上海社會(huì)科學(xué)院應(yīng)用經(jīng)濟(jì)研究所是以決策咨詢研究為主導(dǎo)，以應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)學(xué)科建設(shè)為支撐的智庫型研究機(jī)構(gòu)。原名“部門經(jīng)濟(jì)研究所”，其前身是成立于1956年的中國(guó)科學(xué)院上海經(jīng)濟(jì)研究所，1978年上海社科院復(fù)院后，在原經(jīng)濟(jì)研究所的基礎(chǔ)上分設(shè)經(jīng)濟(jì)研究所、部門經(jīng)濟(jì)研究所和世界經(jīng)濟(jì)研究所，其中部門經(jīng)濟(jì)所主要從事工業(yè)經(jīng)濟(jì)、農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)和貿(mào)易經(jīng)濟(jì)等研究。

“部門經(jīng)濟(jì)研究所”成立以來，緊緊圍繞上海改革開放進(jìn)程，在重大經(jīng)濟(jì)發(fā)展戰(zhàn)略和政策研究中發(fā)揮了重要作用，從改革開放初期牽頭組織編制上海第一個(gè)經(jīng)濟(jì)發(fā)展戰(zhàn)略（1986年的國(guó)家六五重點(diǎn)項(xiàng)目）、經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)的上海經(jīng)濟(jì)發(fā)展戰(zhàn)略研討會(huì)紀(jì)要（1987），到20世紀(jì)90年代上海產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)調(diào)整升級(jí)、上海浦東開發(fā)開放、面向21世紀(jì)的上海開放戰(zhàn)略、上海四個(gè)中心建設(shè)戰(zhàn)略研究，以及近年來的上海建設(shè)具有國(guó)際影響力的科技創(chuàng)新中心、上海自貿(mào)區(qū)建設(shè)等戰(zhàn)略研究中，“部門經(jīng)濟(jì)研究所”完成了一系列具有開創(chuàng)意義和重要價(jià)值的研究成果。

2016年，在上海社會(huì)科學(xué)院入選首批國(guó)家高端智庫試點(diǎn)單位的背景下，經(jīng)上海市委批準(zhǔn)，“部門經(jīng)濟(jì)研究所”正式更名為上海社會(huì)科學(xué)院應(yīng)用經(jīng)濟(jì)研究所，根據(jù)上海社會(huì)科學(xué)院端智庫建設(shè)目標(biāo)，應(yīng)用經(jīng)濟(jì)研究所立足決策咨詢研究特色優(yōu)勢(shì)，強(qiáng)化產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟(jì)學(xué)等為重點(diǎn)的應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)學(xué)科支撐，進(jìn)一步確立了學(xué)科支撐型智庫的目標(biāo)導(dǎo)向，聚焦中國(guó)和上海發(fā)展轉(zhuǎn)型中的重大問題，充分發(fā)揮高端智庫的研究支撐作用，不斷提升在決策咨詢研究中的影響力。

應(yīng)用經(jīng)濟(jì)研究所現(xiàn)有應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)一級(jí)博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，下設(shè)國(guó)民經(jīng)濟(jì)學(xué)、產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟(jì)學(xué)、區(qū)域經(jīng)濟(jì)學(xué)、金融學(xué)、數(shù)量經(jīng)濟(jì)學(xué)五個(gè)二級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)；應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)，下設(shè)應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)二級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)9個(gè)（包括國(guó)民經(jīng)濟(jì)學(xué)、產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟(jì)學(xué)、區(qū)域經(jīng)濟(jì)學(xué)、數(shù)量經(jīng)濟(jì)學(xué)、金融學(xué)、國(guó)際貿(mào)易、財(cái)政學(xué)、勞動(dòng)經(jīng)濟(jì)學(xué)、城市與房地產(chǎn)經(jīng)濟(jì)學(xué)）；管理學(xué)二級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)3個(gè)（包括企業(yè)管理、旅游經(jīng)濟(jì)管理、農(nóng)業(yè)經(jīng)濟(jì)管理）。

應(yīng)用經(jīng)濟(jì)研究所現(xiàn)設(shè)產(chǎn)業(yè)經(jīng)濟(jì)研究室、區(qū)域經(jīng)濟(jì)與城鄉(xiāng)發(fā)展研究室、服務(wù)經(jīng)濟(jì)及旅游經(jīng)濟(jì)研究室、創(chuàng)新經(jīng)濟(jì)研究室、財(cái)政金融研究室、城市與房地產(chǎn)經(jīng)濟(jì)研究室、文化創(chuàng)意產(chǎn)業(yè)研究室以及《上海經(jīng)濟(jì)》編輯部。現(xiàn)有在職人員53人，其中研究員12人、副研究員24人。