環(huán)境與生態(tài)前沿交叉研究院注重前沿科學(xué)的探索研究與學(xué)科發(fā)展的交叉融合，以重大科學(xué)問題為導(dǎo)向，積極整合不同專業(yè)學(xué)科的優(yōu)勢，突破單一學(xué)科難以解決的重大科學(xué)技術(shù)問題。致力于對接國家教育科技發(fā)展的重大需求、搶占國際環(huán)境與生態(tài)創(chuàng)新的最新前沿、打造世界知名的可持續(xù)發(fā)展領(lǐng)域交叉科創(chuàng)高地，支撐學(xué)?！半p一流”建設(shè)和“一體兩翼”辦學(xué)布局。

環(huán)境與生態(tài)前沿交叉研究院的建設(shè)模式按照理事會組織模式和運行機制。實行理事會領(lǐng)導(dǎo)下的院長負責(zé)制和首席科學(xué)家PI領(lǐng)導(dǎo)下的項目團隊組織架構(gòu)。PI由理事會全球選拔推薦。理事會是交叉研究院的最高決策機構(gòu)，理事會的主要職責(zé)為審議交叉研究院的規(guī)章制度、發(fā)展戰(zhàn)略、發(fā)展規(guī)劃、工作報告等，是交叉研究院的最高決策機構(gòu)，也是人才隊伍建設(shè)、科學(xué)研究、創(chuàng)新性成果的評估與咨詢機構(gòu)。