臨床藥學(xué)系成立于2006年，為首都醫(yī)科大學(xué)化學(xué)生物學(xué)與藥學(xué)院下屬二級教學(xué)單位。主要承擔(dān)研究生、本科、大中專以及繼續(xù)教育項目中臨床藥學(xué)和臨床藥理學(xué)相關(guān)課程的教學(xué)工作。目前教研室擁有教師三十余位，臨床藥學(xué)系主任為首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京天壇醫(yī)院藥劑科主任趙志剛教授，資深藥學(xué)專家王汝龍教授，袁鎖中教授，孫忠實教授為名譽主任，首都醫(yī)科大學(xué)宣武醫(yī)院王育琴主任、首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京朝陽醫(yī)院王鶴堯主任、首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京同仁醫(yī)院趙秀麗教授為系副主任。授課教師全部為我校附屬醫(yī)院和北京市三級甲等醫(yī)院的一線工作人員，擁有豐富的臨床實踐與教學(xué)經(jīng)驗。教員所在醫(yī)院中目前共有6家獲得衛(wèi)生部臨床藥師培訓(xùn)基地資格。

2008年，學(xué)系按照學(xué)校教育教學(xué)人才培養(yǎng)的需要，成立首都醫(yī)科大學(xué)臨床藥理聯(lián)合教研室，負(fù)責(zé)臨床藥理聯(lián)合教研室的日常管理與工作。2009年，教育部批準(zhǔn)首都醫(yī)科大學(xué)臨床藥學(xué)專業(yè)招生，學(xué)制5年。2010年臨床藥學(xué)專業(yè)獲批成為教育部臨床藥學(xué)專業(yè)碩士學(xué)位培養(yǎng)點。

目前獲得的教學(xué)科研項目包括：2008年獲北京市級高等學(xué)校教育教學(xué)改革立項項目“臨床藥學(xué)人才培養(yǎng)模式改革與創(chuàng)新”；2009年獲北京市教育委員會資助項目“專業(yè)建設(shè)-市級新專業(yè)-臨床藥學(xué)”， 2006年至今先后5次獲得首都醫(yī)科大學(xué)校長基金項目資助。