首都醫(yī)科大學藥學院于2004年建院，著名藥物化學家彭師奇教授為首任院長。學院建院初始名為首都醫(yī)科大學化學生物學與藥學院，2016年更名為首都醫(yī)科大學藥學院。

藥學院設(shè)藥物化學系、藥理學系、藥劑學系、天然藥物學系、化學生物學系、臨床藥學系，以及實驗教學中心、藥物研究所6系1中心1所。其中實驗教學中心面向全校學生開設(shè)化學基礎(chǔ)課。其中臨床藥學系依托學校21家附屬醫(yī)院藥學部，于2006年建系在附屬北京天壇醫(yī)院（第五臨床醫(yī)學院）藥學部。

藥學院現(xiàn)有教職員工54人，其中教師41人，具有博士學位的占95%。實驗室技術(shù)人員6人，行政管理人員6（含1名非編參照管理和1名行政保研）人。其中副教授以上29人，博導9人、碩導29人。

藥學院現(xiàn)有藥物化學、藥理學共2個北京市重點學科，藥劑學、藥物分析學共2個北京市重點建設(shè)學科，1個教育部工程研究中心，1個北京市重點實驗室，藥理學和毒理學進入全球前5‰。

藥學院設(shè)置藥學和臨床藥學2個專業(yè)，其中，藥學專業(yè)為4年制；臨床藥學專業(yè)（包括5+2本-碩獲畢業(yè)證、學位證和住院藥師規(guī)范化培訓證三證合一模式）為5年制。2006年獲北京市實驗教學示范中心，2012年獲藥學專業(yè)獲國家級特色專業(yè)，2015年獲國家級實驗教學示范中心，以及北京市校內(nèi)創(chuàng)新實踐基地，2017年獲首批國家級虛擬仿真實驗教學項目，2018年臨床藥學專業(yè)通過教育部專業(yè)認證，2019年臨床藥學專業(yè)獲國家級一流本科專業(yè)建設(shè)點，2020年藥學專業(yè)獲國家級一流本科專業(yè)建設(shè)點，2門國家級一流本科課程，1門北京市高校優(yōu)質(zhì)本科課程，2項北京市高等教育教學成果二等獎，1門課程列入學習強國。2名教授享受國務(wù)院政府津貼，1名北京市勞動模范，2名北京市教學名師，1名北京市青年教學名師，2名北京市優(yōu)秀教師，1名北京師德榜樣，1名首都勞動獎?wù)芦@得者和1名教育部霍英東教育教學獎等。

藥學院于2006年獲藥學一級學科碩士授權(quán)點，2010年獲藥學碩士專業(yè)學位授權(quán)點，2011年獲藥學一級學科博士授權(quán)點，2012年獲藥學博士后流動站，2012年學科評估第20名，2016年學科評估為B+。有4個北京市創(chuàng)新團隊、6個北京市拔尖人才、1個北京市高層次創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)領(lǐng)軍人才、科技部“863”青年科學家、1個北京市長城學者、1個北京市高層次留學人才回國資助項目、4個北京市骨干教師、1個北京市青年拔尖人才、4個北京市科技新星和7個北京市優(yōu)秀人等。

藥學院面向全校承擔本科、?？啤Ｉ?、研究生和留學生等5個層次62門3700多學時的理論課和58門7900多學時的實驗課，共11600多學時。藥學院堅持“教育為本”的建院宗旨，堅持本科生“課內(nèi)+課外”的育人模式，即“課內(nèi)”包括，所有課程的“課程思政”和“安全育人”；所有實驗課都是“一人一套”、獨立操作“大型儀器”、基于新藥研究的“藥學專業(yè)實驗”，以及能實不虛，虛實結(jié)合的“虛擬仿真”實驗教學。此外，“課外”包括大一本科生導師制、大二課內(nèi)實踐，以及臨床醫(yī)院和藥學基地實踐等。藥學和臨床藥學十余年的平均讀研率大于67%，其中最高為83%。兩個專業(yè)的專業(yè)就業(yè)率高于90%。

建院以來，藥學院針對血栓、腫瘤、退行性疾病等開展預防、治療和顯影等藥物的研究，承擔過“973”、“863”、“十一五”、“十二五”、“十三五”等科技部新藥創(chuàng)制重大專項、國家自然科學基金、北京市自然重點項目等。發(fā)表SCI論文300余篇，最高IF>14.0。授權(quán)的國家發(fā)明專利390余項，其中1項轉(zhuǎn)讓專利已完成美國FDA批準的二期臨床試驗。受美國Wiley出版社邀請主編并撰寫“Pharmaceutical Bioassays: Methods And Applications”1部，已于2009年出版。參編Wiley出版社專著2部等，獲北京市科技進步獎二等獎1項。

建院以來承擔教育部、北京市以及校級教學改革課題90余項、發(fā)表教改論文140余篇、主編教材4部，自編臨床藥學專業(yè)教材一套19部。獲90項虛擬仿真實驗項目軟件著作權(quán)。2項北京市高等教育教學二等獎。

學院現(xiàn)有藥學研究相關(guān)的Discovery Studio、Material Studio、300 MNMR、500 MNMR、800 MNMR、ESR、ESI-MS-MS、UPLC-FT-MS、ICP-MS-MS、QTOF、各種檢測器的HPLC、激光納米粒度儀等藥學儀器平臺，以及實體黨員之家，學生之家，教職工之家，學生輔導員工作室，海外留學歸國人員活動室，民主黨派工作室等公共平臺。

學院除21家附屬臨床醫(yī)院藥學部為實踐基地，還與北京世橋生物制藥有限公司、浙江醫(yī)藥股份有限公司、北京恒潤泰生醫(yī)藥科技有限公司、中國醫(yī)療集團有限公司、以及臺灣順天生物醫(yī)藥股份有限公司等建立實踐基地。

藥學院始終堅持社會主義辦學方向，全面貫徹黨的教育方針，堅持以立德樹人為根本，秉承“大膽創(chuàng)新做一流學問，小心求證育頂尖人才，教育為本”的建院宗旨，基于化學、生物學、醫(yī)學和化學生物學，已經(jīng)形成人才培養(yǎng)、知識產(chǎn)權(quán)保護、科學研究構(gòu)成的精品藥學教育、專業(yè)建設(shè)和學科建設(shè)。站在“十四五”的起點上，學院將繼承“首醫(yī)藥學”的優(yōu)良傳統(tǒng)，牢記社會責任，服務(wù)健康中國、健康北京、京津冀協(xié)同發(fā)展戰(zhàn)略、國際一流和諧宜居之都等，努力辦人民滿意的大學，培養(yǎng)人民滿意的藥學高等人才，支撐教學、科研和社會服務(wù)，努力將學院建設(shè)成為國際一流、有特色的研究型藥學院。