1958年上海社會科學(xué)院成立時(shí)，麾下有哲學(xué)教研室，1959年4月正式建立哲學(xué)研究所。主要從事馬克思主義哲學(xué)、中國哲學(xué)、外國哲學(xué)、科學(xué)哲學(xué)、邏輯學(xué)、美學(xué)等學(xué)科研究。1966年后因文革中斷了科研工作。1978年10月復(fù)院，哲學(xué)研究所也得以恢復(fù)重建。歷任所長（所務(wù)委員會主任）、副所長有李培南、馮契、周抗、傅季重、洪秉奇、范明生、王淼洋、徐順教、陳超南、俞宣孟、童世駿、何錫蓉、黃凱鋒、方松華等。第一任所長由當(dāng)時(shí)擔(dān)任上海社科院黨委書記兼院長的李培南兼任，他參加過二萬五千里長征，擔(dān)任過上海交通大學(xué)黨委書記、代理校長。第一任副所長是馮契，系華東師大哲學(xué)系教授、哲學(xué)界著名學(xué)者，他還兼任過上海社科院副院長。1979年復(fù)所后的首任所長周抗研究員在20世紀(jì)70年代末的思想解放運(yùn)動中，率先宣傳實(shí)踐是檢驗(yàn)真理標(biāo)準(zhǔn)的理論，在當(dāng)時(shí)起到積極而重大的影響。

哲學(xué)研究所以基礎(chǔ)學(xué)科為基點(diǎn)，強(qiáng)調(diào)理論與實(shí)踐相結(jié)合。建所以來，出版了各類著作200多部，發(fā)表了論文數(shù)千篇，獲得國家、市級獎項(xiàng)70余項(xiàng)。如《邏輯漫話》、《科學(xué)哲學(xué)導(dǎo)論》、《中國邏輯史論》、《科學(xué)技術(shù)是第一生產(chǎn)力》《東西方哲學(xué)比較研究》等專著獲得國家級優(yōu)秀著作獎；《柏拉圖哲學(xué)述評》、《哲學(xué)大辭典》、《海德格爾哲學(xué)》、《本體論研究》、《在宏觀與微觀之間：量子測量的解釋語境與實(shí)在論》、《理論與實(shí)在：一種語境論的視角》、《隋唐佛學(xué)研究》、《回歸本真的交往方式——托馬斯阿奎那論友誼》、《馬克思主義中國化理論前沿》、《略論中國發(fā)展之道》等十余部專著獲得上海市哲學(xué)社會科學(xué)優(yōu)秀成果獎。

所內(nèi)擁有一批享有聲譽(yù)的專家學(xué)者和青年才俊，周山、周昌忠受聘為社科院的終身研究員；成素梅被評為“上海市領(lǐng)軍人才”；趙司空、趙琦曾被評為“上海社科新人”；施璇入選“曙光人才”計(jì)劃；周靖被入選“晨光人才”計(jì)劃。哲學(xué)所先后有6名研究員獲得國家獎勵(lì)津貼，他們是：周抗、傅季重、王淼洋、范明生、沈銘賢、成素梅等。哲學(xué)所多位學(xué)者還擔(dān)任了市級各類學(xué)會的負(fù)責(zé)人，比如：成素梅，上海市自然辯證法研究會理事長；陸曉禾，上海市倫理學(xué)會會長；何錫蓉，上海市哲學(xué)學(xué)會副會長；周山，上海市周易學(xué)會會長等。

哲學(xué)研究所現(xiàn)設(shè)有馬克思主義哲學(xué)、中國哲學(xué)、外國哲學(xué)、科學(xué)哲學(xué)、倫理學(xué)等五個(gè)研究室。院第一輪“創(chuàng)新工程”實(shí)施過程中，哲學(xué)所有四個(gè)團(tuán)隊(duì)項(xiàng)目、六名青年人才（含特色人才）項(xiàng)目納入院“創(chuàng)新工程”，在“創(chuàng)新工程”最終成果評審中，方松華、成素梅所領(lǐng)導(dǎo)的創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)獲得優(yōu)秀等級。歷年來，哲學(xué)所承擔(dān)各類國家社科基金項(xiàng)目有40余項(xiàng)，各類市級哲社規(guī)劃項(xiàng)目近60項(xiàng)，各類委辦局課題20余項(xiàng)。近期，哲學(xué)研究所將整合全所科研力量在中西哲學(xué)比較研究、科學(xué)技術(shù)與倫理、馬克思主義哲學(xué)與當(dāng)代中國等三個(gè)方向上著力發(fā)展。

哲學(xué)研究所2010年7月創(chuàng)辦《哲學(xué)分析》雜志，是學(xué)界討論和交流的重要平臺，在學(xué)術(shù)界享有良好聲譽(yù)。2012年被評為“華東地區(qū)優(yōu)秀期刊”，2019年進(jìn)入CSSCI來源期刊目錄。

上海社會科學(xué)院于1981年經(jīng)國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)成為首批碩士學(xué)位授權(quán)單位，哲學(xué)研究所的馬克思主義哲學(xué)、中國哲學(xué)史、外國哲學(xué)史、邏輯學(xué)（后改為科技哲學(xué)）同時(shí)成為碩士學(xué)位授予點(diǎn)。2011年，經(jīng)國務(wù)院學(xué)位委員會批準(zhǔn)，授予哲學(xué)所碩士學(xué)位一級學(xué)科，在上述四個(gè)學(xué)位點(diǎn)基礎(chǔ)上，增設(shè)了倫理學(xué)學(xué)位點(diǎn)。

哲學(xué)研究所現(xiàn)有在職人員40人，其中研究員9人，副研究員12人，博士38人。