自然資源部第三海洋研究所（簡稱海洋三所）創(chuàng)建于1959年,是自然資源部直屬的國家公益性綜合型海洋科學(xué)研究機(jī)構(gòu)，主要從事海洋基礎(chǔ)研究、應(yīng)用研究和高新技術(shù)研究，促進(jìn)海洋科技進(jìn)步，為海洋管理、公益服務(wù)、海洋經(jīng)濟(jì)發(fā)展及海洋安全提供科技支撐。

截至2023年12月，海洋三所在編職工422人，其中有中國工程院院士1人，享受政府特殊津貼專家3人，國家“百千萬人才工程”2人，福建省特級(jí)后備人才1人，國家優(yōu)秀青年科學(xué)基金獲得者1人，省部級(jí)人才計(jì)劃入選者125人，廈門市各類人才計(jì)劃140人，具有副高級(jí)職稱以上科技人員250人，具有博士學(xué)位人員217人。海洋三所是1984年國務(wù)院學(xué)位委員會(huì)批準(zhǔn)的碩士學(xué)位授予單位，擁有海洋科學(xué)1個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授予點(diǎn)和微生物學(xué)和環(huán)境科學(xué)2個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授予點(diǎn)，并與清華大學(xué)、中國科技大學(xué)等高校聯(lián)合招收博士研究生，在讀碩、博士研究生360余人，建有博士后科研工作站，在站博士后11余人。

海洋三所重點(diǎn)發(fā)展深海生物研究與海洋生物資源開發(fā)利用、全球變化與區(qū)域海洋響應(yīng)、海洋生物多樣性與生態(tài)系統(tǒng)保護(hù)、應(yīng)用海洋學(xué)四個(gè)學(xué)科領(lǐng)域12個(gè)研究方向，建有自然資源部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室2個(gè)、自然資源部工程技術(shù)創(chuàng)新中心1個(gè)、福建省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室3個(gè)和自然資源部野外科學(xué)觀測站2個(gè)，以及面向服務(wù)經(jīng)濟(jì)社會(huì)建設(shè)為主的廈門海洋工程勘察設(shè)計(jì)研究院有限公司。在深海微生物研究、海洋生態(tài)保護(hù)與修復(fù)和全球變化等學(xué)科領(lǐng)域居全國領(lǐng)先地位，部分成果達(dá)到國際先進(jìn)水平；海洋生物多樣性和海氣相互作用研究等具有明顯優(yōu)勢，部分領(lǐng)域處于全國領(lǐng)先水平；海洋生物資源開發(fā)利用技術(shù)獨(dú)具特色，打造集“資源保藏-活性物質(zhì)挖掘與評(píng)價(jià)-產(chǎn)品研發(fā)-質(zhì)量控制-中試放大-成果轉(zhuǎn)化”為一體的產(chǎn)業(yè)技術(shù)開發(fā)平臺(tái)，一批專利實(shí)現(xiàn)成果轉(zhuǎn)化，在國內(nèi)處于先進(jìn)水平；在臺(tái)灣海峽、南海等區(qū)域海洋學(xué)研究方面研究成果突出，海洋聲學(xué)等領(lǐng)域在國內(nèi)具有一定的學(xué)科優(yōu)勢。經(jīng)過60多年的發(fā)展，海洋三所取得了一系列重要科技成果，已經(jīng)成為我國海洋科學(xué)研究的重要力量，在國際上具有一定的知名度，為我國海洋科技發(fā)展、海洋綜合管理、海洋經(jīng)濟(jì)發(fā)展、海洋權(quán)益維護(hù)和海洋生態(tài)文明建設(shè)做出了重要的貢獻(xiàn)。

海洋三所先后與美、德、法、日等30多個(gè)國家以及我國香港、澳門以及臺(tái)灣等地區(qū)的有關(guān)機(jī)構(gòu)建立了交流與合作關(guān)系，簽署并執(zhí)行了40余份合作協(xié)議。近年來，積極響應(yīng)國家“一帶一路”倡議，先后與印度尼西亞、泰國、馬來西亞等沿線國家開展了50多個(gè)航次的聯(lián)合調(diào)查與研究。主辦出版中國自然科學(xué)核心期刊《應(yīng)用海洋學(xué)學(xué)報(bào)》，同時(shí)是全國海洋標(biāo)準(zhǔn)化技術(shù)委員會(huì)海洋生物資源開發(fā)與保護(hù)分技術(shù)委員會(huì)、中國海洋學(xué)會(huì)海洋生物資源專業(yè)委員會(huì)、中國海洋工程咨詢協(xié)會(huì)環(huán)境生態(tài)專業(yè)委員會(huì)，中國太平洋學(xué)會(huì)危險(xiǎn)品與放射性評(píng)估分會(huì)、中國生態(tài)學(xué)會(huì)海洋生態(tài)專業(yè)委員會(huì)以及福建省海洋學(xué)會(huì)的依托單位。

海洋三所保藏有我國迄今為止最大的灰鯨標(biāo)本和十萬多份生物標(biāo)本，海洋微生物菌株量達(dá)全球第一，擁有現(xiàn)代化的4500噸級(jí)海洋綜合科學(xué)考察船“向陽紅03”船自2016年3月建成并投入使用以來，已圓滿完成了多個(gè)深遠(yuǎn)海綜合調(diào)查航次任務(wù)，在海洋科學(xué)研究、海洋資源環(huán)境調(diào)查、國際海底資源評(píng)價(jià)與開發(fā)等相關(guān)工作中，為國家海洋發(fā)展戰(zhàn)略、國家海洋安全和自然資源部有關(guān)管理職能提供有力支撐。

持有國家級(jí)《檢驗(yàn)檢測機(jī)構(gòu)資質(zhì)認(rèn)定證書》、乙級(jí)《測繪資質(zhì)證書》、乙級(jí)《工程咨詢單位資信證書》、《司法鑒定許可證》等各類技術(shù)咨詢服務(wù)證書。通過ISO9001:2015質(zhì)量管理體系認(rèn)證。立足福建，輻射河北、山東、浙江、廣東、廣西、海南等沿海省份，近年來承接各類海洋規(guī)劃、涉海工程的技術(shù)咨詢和技術(shù)服務(wù)等項(xiàng)目兩千余項(xiàng)，為地方海洋經(jīng)濟(jì)高質(zhì)量發(fā)展提供技術(shù)支持，服務(wù)國家海洋生態(tài)文明建設(shè)。