1958年上海社會科學院成立時，麾下有哲學教研室，1959年4月正式建立哲學研究所。主要從事馬克思主義哲學、中國哲學、外國哲學、科學哲學、邏輯學、美學等學科研究。1966年后因文革中斷了科研工作。1978年10月復院，哲學研究所也得以恢復重建。歷任所長（所務委員會主任）、副所長有李培南、馮契、周抗、傅季重、洪秉奇、范明生、王淼洋、徐順教、陳超南、俞宣孟、童世駿、何錫蓉、黃凱鋒、方松華等。第一任所長由當時擔任上海社科院黨委書記兼院長的李培南兼任，他參加過二萬五千里長征，擔任過上海交通大學黨委書記、代理校長。第一任副所長是馮契，系華東師大哲學系教授、哲學界著名學者，他還兼任過上海社科院副院長。1979年復所后的首任所長周抗研究員在20世紀70年代末的思想解放運動中，率先宣傳實踐是檢驗真理標準的理論，在當時起到積極而重大的影響。

哲學研究所以基礎學科為基點，強調理論與實踐相結合。建所以來，出版了各類著作200多部，發(fā)表了論文數(shù)千篇，獲得國家、市級獎項70余項。如《邏輯漫話》、《科學哲學導論》、《中國邏輯史論》、《科學技術是第一生產(chǎn)力》《東西方哲學比較研究》等專著獲得國家級優(yōu)秀著作獎；《柏拉圖哲學述評》、《哲學大辭典》、《海德格爾哲學》、《本體論研究》、《在宏觀與微觀之間：量子測量的解釋語境與實在論》、《理論與實在：一種語境論的視角》、《隋唐佛學研究》、《回歸本真的交往方式——托馬斯阿奎那論友誼》、《馬克思主義中國化理論前沿》、《略論中國發(fā)展之道》等十余部專著獲得上海市哲學社會科學優(yōu)秀成果獎。

所內擁有一批享有聲譽的專家學者和青年才俊，周山、周昌忠受聘為社科院的終身研究員；成素梅被評為“上海市領軍人才”；趙司空、趙琦曾被評為“上海社科新人”；施璇入選“曙光人才”計劃；周靖被入選“晨光人才”計劃。哲學所先后有6名研究員獲得國家獎勵津貼，他們是：周抗、傅季重、王淼洋、范明生、沈銘賢、成素梅等。哲學所多位學者還擔任了市級各類學會的負責人，比如：成素梅，上海市自然辯證法研究會理事長；陸曉禾，上海市倫理學會會長；何錫蓉，上海市哲學學會副會長；周山，上海市周易學會會長等。

哲學研究所現(xiàn)設有馬克思主義哲學、中國哲學、外國哲學、科學哲學、倫理學等五個研究室。院第一輪“創(chuàng)新工程”實施過程中，哲學所有四個團隊項目、六名青年人才（含特色人才）項目納入院“創(chuàng)新工程”，在“創(chuàng)新工程”最終成果評審中，方松華、成素梅所領導的創(chuàng)新團隊獲得優(yōu)秀等級。歷年來，哲學所承擔各類國家社科基金項目有40余項，各類市級哲社規(guī)劃項目近60項，各類委辦局課題20余項。近期，哲學研究所將整合全所科研力量在中西哲學比較研究、科學技術與倫理、馬克思主義哲學與當代中國等三個方向上著力發(fā)展。

哲學研究所2010年7月創(chuàng)辦《哲學分析》雜志，是學界討論和交流的重要平臺，在學術界享有良好聲譽。2012年被評為“華東地區(qū)優(yōu)秀期刊”，2019年進入CSSCI來源期刊目錄。

上海社會科學院于1981年經(jīng)國務院學位委員會批準成為首批碩士學位授權單位，哲學研究所的馬克思主義哲學、中國哲學史、外國哲學史、邏輯學（后改為科技哲學）同時成為碩士學位授予點。2011年，經(jīng)國務院學位委員會批準，授予哲學所碩士學位一級學科，在上述四個學位點基礎上，增設了倫理學學位點。

哲學研究所現(xiàn)有在職人員40人，其中研究員9人，副研究員12人，博士38人。