中國戲曲學(xué)院音樂系始于五十年代初的中國戲曲學(xué)校音樂科。1952年中國戲曲學(xué)校創(chuàng)辦京劇音樂科。1981年，中國戲曲學(xué)院音樂系成立，開始招收京劇器樂演奏專業(yè)大專班。1984年，中國戲曲學(xué)院成立的作曲系并開始招收作曲專業(yè)本科班。這在中國戲曲高等教育史上是一個(gè)歷史性的突破，它填補(bǔ)了中國戲曲藝術(shù)誕生以來沒有戲曲作曲高等級(jí)專門人才培養(yǎng)的空白，開拓性地創(chuàng)立了中國戲曲作曲學(xué)科專業(yè)，為中國戲曲音樂藝術(shù)的發(fā)展奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。1987年，作曲系與音樂系合并，統(tǒng)稱音樂系。2009年學(xué)院成立京劇系，京劇器樂專業(yè)劃入京劇系。2017年，原新媒體藝術(shù)系的錄音專業(yè)劃歸音樂系。

音樂系目前設(shè)有作曲與作曲技術(shù)理論、音樂表演、音樂學(xué)、錄音藝術(shù)四個(gè)專業(yè)，含戲曲作曲、音樂制作、民族器樂、音樂學(xué)、音響藝術(shù)設(shè)計(jì)五個(gè)專業(yè)方向，其中戲曲作曲專業(yè)方向是音樂系最具傳統(tǒng)優(yōu)勢，在全國居于領(lǐng)先地位的特色專業(yè)方向。2021年音樂系作曲與作曲技術(shù)理論專業(yè)被評(píng)定為北京市（省級(jí)）一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)，2022年該專業(yè)升格為國家級(jí)一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)；2022年音樂系音樂表演專業(yè)被評(píng)定為北京市級(jí)（省級(jí)）一流本科專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。目前設(shè)有戲曲作曲、民族器樂、音樂制作、音樂學(xué)、基礎(chǔ)和研究生六個(gè)教研室。

先后擔(dān)任音樂系主任的有：吳炳章、關(guān)雅濃、洪偉、朱維英、海震、謝振強(qiáng)。

音樂系建成了一支師德高尚、業(yè)務(wù)精湛、富于創(chuàng)新、朝氣蓬勃的高素質(zhì)師資隊(duì)伍。截至到目前為止，音樂系有正式在編教師38人。

音樂系的辦學(xué)指導(dǎo)思想是以堅(jiān)持戲曲特色，不斷提高教學(xué)質(zhì)量，不斷深化教育改革，傳承和創(chuàng)新優(yōu)秀傳統(tǒng)文化，創(chuàng)辦國內(nèi)一流戲曲音樂教育，特色專業(yè)保持國內(nèi)領(lǐng)先水平，培養(yǎng)和輸送拔尖戲曲音樂人才，為戲曲藝術(shù)事業(yè)的繁榮與發(fā)展提供科學(xué)支撐為總體目標(biāo)。

面向未來，音樂系將繼續(xù)加強(qiáng)戲曲音樂創(chuàng)作和理論研究，積極探索戲曲音樂發(fā)展規(guī)律，構(gòu)建中華戲曲音樂理論體系，服務(wù)全國戲曲音樂創(chuàng)作，推動(dòng)戲曲藝術(shù)向著體系化、科學(xué)化、現(xiàn)代化、國際化的方向邁進(jìn)，不斷推動(dòng)音樂學(xué)科建設(shè)的全面發(fā)展。