(fā)展。1981年，中國(guó)古代史、歷史地理學(xué)、世界上古史中古史3個(gè)學(xué)科點(diǎn)獲批國(guó)家首批博士點(diǎn)，1986年新增世界近現(xiàn)代史、世界地區(qū)史國(guó)別史2個(gè)博士點(diǎn)。1994年復(fù)旦歷史學(xué)系列入教育部“國(guó)家文科基礎(chǔ)學(xué)科人才培養(yǎng)基地”，1996年建立歷史學(xué)博士后流動(dòng)站，1997年成為國(guó)內(nèi)首批5家獲得歷史學(xué)一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授予權(quán)的單位之一，2004年“中外現(xiàn)代化進(jìn)程研究中心”列入教育部人文社會(huì)科學(xué)重點(diǎn)研究基地。

在學(xué)術(shù)建制方面，1959年設(shè)立中國(guó)歷史地理研究室，1982年成立獨(dú)立建制的中國(guó)歷史地理研究所；1984年創(chuàng)辦文物與博物館學(xué)專業(yè)，1996年成立獨(dú)立建制的文物與博物館學(xué)系；1989年開設(shè)旅游與旅游文化類課程，1993年獲準(zhǔn)設(shè)立旅游管理專業(yè)，2002年正式組建旅游學(xué)系，行政由歷史學(xué)系兼管。

目前，歷史學(xué)系擁有中國(guó)史和世界史2個(gè)一級(jí)學(xué)科。中國(guó)史學(xué)科下設(shè)中國(guó)古代史、中國(guó)近現(xiàn)代史、中國(guó)當(dāng)代史、史學(xué)理論及中國(guó)史學(xué)史、專門史、歷史文獻(xiàn)學(xué)6個(gè)二級(jí)學(xué)科；世界史學(xué)科下設(shè)史學(xué)理論及外國(guó)史學(xué)史、世界上古史中古史、世界近現(xiàn)代史、世界地區(qū)國(guó)別史4個(gè)二級(jí)學(xué)科；并設(shè)中國(guó)史和世界史兩個(gè)博士后流動(dòng)站。2018年，中國(guó)史學(xué)科入選上海市高峰學(xué)科建設(shè)計(jì)劃；2019年，歷史學(xué)專業(yè)入選國(guó)家級(jí)一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)；2020年入選教育部基礎(chǔ)學(xué)科拔尖人才培養(yǎng)基地。2022年，在教育部第五輪學(xué)科評(píng)估中，中國(guó)史學(xué)科蟬聯(lián)A+，世界史學(xué)科獲評(píng)A-。