自然資源部第三海洋研究所（簡稱海洋三所）創(chuàng)建于1959年,是自然資源部直屬的國家公益性綜合型海洋科學研究機構，主要從事海洋基礎研究、應用研究和高新技術研究，促進海洋科技進步，為海洋管理、公益服務、海洋經濟發(fā)展及海洋安全提供科技支撐。

截至2023年12月，海洋三所在編職工422人，其中有中國工程院院士1人，享受政府特殊津貼專家3人，國家“百千萬人才工程”2人，福建省特級后備人才1人，國家優(yōu)秀青年科學基金獲得者1人，省部級人才計劃入選者125人，廈門市各類人才計劃140人，具有副高級職稱以上科技人員250人，具有博士學位人員217人。海洋三所是1984年國務院學位委員會批準的碩士學位授予單位，擁有海洋科學1個一級學科碩士學位授予點和微生物學和環(huán)境科學2個二級學科碩士學位授予點，并與清華大學、中國科技大學等高校聯合招收博士研究生，在讀碩、博士研究生360余人，建有博士后科研工作站，在站博士后11余人。

海洋三所重點發(fā)展深海生物研究與海洋生物資源開發(fā)利用、全球變化與區(qū)域海洋響應、海洋生物多樣性與生態(tài)系統(tǒng)保護、應用海洋學四個學科領域12個研究方向，建有自然資源部重點實驗室2個、自然資源部工程技術創(chuàng)新中心1個、福建省重點實驗室3個和自然資源部野外科學觀測站2個，以及面向服務經濟社會建設為主的廈門海洋工程勘察設計研究院有限公司。在深海微生物研究、海洋生態(tài)保護與修復和全球變化等學科領域居全國領先地位，部分成果達到國際先進水平；海洋生物多樣性和海氣相互作用研究等具有明顯優(yōu)勢，部分領域處于全國領先水平；海洋生物資源開發(fā)利用技術獨具特色，打造集“資源保藏-活性物質挖掘與評價-產品研發(fā)-質量控制-中試放大-成果轉化”為一體的產業(yè)技術開發(fā)平臺，一批專利實現成果轉化，在國內處于先進水平；在臺灣海峽、南海等區(qū)域海洋學研究方面研究成果突出，海洋聲學等領域在國內具有一定的學科優(yōu)勢。經過60多年的發(fā)展，海洋三所取得了一系列重要科技成果，已經成為我國海洋科學研究的重要力量，在國際上具有一定的知名度，為我國海洋科技發(fā)展、海洋綜合管理、海洋經濟發(fā)展、海洋權益維護和海洋生態(tài)文明建設做出了重要的貢獻。

海洋三所先后與美、德、法、日等30多個國家以及我國香港、澳門以及臺灣等地區(qū)的有關機構建立了交流與合作關系，簽署并執(zhí)行了40余份合作協(xié)議。近年來，積極響應國家“一帶一路”倡議，先后與印度尼西亞、泰國、馬來西亞等沿線國家開展了50多個航次的聯合調查與研究。主辦出版中國自然科學核心期刊《應用海洋學學報》，同時是全國海洋標準化技術委員會海洋生物資源開發(fā)與保護分技術委員會、中國海洋學會海洋生物資源專業(yè)委員會、中國海洋工程咨詢協(xié)會環(huán)境生態(tài)專業(yè)委員會，中國太平洋學會危險品與放射性評估分會、中國生態(tài)學會海洋生態(tài)專業(yè)委員會以及福建省海洋學會的依托單位。

海洋三所保藏有我國迄今為止最大的灰鯨標本和十萬多份生物標本，海洋微生物菌株量達全球第一，擁有現代化的4500噸級海洋綜合科學考察船“向陽紅03”船自2016年3月建成并投入使用以來，已圓滿完成了多個深遠海綜合調查航次任務，在海洋科學研究、海洋資源環(huán)境調查、國際海底資源評價與開發(fā)等相關工作中，為國家海洋發(fā)展戰(zhàn)略、國家海洋安全和自然資源部有關管理職能提供有力支撐。

持有國家級《檢驗檢測機構資質認定證書》、乙級《測繪資質證書》、乙級《工程咨詢單位資信證書》、《司法鑒定許可證》等各類技術咨詢服務證書。通過ISO9001:2015質量管理體系認證。立足福建，輻射河北、山東、浙江、廣東、廣西、海南等沿海省份，近年來承接各類海洋規(guī)劃、涉海工程的技術咨詢和技術服務等項目兩千余項，為地方海洋經濟高質量發(fā)展提供技術支持，服務國家海洋生態(tài)文明建設。