80年代中后期，學(xué)校又在基礎(chǔ)課部設(shè)立了外語中心、電教室、中心實(shí)驗(yàn)室和計(jì)算機(jī)教研室。隨著學(xué)校改革和發(fā)展的需要，1993年語言中心和外語教研室從基礎(chǔ)課部分出成立外語系。1994年后，中心實(shí)驗(yàn)室、電教中心先后從基礎(chǔ)課部分出成為學(xué)校直屬單位。1999年初，計(jì)算機(jī)教研室從基礎(chǔ)課部分出成立計(jì)算機(jī)信息科學(xué)系（籌）。同年12月，基礎(chǔ)課部更名為理學(xué)系。

2001年8月，理學(xué)系與計(jì)算機(jī)信息科學(xué)系（籌）合并組建理學(xué)院，負(fù)責(zé)承擔(dān)全校各專業(yè)的數(shù)學(xué)類、物理學(xué)類、化學(xué)類、計(jì)算機(jī)類、植物學(xué)類、體育類的基礎(chǔ)課和公共課教學(xué)工作。2002年，植物學(xué)教研室劃轉(zhuǎn)到生命科技學(xué)院，體育教研室從理學(xué)院分出成立直屬學(xué)校領(lǐng)導(dǎo)的體育課部。2014年，學(xué)校將計(jì)算機(jī)科學(xué)與技術(shù)系、計(jì)算中心，整體調(diào)整到信息學(xué)院。

2018年12月10日，華中農(nóng)業(yè)大學(xué)理學(xué)院黨委入選首批“全國(guó)黨建工作標(biāo)桿院系”培育創(chuàng)建單位。

2023年7月，學(xué)校在原理學(xué)院化學(xué)系基礎(chǔ)上成立化學(xué)學(xué)院，數(shù)學(xué)與統(tǒng)計(jì)學(xué)系調(diào)整到信息學(xué)院，物理系調(diào)整到工學(xué)院。

學(xué)院現(xiàn)有化學(xué)系、化學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心、理化分析中心，有化學(xué)生物學(xué)、農(nóng)業(yè)材料化學(xué)等2個(gè)校級(jí)研究中心。

學(xué)院現(xiàn)設(shè)有應(yīng)用化學(xué)1個(gè)本科專業(yè)，有化學(xué)生態(tài)學(xué)二級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)，化學(xué)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)，農(nóng)藥學(xué)二級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)。應(yīng)用化學(xué)本科專業(yè)為國(guó)家一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。學(xué)院有全日制在校學(xué)生772人，其中預(yù)科生80人，本科生490人，研究生202人。

學(xué)院堅(jiān)持人才強(qiáng)院戰(zhàn)略，不斷優(yōu)化師資隊(duì)伍結(jié)構(gòu)。現(xiàn)有教職工85人，其中專任教師66人，博士生導(dǎo)師8人，碩士生導(dǎo)師43人；專任教師中教授12人，副教授43人，具有博士學(xué)位教師59人；有湖北省教學(xué)名師2人、楚天園丁獎(jiǎng)1人、湖北青年教學(xué)能手1人；教育部新世紀(jì)人才計(jì)劃1人、國(guó)家優(yōu)秀青年科學(xué)基金項(xiàng)目獲得者1人、武漢市學(xué)科帶頭人1人、武漢市晨光計(jì)劃人才3人、湖北省青年英才開發(fā)計(jì)劃1人、“3551光谷人才計(jì)劃”1人。

學(xué)院始終堅(jiān)持教學(xué)立院，不斷深化教學(xué)改革，全面提升人才培養(yǎng)質(zhì)量?！笆濉币詠恚脒x首批國(guó)家級(jí)線上一流課程3門，線上線下混合式一流課程1門，入選省級(jí)線上一流課程13門；獲批省級(jí)教改項(xiàng)目10項(xiàng)；獲評(píng)國(guó)家級(jí)十二五規(guī)劃教材2部、農(nóng)業(yè)部十三五規(guī)劃教材1部，獲省級(jí)教學(xué)成果二等獎(jiǎng)2項(xiàng)、三等獎(jiǎng)1項(xiàng)，獲批校級(jí)“課程思政”示范建設(shè)項(xiàng)目10項(xiàng)，獲第四屆全國(guó)高?；旌鲜浇虒W(xué)設(shè)計(jì)創(chuàng)新大賽一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、湖北省第八屆高校青年教師教學(xué)競(jìng)賽理科組一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、第七屆西浦全國(guó)大學(xué)教學(xué)創(chuàng)新大賽一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、第二屆湖北省高校教師教學(xué)創(chuàng)新大賽特等獎(jiǎng)1項(xiàng)、全國(guó)農(nóng)林院校專業(yè)微課比賽一等獎(jiǎng)1項(xiàng)、校青年教師講課競(jìng)賽一等獎(jiǎng)4項(xiàng)，3個(gè)教學(xué)團(tuán)隊(duì)全部獲評(píng)學(xué)校優(yōu)秀教學(xué)組織、獲評(píng)校精品教研室2個(gè)；建設(shè)省級(jí)實(shí)驗(yàn)示范中心1個(gè)；學(xué)院學(xué)生湖北省大學(xué)生化學(xué)實(shí)驗(yàn)技能競(jìng)賽等賽事一等獎(jiǎng)共56項(xiàng)。

學(xué)院堅(jiān)持科研興院戰(zhàn)略，大力開展科學(xué)研究。“十三五”以來，主持國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目34項(xiàng)，主持省部級(jí)項(xiàng)目21項(xiàng)、橫向項(xiàng)目25項(xiàng)，獲授權(quán)專利63項(xiàng)，獲批經(jīng)費(fèi)2079萬元，發(fā)表高水平科研論文410篇。2015年化學(xué)學(xué)科進(jìn)入ESI全球前1%；2021年材料學(xué)學(xué)科進(jìn)入ESI全球前1%。2020年發(fā)表高水平研究論文75篇；2021年發(fā)表高水平研究論文92篇；2022年在AM、Angew等國(guó)際頂級(jí)期刊發(fā)表論文60篇，學(xué)校分級(jí)期刊A類論文3篇、B類論文12篇。

學(xué)院不斷加強(qiáng)校園文化建設(shè)，提高學(xué)生綜合素質(zhì)。學(xué)院不斷加強(qiáng)學(xué)風(fēng)建設(shè)，提升校園文化品位，優(yōu)化育人環(huán)境，關(guān)注特殊群體學(xué)生，彰顯教育公平，認(rèn)真抓好大學(xué)生職業(yè)生涯規(guī)劃，廣辟渠道推薦學(xué)生就業(yè)?！笆濉币詠恚究粕?、研究生一次性就業(yè)率穩(wěn)居學(xué)校前列，為全國(guó)化學(xué)化工等行業(yè)輸送了大量?jī)?yōu)秀人才。