中醫(yī)學(xué)院是北京中醫(yī)藥大學(xué)歷史最長、規(guī)模最大的集教學(xué)和科研及醫(yī)療服務(wù)為一體的學(xué)院，其前身為北京中醫(yī)學(xué)院中醫(yī)系，創(chuàng)建于1956年。自創(chuàng)辦之日至今，許多為新中國中醫(yī)藥事業(yè)做出開創(chuàng)性貢獻(xiàn)的國醫(yī)泰斗在此執(zhí)掌教席，經(jīng)過60余年的學(xué)術(shù)積淀，學(xué)院優(yōu)秀師資豐厚、教學(xué)基地完善、專業(yè)設(shè)置合理、重點學(xué)科繁多、國際交流頻繁、科研成果顯著，為國家和社會培了一大批功底深厚、學(xué)驗俱豐的國醫(yī)大師與國醫(yī)精英。

目前學(xué)院有專職教師175人，其中教授56人，副教授72人。博士生導(dǎo)師40人，碩士生導(dǎo)師78人。學(xué)院下設(shè)17個教研室，7個研究中心（所）、2個實驗中心。學(xué)院有國醫(yī)大師3人，全國名中醫(yī)2人，首都國醫(yī)名師12人，中醫(yī)藥高等學(xué)校教學(xué)名師2人。擁有國家級優(yōu)秀教學(xué)團隊1個，北京市級優(yōu)秀教學(xué)團隊2個，學(xué)院建有國醫(yī)大師傳承工作室3個、全國名老中醫(yī)傳承工作室14個、北京市“薪火傳承3＋3工程＂12個。形成了一支以國內(nèi)外著名專家學(xué)者和國內(nèi)有影響的中青年教授為主的師資隊伍。

學(xué)院是全國高等中醫(yī)藥院校中首批建立博土學(xué)科點和博士后科研流動站的單位之一，設(shè)有中醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合2個博士后科研流動站。中醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合均具有一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)，博士、碩士學(xué)位授予點各有12個。中醫(yī)學(xué)和中西醫(yī)結(jié)合基礎(chǔ)學(xué)科為國家級一級重點學(xué)科，兩個學(xué)科在全國排名均是第一。5個國家級重點學(xué)科，10個局級重點學(xué)科和3個北京市重點學(xué)科，教育部重點實驗室2個，國家中醫(yī)藥管理局三級實驗室4個，國家中醫(yī)藥管理局重點研究室4個，北京市科委重點實驗室2個，科研基地3個。校級創(chuàng)新團隊11個。近5年，中醫(yī)學(xué)院師生共發(fā)表科研學(xué)術(shù)論文2098篇，其中SC論文274篇，核心期論文1824篇。近10年，中醫(yī)學(xué)院教師共獲得各級科研獎勵71頂，其中國家科技進(jìn)步二等獎4項，省部級及學(xué)會科技獎38項，校級科技獎29項。