南京水利科學(xué)研究院（Nanjing Hydraulic Research Institute）簡稱南京水科院，是中國綜合性水利科學(xué)研究機(jī)構(gòu)、國家級社會公益類非營利性科研機(jī)構(gòu)。主要從事基礎(chǔ)理論、應(yīng)用基礎(chǔ)研究和高新技術(shù)開發(fā)，承擔(dān)水利、交通、能源等領(lǐng)域中具有前瞻性、基礎(chǔ)性和關(guān)鍵性的科學(xué)研究任務(wù)。同時受水利部、交通運(yùn)輸部、國家能源局領(lǐng)導(dǎo)。

南京水利科學(xué)研究院建于1935年，原名中央水工試驗(yàn)所，是中國最早成立的綜合性水利科學(xué)研究機(jī)構(gòu)；2001年被確定為國家級社會公益類非營利性科研機(jī)構(gòu)；2009年，更名為“南京水利科學(xué)研究院”。

根據(jù)2024年1月南京水科院官網(wǎng)顯示，全院現(xiàn)有科研人員1300余人。設(shè)水文水資源研究所、水工水力學(xué)研究所、河流海岸研究所、巖土工程研究所、材料結(jié)構(gòu)研究所、大壩安全與管理研究所、水利部農(nóng)村電氣化研究所、水利部南京水利水文自動化研究所、農(nóng)村水利研究所、生態(tài)環(huán)境研究所、海洋資源利用研究中心等研究機(jī)構(gòu)和南京瑞迪建設(shè)科技有限公司等研發(fā)機(jī)構(gòu)。

自1978年全國科技大會至2022年底，南京水科院獲得國家和省部級科技進(jìn)步獎829項(xiàng)，其中國家級獎勵84項(xiàng)。出版專著565部，獲國家發(fā)明和實(shí)用新型專利1369項(xiàng)。

南京水科院是國家首批相關(guān)學(xué)科博士、碩士學(xué)位授予權(quán)單位，現(xiàn)有水利工程、土木工程一級學(xué)科博士點(diǎn)和碩士點(diǎn)，材料科學(xué)與工程、環(huán)境科學(xué)與工程一級學(xué)科碩士點(diǎn)，土木水利博士和碩士專業(yè)學(xué)位點(diǎn)，并設(shè)有水利工程博士后科研流動站。