明嘉靖四十三年，在北京城西南取“安定、安寧”之祥意，建右安門，以護(hù)城市的安康。建國(guó)初期，彭真市長(zhǎng)親臨右安門外，規(guī)劃始建北京第二傳染病醫(yī)院，其建筑規(guī)模與學(xué)科設(shè)置均為亞洲之首。1989年更名為北京佑安醫(yī)院。2003年成為首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京佑安醫(yī)院、首都醫(yī)科大學(xué)第九臨床醫(yī)學(xué)院及首都醫(yī)科大學(xué)傳染病學(xué)系主任委員單位。今天的佑安醫(yī)院是一家以感染、傳染及急、慢性相關(guān)性疾病群體為主要服務(wù)對(duì)象和重點(diǎn)學(xué)科，集預(yù)防、醫(yī)療、保健、康復(fù)為一體的大型綜合性醫(yī)學(xué)中心；并搭建起國(guó)際化高新醫(yī)藥科技臨床與轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)高端平臺(tái)。

2020年4月，被列入北京市面向團(tuán)體和個(gè)人提供新冠病毒核酸檢測(cè)服務(wù)醫(yī)療機(jī)構(gòu)名單。9月8日，首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京佑安醫(yī)院黨委被評(píng)為全國(guó)抗擊新冠肺炎疫情先進(jìn)集體。