運(yùn)動(dòng)健康學(xué)院成立已有24年，前身為“基礎(chǔ)課部”、“運(yùn)動(dòng)人體科學(xué)系”、“運(yùn)動(dòng)健康科學(xué)系”。

1996年3月，經(jīng)省體育局、南京體育學(xué)院批準(zhǔn)成立基礎(chǔ)課部，承擔(dān)我院高等教育的所有生物專業(yè)理論課程和部分公共基礎(chǔ)課程的教學(xué)任務(wù)。

1998年9月，為適應(yīng)社會(huì)發(fā)展的需求，在充分論證的基礎(chǔ)上（經(jīng)蘇教高[18號(hào)]文件批復(fù)），在江蘇率先開(kāi)設(shè)了運(yùn)動(dòng)人體科學(xué)專業(yè)（體育保健康復(fù)方向），招收四年制（文理兼收、本二線錄取，可授理學(xué)學(xué)士或教育學(xué)學(xué)士學(xué)位）的本科學(xué)生。

1999年9月，院運(yùn)動(dòng)人體科學(xué)專業(yè)獲碩士學(xué)位授予權(quán)，開(kāi)始招收全院第一個(gè)專業(yè)的碩士研究生。

2001年9月，開(kāi)設(shè)社會(huì)體育專業(yè)，并招收了第一屆本科學(xué)生。

2002年7月，基礎(chǔ)課部改名為“運(yùn)動(dòng)人體科學(xué)系”，同時(shí)將體育社會(huì)科學(xué)教研室、中外文教研室，以及社會(huì)體育專業(yè)劃歸體育系管理。運(yùn)動(dòng)人體科學(xué)系設(shè)有體育生物科學(xué)教研室、計(jì)算機(jī)心理教研室、運(yùn)動(dòng)人體科學(xué)實(shí)驗(yàn)室、辦公室。

2009年9月，開(kāi)設(shè)第二個(gè)專業(yè)——運(yùn)動(dòng)康復(fù)與健康專業(yè)（理科本二線錄取，授理學(xué)學(xué)士學(xué)位），并招收了第一屆本科學(xué)生。至此，本系連同運(yùn)動(dòng)人體科學(xué)專業(yè)（改為理科本二線錄取，授理學(xué)學(xué)士或教育學(xué)學(xué)士學(xué)位），已管理和承擔(dān)了兩個(gè)本科專業(yè)的教育教學(xué)任務(wù)。

2009年12月，運(yùn)動(dòng)人體科學(xué)系更名為“運(yùn)動(dòng)健康科學(xué)系”。設(shè)有：運(yùn)動(dòng)人體科學(xué)教研室、運(yùn)動(dòng)康復(fù)與健康教研室、信息科學(xué)與心理教研室、運(yùn)動(dòng)人體科學(xué)實(shí)驗(yàn)室、辦公室。

2013年，率先在全國(guó)體育院校中開(kāi)辦醫(yī)學(xué)技術(shù)類專業(yè)及我院第三個(gè)專業(yè)——“康復(fù)治療學(xué)專業(yè)”。

2019年4月，運(yùn)動(dòng)健康科學(xué)系更名為“運(yùn)動(dòng)健康學(xué)院”。設(shè)有：運(yùn)動(dòng)人體科學(xué)系、運(yùn)動(dòng)康復(fù)系、康復(fù)治療學(xué)系、辦公室、學(xué)工辦。

運(yùn)動(dòng)健康學(xué)院始終踐行我?！叭灰惑w”（教學(xué)、訓(xùn)練、科研）的辦學(xué)模式，凝練出全院師生的院風(fēng)——“融學(xué)訓(xùn)研、求知信行”。

“融學(xué)訓(xùn)研”是理念，“學(xué)”為科學(xué)、文化、社會(huì)等，“訓(xùn)”為競(jìng)技訓(xùn)練、體育教育和大眾健身，“研”為科學(xué)研究與探索，“融學(xué)訓(xùn)研”就是把學(xué)習(xí)、運(yùn)動(dòng)、研究三者有機(jī)地結(jié)合起來(lái)，互相促進(jìn)和提高；

“求知信行”是實(shí)踐，“知”指的是學(xué)習(xí)知識(shí)的能力和方法，“信”指的是追求目標(biāo)的信念和動(dòng)機(jī)，“行”指的是學(xué)習(xí)知識(shí)、追求目標(biāo)的行為和行動(dòng)，“求知信行”就是明確目標(biāo)，刻苦學(xué)習(xí)和創(chuàng)新實(shí)踐，努力實(shí)現(xiàn)人生的理想。