上海社會科學(xué)院應(yīng)用經(jīng)濟研究所是以決策咨詢研究為主導(dǎo)，以應(yīng)用經(jīng)濟學(xué)學(xué)科建設(shè)為支撐的智庫型研究機構(gòu)。原名“部門經(jīng)濟研究所”，其前身是成立于1956年的中國科學(xué)院上海經(jīng)濟研究所，1978年上海社科院復(fù)院后，在原經(jīng)濟研究所的基礎(chǔ)上分設(shè)經(jīng)濟研究所、部門經(jīng)濟研究所和世界經(jīng)濟研究所，其中部門經(jīng)濟所主要從事工業(yè)經(jīng)濟、農(nóng)業(yè)經(jīng)濟和貿(mào)易經(jīng)濟等研究。

“部門經(jīng)濟研究所”成立以來，緊緊圍繞上海改革開放進程，在重大經(jīng)濟發(fā)展戰(zhàn)略和政策研究中發(fā)揮了重要作用，從改革開放初期牽頭組織編制上海第一個經(jīng)濟發(fā)展戰(zhàn)略（1986年的國家六五重點項目）、經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)的上海經(jīng)濟發(fā)展戰(zhàn)略研討會紀(jì)要（1987），到20世紀(jì)90年代上海產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整升級、上海浦東開發(fā)開放、面向21世紀(jì)的上海開放戰(zhàn)略、上海四個中心建設(shè)戰(zhàn)略研究，以及近年來的上海建設(shè)具有國際影響力的科技創(chuàng)新中心、上海自貿(mào)區(qū)建設(shè)等戰(zhàn)略研究中，“部門經(jīng)濟研究所”完成了一系列具有開創(chuàng)意義和重要價值的研究成果。

2016年，在上海社會科學(xué)院入選首批國家高端智庫試點單位的背景下，經(jīng)上海市委批準(zhǔn)，“部門經(jīng)濟研究所”正式更名為上海社會科學(xué)院應(yīng)用經(jīng)濟研究所，根據(jù)上海社會科學(xué)院端智庫建設(shè)目標(biāo)，應(yīng)用經(jīng)濟研究所立足決策咨詢研究特色優(yōu)勢，強化產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟學(xué)等為重點的應(yīng)用經(jīng)濟學(xué)學(xué)科支撐，進一步確立了學(xué)科支撐型智庫的目標(biāo)導(dǎo)向，聚焦中國和上海發(fā)展轉(zhuǎn)型中的重大問題，充分發(fā)揮高端智庫的研究支撐作用，不斷提升在決策咨詢研究中的影響力。

應(yīng)用經(jīng)濟研究所現(xiàn)有應(yīng)用經(jīng)濟學(xué)一級博士學(xué)位授權(quán)點，下設(shè)國民經(jīng)濟學(xué)、產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟學(xué)、區(qū)域經(jīng)濟學(xué)、金融學(xué)、數(shù)量經(jīng)濟學(xué)五個二級學(xué)科博士點；應(yīng)用經(jīng)濟學(xué)一級學(xué)科碩士點，下設(shè)應(yīng)用經(jīng)濟學(xué)二級學(xué)科碩士點9個（包括國民經(jīng)濟學(xué)、產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟學(xué)、區(qū)域經(jīng)濟學(xué)、數(shù)量經(jīng)濟學(xué)、金融學(xué)、國際貿(mào)易、財政學(xué)、勞動經(jīng)濟學(xué)、城市與房地產(chǎn)經(jīng)濟學(xué)）；管理學(xué)二級學(xué)科碩士點3個（包括企業(yè)管理、旅游經(jīng)濟管理、農(nóng)業(yè)經(jīng)濟管理）。

應(yīng)用經(jīng)濟研究所現(xiàn)設(shè)產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟研究室、區(qū)域經(jīng)濟與城鄉(xiāng)發(fā)展研究室、服務(wù)經(jīng)濟及旅游經(jīng)濟研究室、創(chuàng)新經(jīng)濟研究室、財政金融研究室、城市與房地產(chǎn)經(jīng)濟研究室、文化創(chuàng)意產(chǎn)業(yè)研究室以及《上海經(jīng)濟》編輯部?，F(xiàn)有在職人員53人，其中研究員12人、副研究員24人。